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crispr基因编辑研究论文

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crispr基因编辑研究论文

众所周知,环境因素会造成生物体的DNA损伤,例如紫外线。在人类和动物中,这种DNA损伤可能会导致癌症。但幸运的是,细胞有几种不同的策略修复受损DNA。

生活在地球上的人类,受到了地球磁场和大气层的保护,隔绝了绝大多数来自太空的有害辐射,然而,太空中的宇航员离开了地球的保护,他们会受到更强的辐射,因此面临更强的DNA损伤风险。

现在,中国和美国都宣布了载人登陆火星的计划,这种长期的星际旅行,宇航员们会面临长期太空辐射,身在太空微重力环境下的他们,身体会选择怎样的策略来修复辐射导致的DNA损伤呢?限于之前的技术和安全障碍,这个问题一直没能得到研究。

2021年6月30日,MiniPCR Bio、麻省理工学院、美国宇航局,以及几位美国中学生,在 PLOS One 期刊发表了题为: A CRISPR-based assay for the study of eukaryotic DNA repair onboard the International Space Station 的研究论文。

这项研究是 首次在太空中完成的CRISPR基因编辑实验 ,为研究太空微重力环境下DNA损伤修复奠定了基础,对于人类 探索 广阔的太空,以及将来的星际旅行,甚至星际移民具有重要意义。

在国际空间站中,受实验设备等多种条件限制,难以直接观察细胞如何修复更复杂或更广泛的损伤。因此,研究团队想到了CRISPR基因编辑,使用CRISPR基因编辑造成细胞DNA的精确损伤,然后在国际空间站的宇航员就可以观察细胞上如何将这些DNA损伤修复的。

宇航员在国际空间站上通过对酵母细胞的实验,使用CRISPR基因编辑酵母细胞,使其DNA产生精确损伤、培养酵母使其修复DNA、提取基因组并PCR,以及对基因组进行纳米孔测序, 这些全部实验过程均在国际空间站的太空飞行环境中进行 。

研究团队使用了营养缺陷型酵母,这种酵母由于缺乏尿嘧啶生物合成所必须的URA3基因,因此无法在正常培养基中生存繁殖。

然后,NASA宇航员对这些酵母进行了转化实验,导入携带了URA3基因、Cas9基因和靶向ADE2基因的sgRNA,以及针对ADE2基因的修复模板。

正常情况下,酵母在培养基上形成的菌落为白色,而当ADE基因突变后,菌落呈红色。

质粒转化后,这些营养缺陷型酵母由于导入了URA3基因,从而可以在培养基中生存和繁殖并形成菌落,而且,观察到了培养基中出现了红色酵母菌落,可以直观看出CRISPR基因编辑成功编辑了ADE2基因。PCR实验进一步证明了CRISPR基因编辑的成功。

此外,还通过纳米孔测序,进一步推断这些酵母所采取的细胞修复机制,测序结果表明,所有被成功基因编辑的呈红色的菌落,它们的基因序列与修复模板序列一致,这表明 它们都是通过同源重组进行的修复 ,而不是非同源末端连接的修复方式。这为将来量化DNA修复途径奠定了基础。

这项研究成功证明了这种新方法的可行性,这项研究标志着 CRISPR/Cas9基因组编辑首次在太空成功进行 ,这也是首次在太空中向活细胞中导入来自生物体外部的遗传物质。

研究团队表示,希望这项技术能够对太空中的DNA修复进行广泛的研究,接下来还将继续改进新方法,以便更好地模拟电离辐射引起的复杂DNA损伤。

值得一提的是,这项研究的想法,是由美国两个高中的几名学生提出,并在学术界、工业界和NASA的支持下得以完成。

总的来说,这项研究不仅在太空极端环境下成功进行了 CRISPR基因组编辑 、 miniPCR 和 纳米孔测序 等新技术,而且还能将这些新技术整合到一起,用来研究太空微重力环境下的DNA修复和其他细胞基本过程。这对于人类 探索 广阔的太空,以及将来的星际旅行,甚至在星际移民具有重要意义。

论文链接:

