m6A RNA甲基化是最常见、最丰富的真核生物mRNA转录后修饰。研究表明，m6A 在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6A RNA 甲基化参与 RNA 的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。本期着重解读两篇癌症中的 m6A 研究，看一下 m6A RNA 甲基化如何玩转高分期刊。 2020年10月，南京医科大学汪秀星课题组和美国 UCSD Jeremy Rich 等课题组在Cancer Discovery上发表题为“The RNA m6A reader YTHDF2 maintains oncogene expression and is a targetable dependency in glioblastoma stem cells”的研究论文。该研究为靶向治疗胶质母细胞瘤提供了新的治疗机会。 研究背景 胶质母细胞瘤（GBM）代表了最常见的原发性，内在性脑肿瘤，患者的平均生存期限制在一年以上。鉴于胶质母细胞瘤干细胞（GSC）在治疗抗性，血管生成，免疫逃逸和侵袭中的作用，临床和临床前观察表明，靶向GSC可以改善肿瘤预后神经肿瘤学上的精准医学研究。 研究方法 研究结果 1. 在 GSC 中上调的致癌转录本以 RNA m6A 修饰为标志 作者利用 MeRIP-seq 对 GSC 和神经干细胞（NSC）进行 m6A 标记的检测，结果发现，与非肿瘤对应物相比，GSCs 的m6A 分布发生了改变。通过38个 GSCs 和5个 NSCs 的队列中的 RNA-seq 数据进行 GSEA 分析，具有 m6A 峰的基因在GSC 高度富集，而且在 GSC 中获得的具有 m6A 峰的基因均被上调。相反，相对于 NSC、GSC 中丢失 m6A 峰的基因通常在 GSC 中被下调。而且，在 GSC 中，与癌症干细胞相关的重要基因上获得了 m6A 峰，包括表达增加的 OLIG2 和 MYC 。 2. YTHDF2 在 GSC 中表达上调，对 GSC 的维持至关重要 作者为研究 m6A YTHDF 在胶质母细胞瘤中的功能作用，利用 CRIPR 技术检测了 YTHDF2 ，相对于对照 sgRNA，敲除 YTHDF2 会降低细胞活力及减少 GSCs 中细胞球形成。为研究了 YTHDF2 耗竭是否会诱导 GSC 分化，正交实验发现，shRNA 介导的 YTHDF2 敲低会降低 GSC 的活性，过表达的 YTHDF2 可以挽救 GSC 的活性。结果表明， YTHDF2 是胶质母细胞瘤维持的一个特异性和有效的调节因子。 3. YTHDF2 通过 m6A RNA 修饰支持 GSCs 中的基因表达 作者利用 RNA-seq 检测 YTHDF2 的下游靶点，敲除 YTHDF2 可引起 GSCs 中广泛基因表达的改变， MYC 靶点显著富集，而且，GSCs 中获得 m6A 峰的基因更频繁地下调。通过 qPCR 也验证了 YTHDF2 敲除对 MYC、VEGFA mRNA 水平降低的作用。为了预测 YTHDF2 在 GSCs 中的作用，作者结合 TCGA 胶质母细胞瘤基因表达数据，发现 YTHDF2 相关基因 MYC 和 E2F 靶点以及 G2M 调节因子和氧化磷酸化介质高度富集。这些数据表明 YTHDF2 作为与 m6A 差异修饰相关的转录程序的调节因子。 4. YTHDF2 通过保持 MYC 转录稳定发挥 GSC 特异性依赖作用 为了确定 YTHDF2 介导作用于 GSCs 中 MYC 的特异性，作者比较了在 NSCs 和 GSCs 之间 YTHDF2 缺失的影响。NSCs 中 YTHDF2 敲低并不影响 MYC mRNA 水平，但降低了 GSCs 中 MYC mRNA 水平。而且， YTHDF2 耗竭降低了GSC 的活性，而不影响 NSCs。因此， YTHDF2 代表了一种 GSC 特异性依赖，通过 MYC 基因的特异性稳定支持胶质母细胞瘤的生存。 5. IGFBP3 是 GSCs 中 YTHDF2-MYC 轴的下游靶点 因为 IGFBP3 是 YTHDF2 耗尽后最高下调基因之一，作者研究了 IGFBP3 是否调控 YTHDF2-MYC 轴下游的细胞活力。 IGFBP3 的缺失降低了 GSC 的活性和细胞球形成。 IGFBP3 过表达挽救了 GSCs 免于 YTHDF2 下调介导的细胞死亡。最后，作者利用20个胶质母细胞瘤和20个非肿瘤脑组织中 IGFBP3 的表达进行验证，观察到 GSC 中 IGFBP3 mRNA 表达升高。结果表明， IGFBP3 是 GSCs 中 YTHDF2-MYC 信号轴的关键下游效应子。 6. YTHDF2-MYC-IGFBP3 轴促进体内肿瘤生长 为了探讨在体内靶向 YTHDF2 治疗的潜在益处，作者利用 CRISPR 敲除技术对原位异种移植物的小鼠进行检测。结果表明，与携带对照 sgRNA 的 GSCs 的小鼠相比，敲除 YTHDF2 延长了肿瘤潜伏期并减少了肿瘤体积。 IGFBP3 过 表达恢复了 YTHDF2 缺失的 GSCs 体内成瘤能力。 研究结论 通过结合体外和体内的 GSCs 研究，该研究阐明了 m6A 介质在 GSCs 中的功能，并确定 YTHDF2 是 GSCs 特异性依赖，通过稳定 MYC 转录物调控 GSCs 中的葡萄糖代谢。这些发现为靶向治疗胶质母细胞瘤提供了新的治疗机会。 2020年4月，上海交通大学医学院附属仁济医院洪洁团队在 Molecular Cancer 上发表了题为“m6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression”的研究论文。研究表明，靶向 METTL3 及其通路为高糖代谢的 CRC 患者提供了另一种合理的治疗靶点。 研究背景 结直肠癌 (CRC) 是全球第四大常见恶性肿瘤和第三大癌症死亡原因，而以乳酸作为糖酵解的最终产物，被认为是治疗癌症的一种有前途的方法。m6A 调控基因的改变在多种人类疾病的发病机制中起着重要的作用，但 m6A 修饰是否在 CRC 的葡萄糖代谢中起作用尚不清楚。 研究方法 研究结果 1. METTL3 与结直肠癌糖酵解密切相关 为了探讨结直肠癌（CRC）中 m6A 修饰与糖酵解代谢之间的相关性，作者对47例 CRC 患者进行 RT-PCR分析，CRC患者中FDG 摄取与 METTL3 表达之间存在最显着的相关性。进一步分析发现 CRC 患者中 FDG 摄取与 METTL3 免疫组化染色存在显著相关性。最后，作者利用 RNA-seq 比较 METTL 3 敲除和野生型(WT) HCT116 CRC 细胞的基因表达谱， METTL3 敲除细胞表现出更高的 METTL3 表达。这些结果表明 METTL3 可能介导 CRC 患者糖溶解代谢和癌变。 2. METTL3 在结直肠癌中促进糖酵解代谢 为了弄清 METTL3 的改变是否直接影响糖酵解代谢，研究发现敲除 METTL3 可显著降低 HCT116 和 SW480 细胞的胞外酸化速率(ECAR)水平，过表达 METTL3 显著提高了 DLD1 细胞的乳酸生成、葡萄糖吸收和 ECAR 水平。