类器官 类器官(Organoids),是指利用成体干细胞(ESCs)或诱导式多能干细胞(iPSCs)进行体外三维(3D)培育的具有一定空间结构的组织类似物。类器官能高度模拟体内组织结构及功能并能够长期稳定传代培养。类器官模型是介于细胞系和动物模型之间的一种新型功能化体外模型,可用于解析遗传发育、建立疾病模型、筛选药物和检测毒性以及探索个性化医疗方案。迄今为止世界各国科学家陆续培养出脑、肝、胃、肺、肠、肾脏和胰腺等各种类器官。 2013年,类器官技术被《Science》评为十大科技突破之一,2017年,又被《Nature Methods》评为生命科学领域的年度技术(Method of the Year 2017)。 荷兰科学家Hans Clevers教授是类器官研究领域国际公认的先驱和鼻祖,早在2009年,Hans Clevers就发现Lgr5蛋白是肠道干细胞的标志物,并成功建立了首个肠道干细胞体外3D类器官培养体系,开创了类器官作为疾病模型的研究时代。 目前,类器官在生命科学研究中应用广泛,通过改变不同类器官的基因可以极大地帮助研究生物学过程和疾病建模。然而,由于缺乏简单的基因组工程方法,基因组编辑人类类器官的构建比较困难。 CRISPR/Cas9是进行基因编辑的强大工具,可以对基因进行定点的精确编辑。在向导RNA(guide RNA,gRNA)和Cas9蛋白的参与下,待编辑的细胞基因组DNA可被看作病毒或外源DNA,得到精确编辑。 在2020年3月份,HansClevers研究团队在《Nature Cell Biology》杂志上发表学术论文《Fast and efficient generation of knock-in human organoids using homology-independent CRISPR–Cas9 precision genome editing》。 其利用非同源依赖的CRISPR-Cas9技术,可快速高效地对人源类器官进行基因敲入,他们将该技术命名为CRISPR–HOT(CRISPR-Cas9-mediated homology-independent organoid transgenesis),为人源类器官的内源基因敲入提供了重要的工具平台。 研究人员利用这种新方法分析了肝细胞如何分裂以及DNA过多异常肝细胞是如何出现的,并发现敲除癌症基因TP53,异常肝细胞的非结构化分裂会更频繁。以上发现或有助于深入研究相关癌症的发展过程。 研究者们为了印证CRISPR–HOT技术在人源类器官中进行基因敲入的方法可行,首先在两种难以转染的人源类器官(肝脏导管类器官及肝细胞类器官)进行测试,并对两种不同介导方式的基因敲入技术产生的类器官进行对比分析。 图示: HDR与NHEJ的技术路线以及优劣比较 结果发现,虽然抑制TP53的活性之后,HDR介导的基因敲入方式的效率略有提高,但仍然比NHEJ介导的基因编辑效率要低。Hans Clevers研究组的工作用CRISPR-HOT方法,建立了不依赖于对TP53活性抑制的以NHEJ介导的基因编辑技术,简化了基因敲入的流程,对于肝细胞等成体干细胞来源的类器官可视化研究提供了可靠的基因编辑方式。 2020年11月,Hans Clevers研究团队又在《Nature Protocols》杂志发表学术论文《Establishment of human fetal hepatocyte organoids and CRISPR–Cas9-based gene knockin and knockout in organoid cultures from human liver》,阐述利用CRISPR/Cas9基因编辑技术探究人类胎儿肝细胞作为类器官长期扩增的培养条件。 在文章中,作者提出:针对人类胎儿肝细胞和人类肝导管类器官的基因组编辑需要两种不同的实验程序。对于人类胎儿肝细胞类器官,采用基于电转杯电转染的转染策略。为此,类器官必须分解成单细胞或小块细胞,建议从第5代及以后开始对肝细胞类器官进行基因组工程设计,肝细胞类器官电穿孔的能力通常不会随时间而降低,作者已经成功地对人胎儿肝细胞类器官进行了基因组工程,可以做到至少第50代为止。 图示:人类胎儿肝细胞类器官的基因组 工程技术概略图 (采用电转杯电转染) 相反,对于人肝导管类器官,转染步骤是对完整的类器官进行的,是一种离体组织电转染的方式。 图示:人类肝脏导管类器官的基因组工程技术概略图 (采用离体组织电转染) 另外针对不同的基因编辑方式(Knock in和Knock out),作者也分享了非常详细的应对策略(见下图)。 俗话说,工欲善其事,必先利其器。那么在Hans Clevers研究团队深耕的类器官领域中,属于他们的一把利器是什么呢?我们发现,在大牛们的研究过程当中,对细胞的转染操作贯穿其中。而NEPA GENE的 NEPA21基因高效转染系统 正是他们所选用的高效电转仪。 NEPA21 基本介绍 【1】采用全新设计的电转程序,电压衰减(Voltage Decay)模式;基因导入+反向导入模式。 【2】不需要特殊转染试剂辅助,节省实验成本;电转程序中的各项参数实时可见、可调,特别适用于优化原代细胞、非常见细胞的电转参数。 NEPA21高效基因转染系统独有的电压衰减(Voltage Decay)设计,可在获得高转染效率的同时,提高细胞存活率。专门针对难转染的原代免疫细胞、干细胞、神经细胞、活体动物、受精卵以及宫内胚胎等转染。 得益于NEPA21良好的应用体验,Hans Clevers利用其已在类器官领域取得了丰硕的研究成果。目前已有多篇应用文献,是Crispr/Cas9基因编辑的第一品牌电转系统。NEPE21——让细胞转染更简单、更Free。

crispr基因编辑技术

CRISPR-Cas9是继ZFN、TALENs等基因编辑技术推出后的第三代基因编辑技术,短短几年内,CRISPR-Cas9技术风靡全球, 成为现有基因编辑和基因修饰里面效率最高、最简便、成本最低、最容易上手的技术之一,成为当今最主流的基因编辑系统。

一、什么是CRISPR-Cas系统

CRISPR-Cas系统是原核生物的一种天然免疫系统 。某些细菌在遭到病毒入侵后,能够把病毒基因的一小段存储到自身的 DNA 里一个称为 CRISPR 的存储空间。当再次遇到病毒入侵时,细菌能够根据存写的片段识别病毒,将病毒的DNA切断而使之失效。

C RISPR-Cas系统包含CRISPR基因座和Cas基因(CRISPR关联基因)两部分。

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1、CRISPR(/'krɪspər/)是原核生物基因组内的一段重复序列 。CRISPR全称Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats(成簇的规律性间隔的短回文重复序列)。分布在40%的已测序细菌和90%的已测序古细菌当中。 (注:生活在深海的火山口、陆地的热泉以及盐碱湖等极端环境中,有一些独特结构的细菌,称为古细菌)

CRISPR基因序列主要由前导序列(leader)、重复序列(repeat)和间隔序列(spacer)构成 。

①前导序列 :富含AT碱基,位于CRISPR基因上游, 被认为是CRISPR序列的启动子 。

②重复序列 :长度约20–50 bp碱基且包含5–7 bp回文序列,转录产物可以形成发卡结构, 稳定RNA的整体二级结构 。

③间隔序列 : 是被细菌俘获的外源DNA序列 。这就相当于细菌免疫系统的“黑名单”,当这些外源遗传物质再次入侵时,CRISPR/Cas系统就会予以精确打击。

2、Cas基因位于CRISPR基因附近或分散于基因组其他地方,该基因编码的蛋白均可与CRISPR序列区域共同发生作用。因此,该基因被命名为CRISPR关联基因( CRISPR associated,Cas )。