为了阐明 Mettl3 诱导的 CRC 糖酵解是否依赖于其甲基转移酶功能，作者通过 Mettl3 野生型和突变型的研究，发现 Mettl3 的 MTase 结构域的缺失阻断了 Mettl3 诱导的糖酵解过程。这些数据表明 Mettl3 通过其甲基转移酶结构域调控结直肠癌糖酵解代谢。 3. 在结直肠癌中， METLC3 诱导的增殖依赖于糖酵解的激活 METLC3 的敲除消除了 HCT116 细胞的细胞增殖和集落形成，并且降低了 HCT116 肿瘤的生长和异种移植小鼠模型中的肿瘤重量。在功能分析中， METTL3 的过表达增加细胞增殖、集落形成、肿瘤的生长和肿瘤的重量。2-DG（糖酵解途径的抑制剂）处理在体外和体内显着阻断了 METTL3 诱导的细胞增殖和菌落形成，这些结果表明 Mettl3 通过调控结直肠癌糖代谢促进 CRC 进展。 4. METTL3 在结直肠癌中的潜在靶点 为了鉴定 METTL 3 的潜在靶标，作者选择了 METTL3 敲除和 WT HCT116 细胞进行 MeRIP-seq和RNA-seq，最常见的motif ' GGAC '在 m6a 峰中显著富集，大部 分 METTL3 结合位点位于 CDS区，在 5'UTR 和 3'UTR 高度富集，并且 m6A在转录水平上发生了全局低甲基化。联合RNA-seq数据，确定了429个低甲基化的 m6A 基因，其 mRNA 转录被下调，595个低甲基化的 m6A 基因，其 mRNA 转录被上调。基于甲基化水平与 mRNA 表达水平都下降，找到与糖酵解密切相关的靶基因 HK2 和 SLC2A1(GLUT1) 。 6. HK2 和 SLC2A1 是 METTL3 在 CRC 中重要的功能靶基因 作者通过 HCT116 WT 和 mettl3 敲除细胞转染 control、 HK2 或 SLC2A1 过表达实验发现， HK2 或 SLC2A1 的异位表达部分恢复了敲除 mettl3 细胞的增殖、集落形成能力和肿瘤生长，而且，也能恢复 HCT116 mettl3 敲除细胞中乳酸产量的下降。同时，在体外和体内，过表达 SLC2A1 显著恢复了 HCT116 mettl3 敲除细胞葡萄糖摄取下降的趋势。因此， HK2 和 SLC2A1 介导了 CRC 细胞中 METLL3 的调节功能。 研究结论 METTL3 是 CRC 的一种功能性和临床致癌基因。 METTL3 通过 m6A- IGF2BP2/3— 依赖机制稳定 CRC 中 HK2 和 SLC2A1 的表达。靶向 METTL3 及其通路为高糖代谢的 CRC 患者提供了另一种合理的治疗靶点。 参考文献 [1] Dixit D, Prager B, GimpleShen R, et al. The RNA m6A reader YTHDF2 maintains oncogene expression and is a targetable dependency in glioblastoma stem cells[J]. Cancer Discovery, 2020. [2] Shen C, Xuan B, Yan T, et al. M6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression[J]. Molecular Cancer, 2020, 19(1).
从简单地剪切致病基因，到开发出不再传播疾病的工程动物，基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。随着研究的深入，科学界还发现，除了编辑具有遗传讯息的DNA片段，编辑RNA可以在不改变基因组的情况下，帮助调整基因表达方式，此外，RNA的寿命是相对短暂的，这也意味着它的变化是可以逆转的，从而避免基因工程中的巨大风险。
2017年10月，来自Broad研究所的张锋研究团队在《自然》期刊上发表了题为“RNA targeting with CRISPR-Cas13”的文章，首次将CRISPR-Cas13系统公之于众，证实了CRISPR-Cas13可以靶向哺乳动物细胞中的RNA。仅仅时隔三周，又一篇名为“RNA editing with CRISPR-Cas13”的力作发表于《科学》期刊。在该研究中，张锋研究团队再次展示了这一RNA编辑系统，能有效地对RNA中的腺嘌呤进行编辑。
在CRISPR出现之前，RNAi是调节基因表达的理想方法。但是Cas13a酶一大优势在于更强的特异性，而且这种本身来自细菌的系统对哺乳动物细胞来说，并不是内源性的，因此不太可能干扰细胞中天然的转录。相反，RNAi利用内源性机制进行基因敲除，对本身的影响较大。但CRISPR-Cas13系统还有一个重要的问题，Cas13a酶本质上是一种相对较大的蛋白质，因此很难被包装到靶组织中，这也可能成为RNA编辑技术临床应用的一大障碍。
2018年3月16日，一项发表在《细胞》期刊的重磅成果为RNA编辑技术带来一大步飞跃，来自美国Salk研究所的科学家利用全新的CRISPR家族酶扩展了RNA编辑能力，并将这个新系统命名为“CasRx”。
CasRx（品红色）在人类细胞核中靶向RNA（灰色），Salk研究所
“生物工程师就像自然界的侦探一样，在DNA模式中寻找线索来帮助解决遗传疾病。CRISPR彻底改变了基因工程，我们希望将编辑工具从DNA扩展到RNA。”研究领导者Patrick Hsu博士表示，“RNA信息是许多生物过程的关键介质。在许多疾病中，这些RNA信息失去了平衡，因此直接靶向RNA的技术将成为DNA编辑的重要补充。”
除了高效性且无明显脱靶效应，新系统的一个关键特征是其依赖于一种比以前研究中物理尺寸更小的酶。 这对RNA编辑技术至关重要，这使得该编辑工具能够更容易被包装到病毒载体，并进入细胞进行RNA编辑。来自东京大学的科学家Hiroshi Nishimasu并未参与这项研究，他表示：“在这项研究中，研究人员发现了一种较Cas13d更加‘紧凑’的酶CasRx。从基础研究到治疗应用，我认为CasRx将成为非常有用的工具。”
此外，在这项研究中，研究人员还展示了利用这种新型RNA编辑系统来纠正RNA过程的能力。他们将CasRx包装到病毒载体中，并将其递送到利用额颞叶痴呆（FTD）患者干细胞中培养的神经细胞，最终使tau蛋白水平恢复到健康水平上，有效率达到80%。
Patrick Hsu博士最后说道：“基因编辑技术通过对DNA的切割带来基因序列的改变。在经过基因编辑的细胞中，其效果是永久的。虽然基因编辑技术能够很好地将基因完全关闭，但对调节基因的表达上并不那么优秀。展望未来，这一最新工具将在RNA生物学研究中发挥重要作用，并有望在未来凭借该技术对RNA相关疾病进行治疗。”
该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默。