Cas基因编码的Cas蛋白在防御过程中至关重要,目前已经发现了Cas1-Cas10等多种类型的Cas基因。

依据Cas蛋白在细菌免疫防御过程中参与的角色,目前将CRISPR-Cas系统分为两大类。

第一大类 :它们切割外源核酸的效应因子为多个Cas蛋白形成的复合物,包括Ⅰ型、Ⅲ型和Ⅳ型。

第二大类 :它们的作用因子是比较单一的Cas蛋白,比如Ⅱ型的Cas9蛋白和Ⅴ型的Cpf蛋白。

目前,被最为广泛应用的CRISPR系统是II型CRISPR-Cas系统,也就是CRISPR-Cas9系统。

二、CRISPR-Cas9的作用原理

对于CRISPR-Cas9的作用机理可以分为三个阶段来理解。

1、第一阶段:CRISPR 的高度可变的间隔区的获得 ( 俘获外源DNA,登记“黑名单” )

CRISPR 的高度可变的间隔区获得,其实就是指外来入侵的噬菌体或是质粒DNA 的一小段DNA 序列被整合到宿主菌的基因组,整合的位置位于CRRSPR 的5' 端的两个重复序列之间。因此,CRISPR 基因座中的间隔序列从5' 到3' 的排列也记录了外源遗传物质入侵的时间顺序。

新间隔序列的获得可能分为三步:

第1步:Cas1和Cas2编码的蛋白将扫描入侵的DNA,并识别出PAM区域,然后将临近PAM的DNA序列作为候选的原型间隔序列。

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第2步:Cas1/2蛋白复合物将原间隔序列从外源DNA中剪切下来,并在其他酶的协助下将原间隔序列插入临近CRISPR序列前导区的下游。

第3步:DNA会进行修复,将打开的双链缺口闭合。这样一来,一段新的间隔序列就被添加到了基因组的CRISPR序列之中。

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2、第二阶段:CRIPSR 基因座的表达(包括转录和转录后的成熟加工)

CRISPR序列在前导区的调控下转录产生pre-crRNA( crRNA的前体 ),同时与pre-crRNA序列互补的tracrRNA( 反式激活crRNA )也被转录出来。pre-crRNA通过碱基互补配对与tracrRNA形成双链RNA并与Cas9编码的蛋白组装成一个复合体。它将根据入侵者的类型,选取对应的“身份证号码”( 间隔序列RNA ),并在核糖核酸酶Ⅲ( RNaseⅢ )的协助下对这段“身份证”进行剪切,最终形成一段短小的crRNA( 包含单一种类的间隔序列RNA以及部分重复序列区 )。

crRNA,Cas9以及tracrRNA组成最终的复合物,为下一步剪切做好准备。

3、第三阶段:CRISPR/Cas 系统活性的发挥(靶向干扰)

crRNA,Cas9以及tracrRNA组成最终的复合物就像是一枚制导导弹,可以对入侵者的DNA进行精确的打击。这个复合物将扫描整个外源DNA序列,并识别出与crRNA互补的原间隔序列。这时,复合物将定位到PAM/原间隔序列的区域,DNA双链将被解开,形成R-Loop。crRNA将与互补链杂交,而另一条链则保持游离状态。

随后,Cas9蛋白精确的平端切割位点位于PAM上游3个核苷酸位置,形成平末端产物。Cas9蛋白的HNH结构域负责切割与crRNA互补配对的那一条DNA链,而RuvC结构域负责切割另外一条非互补DNA链。最终在Cas9的作用下DNA双链断裂(DSB),外源DNA的表达被沉默,入侵者被一举歼灭。

三、 CRISPR-Cas9基因编辑技术及应用…

tracrRNA-crRNA在被融合为单链向导RNA(sgRNA)时也可以发挥指导Cas9的作用。

CRISPR-Cas9基因编辑技术就是通过人工设计的 sgRNA(guide RNA)来识别目的基因组序列,并引导 Cas9 蛋白酶进行有效切割 DNA 双链,形成双链断裂,损伤后修复会造成基因敲除或敲入等,最终达到对基因组DNA 进行修饰的目的。

CRISPR-Cas9的广泛应用

1、基因敲除(Knock-out)

Cas9可以对靶基因组进行剪切,形成DNA的双链断裂。在通常情况下,细胞会采用高效的 非同源末端连接 方式(NHEJ)对断裂的DNA进行修复。但是,在修复过程中通常会发生碱基插入或缺失的错配现象,造成移码突变,( 移码突变 :是指DNA分子由于某位点碱基的缺失或插入,引起阅读框架变化,造成下游的一系列密码改变,使原来编码某种肽链的基因变成编码另一种完全不同的肽链序列。)使靶标基因失去功能,从而实现基因敲除。为了提高CRISPR系统的特异性,可将Cas9的一个结构域进行突变,形成只能对DNA单链进行切割造成DNA缺口的Cas9 nickase核酸酶。因此想要形成双链断裂的效果可以设计两条sgRNA序列,分别靶向DNA互补的两条链,这样两条sgRNA特异性的结合靶标序列,即可形成DNA断裂,并在修复过程中通过移码突变实现基因敲除

2、基因敲入(Knock-in)