3月18日，《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文，该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向Pten基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了Pten的高效沉默，证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性，通过增强下游蛋白AKT的磷酸化，影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时，利用AAV递送CasRx和靶向Pscsk9的sgRNA到小鼠肝脏，有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达，以及小鼠血液中的胆固醇水平。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。
同时，杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作，也探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性（AMD）的可能性，研究人员发现在体内使用CasRx敲低Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积，验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。
近年来，CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年，张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a，可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点，理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势，因而成为近年来的研究热点。2018年，加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比，Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性（与数百个shRNA脱靶相比，Cas13d没有脱靶）和敲除效率（Cas13d达到96％，shRNA达到65％）。而与Cas9介导的基因敲除技术相比，Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA，因此这种基因沉默是可逆的，从而对一些后天性疾病（如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病）的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小，效率高，被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。
此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性，杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性，为临床提供了可能性。为证明CasRx在动物体内的活性，研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选，然后采用尾静脉注射敲低Pten的质粒、尾静脉注射敲低Pcsk9的AAV8病毒、眼部注射敲低Vegfa的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析，分别得到Pten基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调，Pcsk9下调造成血清胆固醇下调；Vegfa下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积。
2020年3月18日，《蛋白质与细胞》期刊在线发表了《Cas13d介导的肝脏基因表达下调对代谢功能的调控》的研究论文，该研究由中科院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉研究组和上海科技大学生命科学与技术学院黄鹏羽研究组合作完成。该研究探索了Cas13d家族蛋白CasRx敲低目的基因的最佳sgRNA组合，通过尾静脉注射质粒的方式，将CasRx系统和靶向 Pten 基因的sgRNA导入到小鼠肝脏细胞中，成功在小鼠肝脏中实现了 Pten 的高效沉默， 证实了CasRx系统在成体动物体内也具有靶向沉默RNA的活性， 通过增强下游蛋白AKT的磷酸化，影响了糖脂代谢相关基因的表达。同时，利用AAV递送CasRx和靶向 Pscsk9 的sgRNA到小鼠肝脏， 有效降低了肝脏中PCSK9的蛋白表达，以及小鼠血液中的胆固醇水平 。这为治疗后天性的代谢疾病提供了新方案。
同时，杨辉研究组与上海交通大学医学院附属上海第一人民医院孙晓东研究组合作，也 探究了CasRx预防严重的眼部疾病——年龄相关性黄斑变性（AMD）的可能性，研究人员发现在体内使用CasRx敲低 Vegfa的mRNA可以显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积**，验证了将RNA靶向的CRISPR系统用于治疗应用的潜力。相关研究论文《CasRx介导的RNA靶向策略可防止年龄相关的黄斑变性的小鼠模型中的脉络膜新生血管形成》3月3日在《国家科学评论》在线发表。
近年来，CRISPR/Cas9技术因其强大且便捷的DNA编辑能力而受到广泛关注。2016年，张锋实验室发现了一种新的Cas蛋白Cas13a，可以靶向RNA进行切割。之后人们又陆续发现了靶向RNA的Cas13b, Cas13c。由于Cas13家族蛋白靶向RNA的特点，理论上在一些特定疾病的检测和治疗上具有独特优势，因而成为近年来的研究热点。2018年，加州大学伯克利分校Patrick Hsu实验室发现了Cas13d家族。他们发现与RNA干扰技术相比，Cas13d介导的基因沉默具有更高的特异性（与数百个shRNA脱靶相比， Cas13d没有脱靶）和敲除效率（Cas13d达到96％ ，shRNA达到65％）。而与Cas9介导的基因敲除技术相比， Cas13d介导的基因沉默不会改变基因组DNA，因此这种基因沉默是可逆的 ，从而对一些后天性疾病（如因不良生活习惯导致的高血脂等后天代谢性疾病）的治疗更有优势。其中Cas13d家族的CasRx蛋白由于体积小，效率高，被认为是在未来应用中最具有优势的Cas13蛋白。
此前的工作都在细胞水平证明了CasRx的高效性和特异性，杨辉研究组的这两篇文章则更进一步在动物体内证明了CasRx的活性，为临床提供了可能性 。为证明CasRx在动物体内的活性，研究人员分别针对目的基因进行了sgRNA的体外筛选，然后采用尾静脉注射敲低 Pten 的质粒、尾静脉注射敲低 Pcsk9 的AAV8病毒、眼部注射敲低 Vegfa 的AAV病毒。对注射后的小鼠进行相应分析，分别得到 Pten 基因下调及其下游蛋白AKT的磷酸化上调， Pcsk9 下调造成血清胆固醇下调； Vegfa 下调显著减少AMD小鼠模型中脉络膜新血管形成（CNV）的面积。
图1 CasRx介导的 Pten 体内体外的下调（ Protein & Cell ）
A.质粒示意图；细胞中 Pten 的下调；检测PTEN及AKT的表达； 与shRNA脱靶比较；E.尾静脉注射质粒示意图；.免疫荧光，qPCR，western分别检测 Pten 及p-AKT的表达
图2 血清胆固醇的调节以及 Pcsk9 的可逆调控（ Protein & Cell ）
A.针对 Pcsk9 的AAV8病毒注射示意图；B.肝组织中 Pcsk9 的表达量；C.血清 PCSK9 的表达量；D.血清胆固醇水平；.血清ALT和AST的测定；G.可逆调节注射示意图； H. Pcsk9 的动态调控。
图3 AAV介导CasRx减少了AMD小鼠模型中CNV的面积（National Science Review）
A.小鼠和人序列比较以及sgRNA示意图；.在293T和N2a细胞中敲低 Vegfa ；蛋白的表达；病毒质粒示意图；F.实验流程图；的mRNA表达水平；.激光烧伤之前或之后7天的 Vegfa mRNA水平；诱导3天后的VEGFA蛋白水平；K.激光烧伤7天后，用PBS或AAV-CasRx- Vegfa 注射的代表性CNV图像；面积统计。
2020 年 4 月 8 日， Cell 期刊在线发表了题为 《Glia-to-Neuron Conversion by CRISPR-CasRx Alleviates Symptoms of Neurological Disease in Mice》 的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室 杨辉 研究组完成。
该项研究通过运用最新开发的 RNA 靶向 CRISPR 系统 CasRx 特异性地在视网膜穆勒胶质细胞中敲低 Ptbp1 基因的表达，首次在成体中实现了视神经节细胞的再生，并且恢复了永久性视力损伤模型小鼠的视力。同时，该研究还证明了这项技术可以非常高效且特异地将纹状体内的星形胶质细胞转分化成多巴胺神经元，并且基本消除了帕金森疾病的症状。该研究将为未来众多神经退行性疾病的治疗提供一个新的途径。
人类的神经系统包含成百上千种不同类型的神经元细胞。在成熟的神经系统中，神经元一般不会再生，一旦死亡，就是永久性的。神经元的死亡会导致不同的神经退行性疾病，常见的有阿尔兹海默症和帕金森症。此类疾病的病因尚不明确且没有根治的方法，因此对人类的健康造成巨大威胁。据统计，目前全球大约有 1 亿多的人患有神经退行性疾病，而且随着老龄化的加剧，神经退行性疾病患者数量也将逐渐增多。
在常见的神经性疾病中，视神经节细胞死亡导致的永久性失明和多巴胺神经元死亡导致的帕金森疾病是尤为特殊的两类，它们都是由于特殊类型的神经元死亡导致。我们之所以能看到外界绚烂多彩的世界，是因为我们的眼睛和大脑中存在一套完整的视觉通路，而连接眼睛和大脑的神经元就是视神经节细胞。
作为眼睛和大脑的唯一一座桥梁，视神经节细胞对外界的不良刺激非常敏感。研究发现很多眼疾都可以导致视神经节细胞的死亡，急性的如缺血性视网膜病，慢性的如青光眼。视神经节细胞一旦死亡就会导致永久性失明。据统计，仅青光眼致盲的人数在全球就超过一千万人。
帕金森疾病是一种常见的老年神经退行性疾病。它的发生是由于脑内黑质区域中一种叫做多巴胺神经元的死亡，从而导致黑质多巴胺神经元不能通过黑质-纹状体通路将多巴胺运输到大脑的另一个区域纹状体。目前，全球有将近一千万人患有此病，我国尤为严重，占了大约一半的病人。 如何在成体中再生出以上两种特异类型的神经元，一直是全世界众多科学家努力的方向。
该研究中，研究人员首先在体外细胞系中筛选了高效抑制 Ptbp1 表达的 gRNA，设计了特异性标记穆勒胶质细胞和在穆勒胶质细胞中表达 CasRx 的系统。所有元件以双质粒系统的形式被包装在 AAV 中并且通过视网膜下注射，特异性地在成年小鼠的穆勒胶质细胞中下调 Ptbp1 基因的表达。
大约一个月后，研究人员在视网膜视神经节细胞层发现了由穆勒胶质细胞转分化而来的视神经节细胞，并且转分化而来的视神经节细胞可以像正常的细胞那样对光刺激产生相应的电信号。
研究人员进一步发现，转分化而来的视神经节细胞可以通过视神经和大脑中正确的脑区建立功能性的联系，并且将视觉信号传输到大脑。在视神经节细胞损伤的小鼠模型中，研究人员发现转分化的视神经细胞可以让永久性视力损伤的小鼠重新建立对光的敏感性。
为进一步发掘 Ptbp1 介导的胶质细胞向神经元转分化的治疗潜能，研究人员证明了该策略还能特异性地将纹状体中的星形胶质细胞非常高效的转分化为多巴胺神经元，并且证明了转分化而来的多巴胺神经元能够展现出和黑质中多巴胺神经元相似的特性。
在行为学测试中，研究人员发现这些转分化而来的多巴胺神经元可以弥补黑质中缺失的多巴胺神经元的功能，从而将帕金森模型小鼠的运动障碍逆转到接近正常小鼠的水平。
需要指出的是，虽然科学家们在实验室里取得了重要进展，但是要将研究成果真正应用于人类疾病的治疗，还有很多工作要做：人类的视神经节细胞能否再生？帕金森患者是否能通过该方法被治愈？这些问题有待全世界的科研工作者共同努力去寻找答案。
（上）CasRx 通过靶向的降解 Ptbp1 mRNA 从而实现 Ptbp1 基因表达的下调。
（中）视网膜下注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将视网膜穆勒胶质细胞转分化为视神经节细胞，转分化而来视神经节细胞可以和正确的脑区建立功能性的联系，并且提高永久性视力损伤模型小鼠的视力。
（下）在纹状体中注射 AAV-GFAP-CasRx-Ptbp1 可以特异性的将星形胶质细胞转分化为多巴胺神经元，从而基本消除了帕金森疾病模型小鼠的运动症状。
RNA-editing Cas13 enzymes have taken the CRISPR world by storm. Like RNA interference, these enzymes can knock down RNA without altering the genome , but Cas13s have higher on-target specificity. New work from Konermann et al. and Yan et al. describes new Cas13d enzymes that average only kb in size and are easy to package in low-capacity vectors! These small, but mighty type VI-D enzymes are the latest tools in the transcriptome engineering toolbox.