当DNA双链断裂后,如果有DNA修复模板进入到细胞中,基因组断裂部分会依据修复模板进行 同源重组修复 (HDR),从而实现基因敲入。修复模板由需要导入的目标基因和靶序列上下游的同源性序列(同源臂)组成,同源臂的长度和位置由编辑序列的大小决定。DNA修复模板可以是线性/双链脱氧核苷酸链,也可以是双链DNA质粒。HDR修复模式在细胞中发生率较低,通常小于10%。为了增加基因敲入的成功率,目前有很多科学家致力于提高HDR效率,将编辑的细胞同步至HDR最活跃的细胞分裂时期,促进修复方式以HDR进行;或者利用化学方法抑制基因进行NHEJ,提高HDR的效率

3、基因抑制、基因激活(Repression or Activation)

Cas9的特点是能够自主结合和切割目的基因,通过点突变的方式使Cas9的两个结构域RuvC-和HNH-失去活性,形成的dCas9只能在sgRNA的介导下结合靶基因,而不具备剪切DNA的功能。因此,将dCas9结合到基因的转录起始位点,可以阻断转录的开始,从而抑制基因表达;将dCas9结合到基因的启动子区域也可以结合转录抑制/活化物,使下游靶基因转录受到抑制或激活。因此dCas9与Cas9、Cas9 nickase的不同之处在于,dCas9造成的激活或者抑制是可逆的,并不会对基因组DNA造成永久性的改变。

4、多重编辑(Multiplex Editing)

将多个sgRNA质粒转入到细胞中,可同时对多个基因进行编辑,具有基因组功能筛选作用。多重编辑的应用包括:使用双Cas9nickases提高基因敲除的准确率、大范围的基因组缺失及同时编辑不同的基因。通常情况下,一个质粒上可以构建2~7个不同的sgRNA进行多重CRISPR基因编辑。

5、功能基因组筛选

利用CRISPR-Cas9进行基因编辑可以产生大量的基因突变细胞,因此利用这些突变细胞可以确认表型的变化是否是由基因或者遗传因素导致的。基因组筛选的传统方法是shRNA技术,但是shRNA有其局限性:具有很高的脱靶效应以及无法抑制全部基因而形成假阴性的结果。CRISRP-Cas9系统的基因组筛选功能具有高特异性和不可逆性的优势,在基因组筛选中得到了广泛的应用。目前CRISPR的基因组筛选功能应用于筛选对表型有调节作用的相关基因,如对化疗药物或者毒素产生抑制的基因、影响肿瘤迁移的基因以及构建病毒筛选文库对潜在基因进行大范围筛选等。 CRISPR-Cas9基因编辑技术简介 - 知乎 ()

基本原理

CRISPR簇是一个广泛存在于细菌和古生菌基因组中的特殊DNA重复序列家族,其序列由一个前导区(Leader)、多个短而高度保守的重复序列区(Repeat)和多个间隔区(Spacer)组成。

前导区一般位于CRISPR簇上游,是富含AT长度为300~500bp的区域,被认为可能是CRISPR簇的启动子序列。重复序列区长度为21~48bp,含有回文序列,可形成发卡结构。

重复序列之间被长度为26~72bp的间隔区隔开。Spacer区域由俘获的外源DNA组成,类似免疫记忆,当含有同样序列的外源DNA入侵时,可被细菌机体识别,并进行剪切使之表达沉默,达到保护自身安全的目的。

工作原理

当细菌抵御噬菌体等外源DNA入侵时,在前导区的调控下,CRISPR被转录为长得RNA前体(Pre RISPR RNA,pre-crRNA),然后加工成一系列短的含有保守重复序列和间隔区的成熟crRNA,最终识别并结合到与其互补的外源DNA序列上发挥剪切作用。

目前发现的CRISPR/Cas系统有三种不同类型即I型、II型和III型,它们存在于大约40%已测序的真细菌和90%已测序的古细菌中。其中II型的组成较为简单,以Cas9蛋白以及向导RNA(gRNA)为核心组成,也是目前研究中最深入的类型。

CRISPR基因编辑技术,常被比作“基因剪刀”。

CRISPR(/'krɪspər/,Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)是原核生物基因组内的一段重复序列,是生命进化历史上,细菌和病毒进行斗争产生的免疫武器。

简单说就是病毒能把自己的基因整合到细菌,利用细菌的细胞工具为自己的基因复制服务,细菌为了将病毒的外来入侵基因清除,进化出CRISPR-Cas9系统。

利用这个系统,细菌可以不动声色地把病毒基因从自己的基因组上切除,这是细菌特有的免疫系统,是古菌和细菌抵抗病毒等外源遗传物质入侵的一种获得性免疫系统。

微生物学家掌握了细菌拥有多种切除外来病毒基因的免疫功能,其中比较典型的模式是依靠一个复合物,该复合物能在一段RNA指导下,定向寻找目标DNA序列,然后将该序列进行切除。

许多细菌免疫复合物都相对复杂,其中科学家掌握了对一种蛋白Cas的操作技术,并先后对多种目标细胞DNA进行切除。

这种技术被称为CRISPR/Cas基因编辑系统,迅速成为生命科学最热门的技术。该技术具有非常精准、廉价、易于使用,并且非常强大的特点。

2018年2月,专家预测称,这种基因编辑技术将改变我们的星球,改变我们生活的社会和周围的生物。

基因编辑技术原理

基因编辑技术指能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技术自问世以来,就有着其它基因编辑技术无可比拟的优势,技术不断改进后,更被认为能够在活细胞中最有效、最便捷地“编辑”任何基因。

这是运用了好梦技术做到的,有了这样的技术。所以可以运用它们的工具,医生只手操作就可以看到结果。

我之前碰到过类似的问题,总结一下就是,基因编辑的原理的确是基因突变,不是基因重组。基因编辑是比较精确的能对生物体基因组特定目标基因进行修饰(改变几个碱基之类的);转基因技术才是基因重组(将特定的外源目的基因转移到受体生物中)。

"公众对转基因担心的并不是基因技术,关键是转基因的“转”,现在通过基因测序研究已发展出基因编辑技术,可根据需要对原来的基因进行重新编辑,它可以不转任何新的基因,也能产生很好效果。中国今后将在进一步开展转基因研究的同时,积极推动基因编辑技术研究"。大妈连基因编辑都知道,真是厉害啊。既然提到这个,我就来科普一下啦。这个技术被Science期刊列为2013年十大突破中的第二位。导引RNA-Cas9系统是目前最简单有效的基因编辑方法。这个系统本身最初是受细菌抵抗噬菌体的启发。理论上你可以合成跟任何基因的DNA互补的导引RNA,这个RNA通过DNA-RNA序列互补(碱基配对),把核酸酶Cas9定位到目标基因,然后Cas9利用它的核酸酶活性把目标基因在特定的部位切断。之后,细胞自身的DNA损伤修复机制可以被用来改变目标基因Cas9切割点附近的DNA序列。这个系统可以用来选择性剔除某个基因,控制目标基因的转录活性,甚至有可能用来纠正导致遗传性疾病的突变基因。可是说到底,这个系统还是需要导入外源蛋白Cas9(最常用的是来自链球菌的Cas9)。另外,基因编辑只是对内源(原有)基因的修饰,而作物之所以需要转基因,常常是因为它们的内源基因里面没有包括编码某些有益性状的基因。如果要把内源的某个基因就地变成一个新的基因,即使技术上可以做到,带来的坏处也很可能超过好处(当然在特定条件下可能有例外),因为这个基因就会失去了原来该有的功能。当然,在有的情况下,可以利用基因编辑技术改变基因组里面某些基因的表达水平,就可以加强某些有益的性状和减弱某些有害性状。总之反转跟信教一样,是一种思维定式,基本上无解,不是技术手段可以解决的问题。

基因编辑农业未来

1、人工智能专业随着科技的进步发展,未来属于人工智能时代,各行各业和日常生活已经离不开人工智能。所以这类人才的需求量是比较大的,而且对应的薪酬待遇很高,比普通程序员的工资还要高。现在这类人才比较稀缺,很多企业招不到人,如果有条件,尽量深造,以后的发展前途更好,本科毕业后也是可以如愿找到一份好工作。2、大数据专业大数据专业是随着时代发展而兴起的专业,尤其是像百度、腾讯、阿里、网易等著名互联网企业,对大数据的搜集信息量非常大,而他们也非常愿意招聘大数据专业的毕业生。在未来10年内,这门专业同样具有发展前景,毕业之后非常吃香。3、小语种专业如今全球的联络已经非常紧密,随着我国政策的推进,与其他国家的合作越来越多,也需要一些小语种人才,比如法语、西班牙语、阿拉伯语等。所以未来10年甚至更长的时间范围里,小语种这一专业都是比较热门的,对人才的需求量比较大,同时很多工作的薪资待遇都非常丰厚。4、口腔医学专业未来医学专业的发展前景都是非常好的,口腔医学更是比较热门的一大专业,现在越来越多的人都在关注口腔健康,而且口腔医学专业是一个非常赚钱的行业,就业前景十分广阔。很多人的牙齿健康都是存在问题的,大家对口腔美容的需求也越来越多,这个的市场是非常大的,而且还在不断扩大,需求带动市场,而市场需要人才,所以这个专业的就业前景非常,就业的待遇是非常不错的。

基因在农业生产上的应用已经非常广泛,但其中的道理未必广为人知。那么所谓基因到底是什么呢?它是控制生物性状的基本单位,记录着生物生殖繁衍的遗传信息。并且通过修改基因能改变一个有机体的部分或全部特征。它的作用主要是以转基因技术和基因克隆技为核心。通过它们改良动植物的品种,从而大大提高经济效益。那么下面我们就谈谈它们是怎样为人类服务的呢?

一、转基因技术

转基因技术就是按照人们预先设计的生物蓝图,把所需要的基因从一种生物的细胞提取出来,在体外进行“外科手术”,然后把所需要的基因导入另一种生物的细胞中,从而有目的地改造生物的遗传特性,创造出符合人类需要的新品种。转基因技术能培养出多种快速生长的转基因鱼、转基因羊、产奶量高的转基因牛等,还能培育出抗旱、抗涝、抗盐碱、抗枯萎病和抗除草剂的转基因作物,还培育出抗虫作物,科学家将杀虫基因转入植物体内后,植物体内就能合成霉素蛋白,产生这种霉素蛋白基因的作物有烟草、马铃薯、番茄、棉花和水稻等,其中效益最大的是抗虫棉。

二、应用基因技术的优点

从前面可以看出,基因技术的突破,是科学家得以用传统育种专家难以想象的方式改良动植物品种,其优点是显而易见的。第一,可降低生产成本。一个品种的基因加入另一种基因,会使该品种特性发生变化,具备原品种所不具备的因子,从而增强了抗病、抗杂草或抗虫害能力。由此可减少植物农药和除草剂的用量,降低种植成本。并且动物死亡率明显降低,从而提高养殖业的经济效益。

第二,可提高动植物产量。一种动植物的基因改良后,更容易适应环境,能更有效抵御各种灾害的袭击,并使产量更高。

第三,转基因技术可以使开发动植物的时间大为缩短。利用传统的育种方法,需要七、八年时间才能培育出一个新的品种,而基因工程技术培育出一种全新的动植物品种,时间可缩短一半。因此,有专家认为,不出多少年,转基因技术将改变世界。第四,转基因技术还可根据人们的需要,赋予农作物新的特性。例如可以使农作物自己释放出杀虫剂,可以使农作物在旱地或盐碱地上生长,或者生产出营养更为丰富的食品。科学家还利用转基因技术,开发能够生产防病的疫苗和食品的农作物。