Microbial CRISPR diversity is impressive, and researchers are just beginning to tap the wealth of CRISPR possibilities. To identify Cas13d, both groups used very general bioinformatic screens that looked for a CRISPR repeat array near a putative effector nuclease. The Cas13d proteins they identified have little sequence similarity to previously identified Cas13a-c orthologs, but they do include HEPN nuclease domains characteristic of the Cas13 superfamily. Yan et al. proceeded to study orthologs from Eubacterium siraeum (EsCas13d) and Ruminococcus sp. (RspCas13d), while Konermann et al. characterized orthologs from “Anaerobic digester metagenome” (AdmCas13d) and Ruminococcus flavefaciens (nicknamed CasRx), as well as EsCas13d.
Like other Cas13 enzymes, the Cas13d orthologs described in these papers can independently process their own CRISPR arrays into guide RNAs. crRNA cleavage is retained in dCas13d and is thus HEPN-independent. These enzymes also do not require a protospacer flanking sequence, so you can target virtually any RNA sequence ! In bacteria, Cas13d-mediated cleavage promotes collateral cleavage of other RNAs. As with other Cas13s, this collateral cleavage does not occur when Cas13d is expressed in a mammalian system.
Since Cas13d is functionally similar to previously discovered Cas13 enzymes - what makes these orthologs so special? The first property is size - Cas13d enzymes have a median length of ~930aa - making them 17-26% smaller than other Cas13s and a whopping 33% smaller than Cas9! Their small size makes then easy to package in low-capacity vectors like AAV, a popular vector due to its low immunogenicity. But these studies also identified other advantages, including Cas13d-specific regulatory proteins and high targeting efficiency, both of which are described below.
The majority of Type VI-D loci contain accessory proteins with WYL domains (named for the three conserved amino acids in the domain). Yan et al. from Arbor Biotechnologies found that RspCas13d accessory protein RspWYL1 increases both targeted and collateral RNA degradation by RspCas13d. RspWYL1 also increased EsCas13d activity, indicating that WYL domain-containing proteins may be broader regulators of Cas13d activity. This property makes WYL proteins an intriguing counterpart to anti-CRISPR proteins that negatively modulate the activity of Cas enzymes, some of which are also functional in multiple species (read Arbor Biotechnologies' press release about their Cas13d deposit here ).
Not all Cas13d proteins are functional in mammalian cells, but Konermann et al. saw great results with CasRx and AdmCas13d fused to a nuclear localization signal (NLS). In a HEK293 mCherry reporter assay, CasRx and AdmCas13d produced 92% and 87% mCherry protein knockdown measured by flow cytometry, respectively. Cas13d CRISPR array processing is robust, with CasRx and either an unprocessed or processed gRNA array (22 nt spacer with 30 nt direct repeat) mediating potent knockdown. Multiplexing from the CRISPR array yielded >90% knockdown by CasRx for each of four targets, including two mRNAs and two nuclear long non-coding RNAs.
One interesting twist to Cas13d enzymes is their cleavage pattern: EsCas13d produced very similar cleavage products even when guides were tiled across a target RNA, indicating that this enzyme does not cleave at a predictable distance from the targeted region. Konermann et al. show that EsCas13d favors cleavage at uracils, but a more detailed exploration of this cleavage pattern is necessary.
Konermann et al. compared CasRx to multiple RNA regulating methods: small hairpin RNA interference, dCas9-mediated transcriptional inhibition (CRISPRi), and Cas13a/Cas13b RNA knockdown. CasRx was the clear winner with median knockdown of 96% compared to 65% for shRNA, 53% for CRISPRi, and 66-80% for other Cas13a and Cas13b effectors. Like previously characterized Cas13 enzymes, CasRx also displays very high on-target efficiency; where shRNA treatment produced 500-900 significant off-targets, CasRx displayed zero. Unlike Cas9, for which efficiency varies widely across guide RNAs, each guide tested with CasRx yielded >80% knockdown. It seems that CasRx may make it possible to target essentially any RNA in a cell.
Since catalytically dead dCasRx maintains its RNA-binding properties, Konermann et al. tested its ability to manipulate RNA species through exon skipping. Previous CRISPR exon-skipping approaches used two guide RNAs to remove a given exon from the genome, and showed success in models of muscular dystrophy . In this case, Konermann et al. targeted MAPT , the gene encoding dementia-associated tau, delivering dCasRx and a 3-spacer array targeting the MAPT exon 10 splice acceptor and two putative splice enhancers. After AAV-mediated delivery to iPS-derived cortical neurons, dCasRx-mediated exon skipping improved the ratio of pathogenic to non-pathogenic tau by nearly 50%, showing proof-of-concept for pre-clinical and clinical applications of dCasRx.
The identification of Type VI Cas13d enzymes is another win for bioinformatic data mining. As we continue to harness the natural diversity of CRISPR systems, only time will tell how large the genome and transcriptome engineering toolbox will be. It is, however, certain that the impact of CRISPR scientific sharing will continue to grow, and we at Addgene appreciate our depositors for making their tools available to the broader community.