总之,基因技术虽然说是有利,也有弊,但是毕竟利大于弊,因此被广泛应用。并且科学家们还在继续深入研究它,努力更好地、更多地、更快地为人民服务。未来农业在基因方面还有很大的空间。未来可走的路还有很多。

行业主要上市公司:隆平高科(000998)、登海种业(002041)、荃银高科(300087)、丰乐种业(000713)、农发种业(600313)、神农科技(300189)、万向德农(600371)

本文核心数据:全球转基因作物种植面积、全球转基因作物种植国家、全球转基因作物应用率、全球获批转化体数量

全球转基因发展概况

1、发展历程:处于成熟发展阶段

转基因作物的商业化种植始于1996年,从历史发展看,转基因育种发展期间经历了早期探索、快速推广、成熟发展三个阶段。

2、总体情况:种植面积趋于稳定

1996-2019年转基因作物种植面积从170万公顷攀升至亿公顷,年复合增长率,2013-2019年转基因作物种植面积趋于稳定,年复合增长率。

3、性状发展趋势:复合性状逐步取代单一性状品种

从性状表现看,转基因作物经历三代发展,其中第一代聚焦抗除草剂、抗虫、抗病毒等单一性状,第二代则将多种抗性复合,第三代进一步追求品质和营养的改良。

据ISAAA数据显示,2019年,全球复合性状增长了6%,相当于8510万公顷,覆盖了全球45%的转基因作物种植面积;耐除草剂作物种植面积减少至8150万公顷,占比为43%;抗虫性状占比为12%。

各国转基因发展概况

1、种植情况:国家两极分化严重

从国家层面看,全球转基因种植国家两极分化严重。ISAAA数据显示,五大转基因种植国家的种植面积占比近9成,其中,美国种植面积为百万公顷();巴西种植面积为百万公顷();阿根廷种植面积为24百万公顷();加拿大种植面积为百万公顷();印度种植面积为百万公顷()。中国的转基因种植面积为百万公顷,占比,位列第7位。

2、应用情况:五大种植国应用率接近饱和

在转基因应用率方面,2019年,五大转基因种植国家的平均应用率已接近饱和,其中美国95%、巴西94%、阿根廷接近100%、加拿大90%、印度94%,若要进一步扩大这些国家的转基因作物面积,则需要有新的转基因作物和性状批准井商业化。

3、管理模式情况:各国管理模式差异较大

转基因对于各国种子安全具有至关重要的意义,从转基因作物的研发管理来看,各国的模式有较大差异:

细分作物发展现状

1、种植情况:大豆是主要转基因作物,玉米占比提升明显

全球四大转基因种植品种包括大豆、玉米、棉花、油菜,2019年,四大品种种植面积占全球转基因总种植面积,占比从高到低依次为大豆、玉米、棉花、油菜。

从趋势来看,2015-2019年,玉米的面积占比显著上升,挤压了大豆的种植面积,五年间,玉米面积占比上升了2个百分点,大豆下降了个百分点。

2、应用情况:大豆、棉花应用率较高

从作物种植面积看来,2019年,转基因大豆的应用率最高,达到了94%;其次是棉花,应用率为79%、玉米和油菜的应用率仍相对较小,分别为31%和27%。

3、获批数量情况:玉米转化体获批数量最多

从全球新获批转基因品种来看,玉米是转化体获批数量最多的作物。据ISAAA的数据显示,截止2019年全球(71个国家/地区)共批准了403个转化体,其中玉米获批146个,同比增长66%,占36%;其次是棉花、马铃薯、大豆和油菜,分别获批66、49、38、38个。