References
Konermann, Silvana, et al. “Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors.” Cell (2018) pii: S0092-8674(18)30207-1. PubMed PMID: 29551272
Yan, Winston X., et al. “Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein.” Mol Cell. (2018) pii: S1097-2765(18)30173-4. PubMed PMID: 29551514
\1. Transcriptome Engineering with RNA-Targeting Type VI-D CRISPR Effectors
\2. CRISPR genetic editing takes another big step forward, targeting RNA
\3. How Editing RNA—Not DNA—Could Cure Disease in the Future
[ ](
m6A RNA甲基化是最常见、最丰富的真核生物mRNA转录后修饰。研究表明，m6A 在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6A RNA 甲基化参与 RNA 的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。本期着重解读两篇癌症中的 m6A 研究，看一下 m6A RNA 甲基化如何玩转高分期刊。 2020年10月，南京医科大学汪秀星课题组和美国 UCSD Jeremy Rich 等课题组在Cancer Discovery上发表题为“The RNA m6A reader YTHDF2 maintains oncogene expression and is a targetable dependency in glioblastoma stem cells”的研究论文。该研究为靶向治疗胶质母细胞瘤提供了新的治疗机会。 研究背景 胶质母细胞瘤（GBM）代表了最常见的原发性，内在性脑肿瘤，患者的平均生存期限制在一年以上。鉴于胶质母细胞瘤干细胞（GSC）在治疗抗性，血管生成，免疫逃逸和侵袭中的作用，临床和临床前观察表明，靶向GSC可以改善肿瘤预后神经肿瘤学上的精准医学研究。 研究方法 研究结果 1. 在 GSC 中上调的致癌转录本以 RNA m6A 修饰为标志 作者利用 MeRIP-seq 对 GSC 和神经干细胞（NSC）进行 m6A 标记的检测，结果发现，与非肿瘤对应物相比，GSCs 的m6A 分布发生了改变。通过38个 GSCs 和5个 NSCs 的队列中的 RNA-seq 数据进行 GSEA 分析，具有 m6A 峰的基因在GSC 高度富集，而且在 GSC 中获得的具有 m6A 峰的基因均被上调。相反，相对于 NSC、GSC 中丢失 m6A 峰的基因通常在 GSC 中被下调。而且，在 GSC 中，与癌症干细胞相关的重要基因上获得了 m6A 峰，包括表达增加的 OLIG2 和 MYC 。 2. YTHDF2 在 GSC 中表达上调，对 GSC 的维持至关重要 作者为研究 m6A YTHDF 在胶质母细胞瘤中的功能作用，利用 CRIPR 技术检测了 YTHDF2 ，相对于对照 sgRNA，敲除 YTHDF2 会降低细胞活力及减少 GSCs 中细胞球形成。为研究了 YTHDF2 耗竭是否会诱导 GSC 分化，正交实验发现，shRNA 介导的 YTHDF2 敲低会降低 GSC 的活性，过表达的 YTHDF2 可以挽救 GSC 的活性。结果表明， YTHDF2 是胶质母细胞瘤维持的一个特异性和有效的调节因子。 3. YTHDF2 通过 m6A RNA 修饰支持 GSCs 中的基因表达 作者利用 RNA-seq 检测 YTHDF2 的下游靶点，敲除 YTHDF2 可引起 GSCs 中广泛基因表达的改变， MYC 靶点显著富集，而且，GSCs 中获得 m6A 峰的基因更频繁地下调。通过 qPCR 也验证了 YTHDF2 敲除对 MYC、VEGFA mRNA 水平降低的作用。为了预测 YTHDF2 在 GSCs 中的作用，作者结合 TCGA 胶质母细胞瘤基因表达数据，发现 YTHDF2 相关基因 MYC 和 E2F 靶点以及 G2M 调节因子和氧化磷酸化介质高度富集。这些数据表明 YTHDF2 作为与 m6A 差异修饰相关的转录程序的调节因子。 4. YTHDF2 通过保持 MYC 转录稳定发挥 GSC 特异性依赖作用 为了确定 YTHDF2 介导作用于 GSCs 中 MYC 的特异性，作者比较了在 NSCs 和 GSCs 之间 YTHDF2 缺失的影响。NSCs 中 YTHDF2 敲低并不影响 MYC mRNA 水平，但降低了 GSCs 中 MYC mRNA 水平。而且， YTHDF2 耗竭降低了GSC 的活性，而不影响 NSCs。因此， YTHDF2 代表了一种 GSC 特异性依赖，通过 MYC 基因的特异性稳定支持胶质母细胞瘤的生存。 5. IGFBP3 是 GSCs 中 YTHDF2-MYC 轴的下游靶点 因为 IGFBP3 是 YTHDF2 耗尽后最高下调基因之一，作者研究了 IGFBP3 是否调控 YTHDF2-MYC 轴下游的细胞活力。 IGFBP3 的缺失降低了 GSC 的活性和细胞球形成。 IGFBP3 过表达挽救了 GSCs 免于 YTHDF2 下调介导的细胞死亡。最后，作者利用20个胶质母细胞瘤和20个非肿瘤脑组织中 IGFBP3 的表达进行验证，观察到 GSC 中 IGFBP3 mRNA 表达升高。结果表明， IGFBP3 是 GSCs 中 YTHDF2-MYC 信号轴的关键下游效应子。 6. YTHDF2-MYC-IGFBP3 轴促进体内肿瘤生长 为了探讨在体内靶向 YTHDF2 治疗的潜在益处，作者利用 CRISPR 敲除技术对原位异种移植物的小鼠进行检测。结果表明，与携带对照 sgRNA 的 GSCs 的小鼠相比，敲除 YTHDF2 延长了肿瘤潜伏期并减少了肿瘤体积。 IGFBP3 过 表达恢复了 YTHDF2 缺失的 GSCs 体内成瘤能力。 研究结论 通过结合体外和体内的 GSCs 研究，该研究阐明了 m6A 介质在 GSCs 中的功能，并确定 YTHDF2 是 GSCs 特异性依赖，通过稳定 MYC 转录物调控 GSCs 中的葡萄糖代谢。这些发现为靶向治疗胶质母细胞瘤提供了新的治疗机会。 2020年4月，上海交通大学医学院附属仁济医院洪洁团队在 Molecular Cancer 上发表了题为“m6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression”的研究论文。研究表明，靶向 METTL3 及其通路为高糖代谢的 CRC 患者提供了另一种合理的治疗靶点。 研究背景 结直肠癌 (CRC) 是全球第四大常见恶性肿瘤和第三大癌症死亡原因，而以乳酸作为糖酵解的最终产物，被认为是治疗癌症的一种有前途的方法。m6A 调控基因的改变在多种人类疾病的发病机制中起着重要的作用，但 m6A 修饰是否在 CRC 的葡萄糖代谢中起作用尚不清楚。 研究方法 研究结果 1. METTL3 与结直肠癌糖酵解密切相关 为了探讨结直肠癌（CRC）中 m6A 修饰与糖酵解代谢之间的相关性，作者对47例 CRC 患者进行 RT-PCR分析，CRC患者中FDG 摄取与 METTL3 表达之间存在最显着的相关性。进一步分析发现 CRC 患者中 FDG 摄取与 METTL3 免疫组化染色存在显著相关性。最后，作者利用 RNA-seq 比较 METTL 3 敲除和野生型(WT) HCT116 CRC 细胞的基因表达谱， METTL3 敲除细胞表现出更高的 METTL3 表达。这些结果表明 METTL3 可能介导 CRC 患者糖溶解代谢和癌变。 2. METTL3 在结直肠癌中促进糖酵解代谢 为了弄清 METTL3 的改变是否直接影响糖酵解代谢，研究发现敲除 METTL3 可显著降低 HCT116 和 SW480 细胞的胞外酸化速率(ECAR)水平，过表达 METTL3 显著提高了 DLD1 细胞的乳酸生成、葡萄糖吸收和 ECAR 水平。为了阐明 Mettl3 诱导的 CRC 糖酵解是否依赖于其甲基转移酶功能，作者通过 Mettl3 野生型和突变型的研究，发现 Mettl3 的 MTase 结构域的缺失阻断了 Mettl3 诱导的糖酵解过程。这些数据表明 Mettl3 通过其甲基转移酶结构域调控结直肠癌糖酵解代谢。 3. 在结直肠癌中， METLC3 诱导的增殖依赖于糖酵解的激活 METLC3 的敲除消除了 HCT116 细胞的细胞增殖和集落形成，并且降低了 HCT116 肿瘤的生长和异种移植小鼠模型中的肿瘤重量。在功能分析中， METTL3 的过表达增加细胞增殖、集落形成、肿瘤的生长和肿瘤的重量。2-DG（糖酵解途径的抑制剂）处理在体外和体内显着阻断了 METTL3 诱导的细胞增殖和菌落形成，这些结果表明 Mettl3 通过调控结直肠癌糖代谢促进 CRC 进展。 4. METTL3 在结直肠癌中的潜在靶点 为了鉴定 METTL 3 的潜在靶标，作者选择了 METTL3 敲除和 WT HCT116 细胞进行 MeRIP-seq和RNA-seq，最常见的motif ' GGAC '在 m6a 峰中显著富集，大部 分 METTL3 结合位点位于 CDS区，在 5'UTR 和 3'UTR 高度富集，并且 m6A在转录水平上发生了全局低甲基化。联合RNA-seq数据，确定了429个低甲基化的 m6A 基因，其 mRNA 转录被下调，595个低甲基化的 m6A 基因，其 mRNA 转录被上调。基于甲基化水平与 mRNA 表达水平都下降，找到与糖酵解密切相关的靶基因 HK2 和 SLC2A1(GLUT1) 。 6. HK2 和 SLC2A1 是 METTL3 在 CRC 中重要的功能靶基因 作者通过 HCT116 WT 和 mettl3 敲除细胞转染 control、 HK2 或 SLC2A1 过表达实验发现， HK2 或 SLC2A1 的异位表达部分恢复了敲除 mettl3 细胞的增殖、集落形成能力和肿瘤生长，而且，也能恢复 HCT116 mettl3 敲除细胞中乳酸产量的下降。同时，在体外和体内，过表达 SLC2A1 显著恢复了 HCT116 mettl3 敲除细胞葡萄糖摄取下降的趋势。因此， HK2 和 SLC2A1 介导了 CRC 细胞中 METLL3 的调节功能。 研究结论 METTL3 是 CRC 的一种功能性和临床致癌基因。 METTL3 通过 m6A- IGF2BP2/3— 依赖机制稳定 CRC 中 HK2 和 SLC2A1 的表达。靶向 METTL3 及其通路为高糖代谢的 CRC 患者提供了另一种合理的治疗靶点。 参考文献 [1] Dixit D, Prager B, GimpleShen R, et al. The RNA m6A reader YTHDF2 maintains oncogene expression and is a targetable dependency in glioblastoma stem cells[J]. Cancer Discovery, 2020. [2] Shen C, Xuan B, Yan T, et al. M6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression[J]. Molecular Cancer, 2020, 19(1).
环状RNA(circular RNAs, circRNAs)是一类由mRNA 前体(pre-mRNA)经反向剪接形成的共价闭合环状非编码RNA。CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法，导致大量circRNA的信息被遗漏，使得人们一度认为环状 RNA 只是错误剪接的副产物，对circRNA的关注并不高。 随着高通量测序技术和生物信息学的发展，成千上万种circRNA被发现，围绕着circRNA的基础研究也越来越多。大量研究表明circRNA在哺乳动物细胞中具有内生、丰富、保守、稳定等特点，并经常表现出组织或时空特异性，可以通过多种机制参与机体生长发育调控，以及疾病的发生和发展。因此，近年来circRNA逐渐成为非编码RNA研究领域的热点。 根据circRNA序列的来源，可以分为3类： 1. 序列全部来源于外显子，称为Exonic circRNAs 2. 序列来源于外显子和内含子，称为EIciRNAs 3. 序列全部来源于内含子，称为ciRNAs。 circRNA是由mRNA前体（pre-mRNA）经反向剪接（back-splicing）形成的，目前报道的成环模型主要有以下3种： · 内含子反向互补序列驱动环化环化 外显子两端的侧翼内含子含有多对反向互补序列，反向互补序列促使内含子序列配对，使得下游的剪接供体（Splice-Donor）与上游的剪接受体（Splice-Acceptor）靠近，从而结合形成环状RNA。（图1.左） · RNA结合蛋白驱动环化 环化外显子两端的侧翼内含子含有RNA结合蛋白（RBPs）识别的基序，RBP分别与两翼内含子特异基序结合后，会形成二聚体，促进两翼内含子互相靠近，进而连接成环。（图1.右） · 套索驱动环化 mRNA前体剪接时，会发生外显子跳读事件，产生包含外显子和内含子的套索中间体，随后该中间体发生反向剪接，形成环状RNA。（图2.） circRNA最常见的功能是作为miRNA海绵体与miRNA结合，从而影响miRNA对基因的调控。