以上数据来源于前瞻产业研究院《中国种子行业市场需求预测与投资战略规划分析报告》

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基因编辑技术研究进展参考文献

环状RNA(circular RNAs, circRNAs)是一类由mRNA 前体(pre-mRNA)经反向剪接形成的共价闭合环状非编码RNA。CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现,但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式(circRNA没有游离的5’和3’末端),以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法,导致大量circRNA的信息被遗漏,使得人们一度认为环状 RNA 只是错误剪接的副产物,对circRNA的关注并不高。 随着高通量测序技术和生物信息学的发展,成千上万种circRNA被发现,围绕着circRNA的基础研究也越来越多。大量研究表明circRNA在哺乳动物细胞中具有内生、丰富、保守、稳定等特点,并经常表现出组织或时空特异性,可以通过多种机制参与机体生长发育调控,以及疾病的发生和发展。因此,近年来circRNA逐渐成为非编码RNA研究领域的热点。 根据circRNA序列的来源,可以分为3类: 1. 序列全部来源于外显子,称为Exonic circRNAs   2.  序列来源于外显子和内含子,称为EIciRNAs   3. 序列全部来源于内含子,称为ciRNAs。 circRNA是由mRNA前体(pre-mRNA)经反向剪接(back-splicing)形成的,目前报道的成环模型主要有以下3种: · 内含子反向互补序列驱动环化环化 外显子两端的侧翼内含子含有多对反向互补序列,反向互补序列促使内含子序列配对,使得下游的剪接供体(Splice-Donor)与上游的剪接受体(Splice-Acceptor)靠近,从而结合形成环状RNA。(图1.左) · RNA结合蛋白驱动环化 环化外显子两端的侧翼内含子含有RNA结合蛋白(RBPs)识别的基序,RBP分别与两翼内含子特异基序结合后,会形成二聚体,促进两翼内含子互相靠近,进而连接成环。(图1.右) · 套索驱动环化 mRNA前体剪接时,会发生外显子跳读事件,产生包含外显子和内含子的套索中间体,随后该中间体发生反向剪接,形成环状RNA。(图2.) circRNA最常见的功能是作为miRNA海绵体与miRNA结合,从而影响miRNA对基因的调控。比如研究得比较多的小脑退行性相关蛋白基因(CDR1)反义链转录的环状RNA分子: Cdr1as,它包含约70个miR-7 的结合位点和1个miR-671结合位点,其中与miR-7的结合方式是非完全互补,只是结合,不会被AGO2蛋白介导降解,而与miR-671的结合方式是完美的互补。当Cdr1as高表达时,miR-7被结合,无法抑制原癌基因的mRNA,从而上调原癌基因的表达,导致癌症的发生。当miR-671高表达时,Cdr1as被降解,miRNA得到释放,与原癌基因mRNA结合,起到基因下调的作用,抑制癌症的发生。(图3.) 很多环状RNA上含有蛋白结合的位点,可以作为蛋白的海绵体。如RNA剪切因子MBL,可结合亲本基因第二外显子,促使其环化形成circ-Mbl,circ-Mbl又能与MBL结合,降低MBL有效浓度,减少MBL生成。 除了作为miRNA及蛋白海绵体,circRNA还可以作为支架蛋白促进酶的共定位、结合转录因子抑制靶基因表达、参与亲本基因表达调控、在特定的情况下还可以翻译出多肽。根据参与的功能不同,circRNA所处的细胞定位也不同,如作为miRNA或蛋白海绵体时,circRNA需由细胞核运输到细胞基质起作用,而参与亲本基因表达调控或结合转录因子抑制靶基因时,circRNA常在细胞核中起作用。 (参考文献:Kristensen, L. S., Andersen, M. S., Stagsted, L. V., Ebbesen, K. K., Hansen, T. B., & Kjems, J. (2019). The biogenesis, biology and characterization of circular RNAs. Nature Reviews Genetics, 20(11), 675-691.) 随着越来越多内源性的circRNA被发现在人体组织中有着广泛表达,circRNA与疾病的关系逐渐成为焦点。目前研究最多的是circRNA与实体瘤之间的关系,促进肿瘤生成的一些circRNA,如头颈部鳞状细胞癌中的circPvt1;结直肠癌,食道鳞状细胞癌和肝细胞癌中的cirs-7(CDr1as)。抑制肿瘤的circRNA,如胶质母细胞瘤中的circsMARCA5 and circ-SHPRH。还有一些circRNA在不同组织或不同细胞所起的作用可能不同,如circHiPK3,在直肠癌中是原癌基因,但是在膀胱癌中又是抑制癌细胞的。 除了癌症,研究还发现circRNA与糖尿病,心血管疾病,慢性炎症和神经系统疾病都有密切的关系。相信随着生物技术的发展以及越来越多对circRNA的深入研究,circRNA的形成和作用机理可以更加清晰,在疾病预防,检测及治疗方面也可以起到重要的作用。 circRNA敲除方案比较难设计,一般会使用以下两种方法: 方案一:将两条gRNA分别设计在circRNA exon的两端,直接敲除环化的外显子序列。这种方案虽然敲除彻底,但是在敲除circRNA的同时,也会影响到编码蛋白的亲本基因,需要根据具体的实验目的考虑是否可行。   方案二:通过破坏circRNA成环来达到敲除的目的。需要先找到circRNA的成环元件,成环元件一般位于被环化外显子两端的长侧翼内含子中。找到成环元件后,在两端设计gRNA进行敲除,既不破坏编码基因的外显子,又可以实现circRNA的敲除(图4.) 应用案例: circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA,它可以与多种miRNA结合,作为细胞生长的调节剂,影响肿瘤的形成。为了验证circ-HIPK3成环的机制,需要找到侧翼内含子中的成环元件,对上下游预测的两个成环元件分别设计一对sgRNA,利用CRISPR/Cas9系统将预测的成环元件进行敲除,检测circRNA表达情况是否发生变化。经过PCR和RT-QPCR验证,发现下游成环元件敲除后,circHIPK3表达明显下调,而上游成环元件敲除后,circHIPK3的表达不仅没有下调还有所升高。推测可能是上游的成环元件序列太多,预测的不准确。为了进一步验证是其他成环元件驱动的成环,将gRNA3或gRNA4分别与gRNA5或gRNA6共注射,敲除成环元件上游大片段内含子。RT-QPCR结果显示circHIPK3表达确实下降了,说明上游是由其他的成环元件起到成环的作用。 (参考文献:Zheng, Q., Bao, C., Guo, W., Li, S., Chen, J., Chen, B., ... & Liang, L. (2016). Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 7(1), 1-13.) 在研究circRNA功能的方法中,最经典的抑制circRNA的方法是通过RNAi的方式(shRNA)进行敲降。为了避免影响到mRNA,设计方案时需将干扰序列设计在反向剪接位点(BSS)处。 源井生物通过设计高效的shRNA,用慢病毒法将干扰载体转入细胞中,根据最佳药筛浓度对细胞进行药物筛选,直到对照组细胞全部死亡,获得circRNA敲降的稳定细胞株。 应用案例: 用siRNA进行敲降后,通过检测细胞增殖凋亡情况,说明circ-HIPK3敲除后抑制细胞增殖。首先设计三组实验,分别针对HIPK3 mRNA线性转录本、circ-HIPK3环状转录本和两种转录本共有部分设计siRNA,并在HEK-293 T细胞系上验证设计的siRNA只干扰相应的转录本。 利用增殖凋亡检测试剂盒:CCK-8和EdU进行细胞增殖凋亡检测,结果显示HIPK3 mRNA敲降后不明显影响细胞增殖,而circ-HIPK3敲降后,会明显抑制细胞增殖。 (参考文献:Zheng, Q., Bao, C., Guo, W., Li, S., Chen, J., Chen, B., ... & Liang, L. (2016). Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 7(1), 1-13.) circRNA过表达一直有成环效率低,容易错配成环等难点。通过优化侧翼成环框架,如成环元件、QKI等RBP的结合位点,使circRNA准确高效环化。过表达后仍需要检测是否成功成环,以及线性mRNA是否表达。为了研究一种新环状RNA 载体表达 系统的成环效率,选择小鼠circRtn4环状基因在多种细胞系(包括Hela,N2a,HEK293)中进行表达验证。根据不同细胞系中进行的RT-QPCR实验数据显示,新载体系统pCircRNA-DMo-Rtn4成环效率在几种不同的细胞系中均比普通的载体系统(pCircRNA-BE-Rtn4)要高效得多。Northern Blotting是检测circRNA的金标准,探针通常跨反向剪接位点设计。但由于Northern Blotting需要的circRNA量非常大,耗时间精力,而且探针一般是放射性标记,操作上比较困难。常用的检测方案还是用RT-PCR或者是RT-QPCR,引物设计在反向剪接位点两端。(图9.)

自 20 世纪 70 年代末开始,全球乳腺癌发病率一直呈上升趋势。美国女性乳腺癌的患病率高达。中国虽然不是乳腺癌的高发国家,但是近年来我国乳腺癌发病率的增长速度却高出高发国家 1~2 个百分点。同时,在卫计委公布的 2013 年年鉴中显示,我国在2004年到2005年间,乳腺癌的已经成为女性死亡率最高的生殖系统肿瘤。甚至有研究表明,现在在中国,与其他大多数国家一样,乳腺癌也成为了中国女性最常见的癌症。 多梳基因家族(polycomb group,PcG)蛋白PcG是一类表观遗传抑制因子,包括PRC1和PRC2两大复合物,在决定细胞命运以及肿瘤发生等方面发挥重要作用。PCGF1是多梳基因家族PRC1复合体的重要组成部分,该复合体主要包括PCGF蛋白、CBX蛋白,RING1蛋白和HPH蛋白。 前期研究发现PCGF1在多种肿瘤细胞中表达丰度较高,尤其以乳腺癌细胞和胶质瘤细胞表达尤为明显。以PCGF1序列为模板,设计sgRNA干扰序列,两端加入载体连接序列。通过DNA片段合成所需sgRNA序列。退火形成oligo二聚体序列后,使用T4 DNA连接酶重组干扰序列与pCAG-T7-Cas9-pgk-Puro-T2A-GFP质粒,最终成功构建 PCGF1 敲低载体。将pCAG-T7-Cas9-gRNA-pgk-Puro-T2AGFP重组载体通过脂质体转染MCF7细胞系。通过嘌呤霉素进行阳性克隆筛选,Western blotting检测PCGF1表达。结果显示成功得到了PCGF1稳定敲低的MCF7细胞系转染 MCF7 细胞系。 根据CRISPR/Cas9靶点设计原则,设计能特异性针对CDH1基因的sgRNA,以lentiCRISPR v2质粒为骨架构建能表达此sgRNA和Cas9蛋白的重组质粒.测序鉴定后,将重组质粒与逆转录病毒包装质粒VSVG,PAX2在氯化钙介导下共同转入HEK293T细胞进行病毒包装,转染48 h后收集病毒上清,直接感染人乳腺癌MCF-7细胞.采用嘌呤霉素筛选CDH1缺失的乳腺癌MCF-7细胞,通过DNA测序,Western印迹及免疫荧光染色实验验证获得的MCF-7细胞.结果:构建了靶向CDH1的CRISPR/Cas9质粒;DNA测序和Western印迹实验结果表明获得了稳定敲除CDH1的人乳腺癌MCF-7细胞.免疫荧光染色结果显示,相比对照组,稳定敲除CDH1的MCF-7细胞中已无法明显观察到E-钙黏蛋白的表达分布.结论:通过CRISPR/Cas9基因编辑技术构建了CDH1基因缺失的MCF7细胞系,为进一步研究CDH1在肿瘤免疫治疗中的作用提供了基础. ESR1突变已经被证实与乳腺癌内分泌治疗耐药密切相关,在经过至少一线内分泌治疗的转移性乳腺癌患者中,ESR1 LBD突变的阳性率在54%左右,研究证实Y537S位点突变型ER的活性最高,并且近几年的研究发现ESR1 Y537S突变不仅对传统的内分泌治疗耐药,也会对最新的CDK4/6抑制剂产生耐药。 为了解决晚期转移性患者在化疗期间遇到的一系列问题,空军军医大学西京医院李南林教授与来自哈佛大学Dana-Farber Cancer Institute 的乳腺癌专家Rinath Jeselsohn开展合作,最终发现氟维司群联合化疗在ER阳性、P53野生型乳腺癌细胞系中具有协同效应,同时拥有ESR1 Y537S突变的细胞系具有更高的协同效应分数;细胞G0/G1期阻滞和细胞凋亡增加可能是这两种药物发挥协同作用的主要机制。因此,对于ESR1 Y537S突变、P53野生型的乳腺癌患者,氟维司群联合化疗或许可以发挥更好的作用,但仍需进一步动物实验和临床试验研究证实。 参考文献: 闫睿, 樊嵘, 董瓅瑾,等. 利用CRISPR/Cas9系统构建PCGF1基因敲除MCF7稳定细胞系[J]. 武警后勤学院学报(医学版), 2017(04):11-14. 高伟健, 朱一超, 郑幽,等. 利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建CDH1基因敲除的人乳腺癌MCF-7稳定细胞系[J]. 生物技术通讯, 2020, ;(02):33-37+117. Huang M , J Wu, Ling R , et al. Quadruple negative breast cancer[J]. Breast Cancer, 2020, 27(4).

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