比如研究得比较多的小脑退行性相关蛋白基因(CDR1)反义链转录的环状RNA分子： Cdr1as，它包含约70个miR-7 的结合位点和1个miR-671结合位点，其中与miR-7的结合方式是非完全互补，只是结合，不会被AGO2蛋白介导降解，而与miR-671的结合方式是完美的互补。当Cdr1as高表达时，miR-7被结合，无法抑制原癌基因的mRNA，从而上调原癌基因的表达，导致癌症的发生。当miR-671高表达时，Cdr1as被降解，miRNA得到释放，与原癌基因mRNA结合，起到基因下调的作用，抑制癌症的发生。（图3.） 很多环状RNA上含有蛋白结合的位点，可以作为蛋白的海绵体。如RNA剪切因子MBL，可结合亲本基因第二外显子，促使其环化形成circ-Mbl，circ-Mbl又能与MBL结合，降低MBL有效浓度，减少MBL生成。 除了作为miRNA及蛋白海绵体，circRNA还可以作为支架蛋白促进酶的共定位、结合转录因子抑制靶基因表达、参与亲本基因表达调控、在特定的情况下还可以翻译出多肽。根据参与的功能不同，circRNA所处的细胞定位也不同，如作为miRNA或蛋白海绵体时，circRNA需由细胞核运输到细胞基质起作用，而参与亲本基因表达调控或结合转录因子抑制靶基因时，circRNA常在细胞核中起作用。 （参考文献：Kristensen, L. S., Andersen, M. S., Stagsted, L. V., Ebbesen, K. K., Hansen, T. B., & Kjems, J. (2019). The biogenesis, biology and characterization of circular RNAs. Nature Reviews Genetics, 20(11), 675-691.） 随着越来越多内源性的circRNA被发现在人体组织中有着广泛表达，circRNA与疾病的关系逐渐成为焦点。目前研究最多的是circRNA与实体瘤之间的关系，促进肿瘤生成的一些circRNA，如头颈部鳞状细胞癌中的circPvt1；结直肠癌，食道鳞状细胞癌和肝细胞癌中的cirs-7（CDr1as）。抑制肿瘤的circRNA，如胶质母细胞瘤中的circsMARCA5 and circ-SHPRH。还有一些circRNA在不同组织或不同细胞所起的作用可能不同，如circHiPK3，在直肠癌中是原癌基因，但是在膀胱癌中又是抑制癌细胞的。 除了癌症，研究还发现circRNA与糖尿病，心血管疾病，慢性炎症和神经系统疾病都有密切的关系。相信随着生物技术的发展以及越来越多对circRNA的深入研究，circRNA的形成和作用机理可以更加清晰，在疾病预防，检测及治疗方面也可以起到重要的作用。 circRNA敲除方案比较难设计，一般会使用以下两种方法： 方案一：将两条gRNA分别设计在circRNA exon的两端，直接敲除环化的外显子序列。这种方案虽然敲除彻底，但是在敲除circRNA的同时，也会影响到编码蛋白的亲本基因，需要根据具体的实验目的考虑是否可行。 方案二：通过破坏circRNA成环来达到敲除的目的。需要先找到circRNA的成环元件，成环元件一般位于被环化外显子两端的长侧翼内含子中。找到成环元件后，在两端设计gRNA进行敲除，既不破坏编码基因的外显子，又可以实现circRNA的敲除（图4.） 应用案例： circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA，它可以与多种miRNA结合，作为细胞生长的调节剂，影响肿瘤的形成。为了验证circ-HIPK3成环的机制，需要找到侧翼内含子中的成环元件，对上下游预测的两个成环元件分别设计一对sgRNA，利用CRISPR/Cas9系统将预测的成环元件进行敲除，检测circRNA表达情况是否发生变化。经过PCR和RT-QPCR验证，发现下游成环元件敲除后，circHIPK3表达明显下调，而上游成环元件敲除后，circHIPK3的表达不仅没有下调还有所升高。推测可能是上游的成环元件序列太多，预测的不准确。为了进一步验证是其他成环元件驱动的成环，将gRNA3或gRNA4分别与gRNA5或gRNA6共注射，敲除成环元件上游大片段内含子。RT-QPCR结果显示circHIPK3表达确实下降了，说明上游是由其他的成环元件起到成环的作用。 （参考文献：Zheng, Q., Bao, C., Guo, W., Li, S., Chen, J., Chen, B., ... & Liang, L. (2016). Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 7(1), 1-13.） 在研究circRNA功能的方法中，最经典的抑制circRNA的方法是通过RNAi的方式（shRNA）进行敲降。为了避免影响到mRNA，设计方案时需将干扰序列设计在反向剪接位点（BSS）处。 源井生物通过设计高效的shRNA，用慢病毒法将干扰载体转入细胞中，根据最佳药筛浓度对细胞进行药物筛选，直到对照组细胞全部死亡，获得circRNA敲降的稳定细胞株。 应用案例： 用siRNA进行敲降后，通过检测细胞增殖凋亡情况，说明circ-HIPK3敲除后抑制细胞增殖。首先设计三组实验，分别针对HIPK3 mRNA线性转录本、circ-HIPK3环状转录本和两种转录本共有部分设计siRNA，并在HEK-293 T细胞系上验证设计的siRNA只干扰相应的转录本。 利用增殖凋亡检测试剂盒：CCK-8和EdU进行细胞增殖凋亡检测，结果显示HIPK3 mRNA敲降后不明显影响细胞增殖，而circ-HIPK3敲降后，会明显抑制细胞增殖。 （参考文献：Zheng, Q., Bao, C., Guo, W., Li, S., Chen, J., Chen, B., ... & Liang, L. (2016). Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 7(1), 1-13.） circRNA过表达一直有成环效率低，容易错配成环等难点。通过优化侧翼成环框架，如成环元件、QKI等RBP的结合位点，使circRNA准确高效环化。过表达后仍需要检测是否成功成环，以及线性mRNA是否表达。为了研究一种新环状RNA 载体表达 系统的成环效率，选择小鼠circRtn4环状基因在多种细胞系（包括Hela，N2a，HEK293）中进行表达验证。根据不同细胞系中进行的RT-QPCR实验数据显示，新载体系统pCircRNA-DMo-Rtn4成环效率在几种不同的细胞系中均比普通的载体系统（pCircRNA-BE-Rtn4）要高效得多。Northern Blotting是检测circRNA的金标准，探针通常跨反向剪接位点设计。但由于Northern Blotting需要的circRNA量非常大，耗时间精力，而且探针一般是放射性标记，操作上比较困难。常用的检测方案还是用RT-PCR或者是RT-QPCR，引物设计在反向剪接位点两端。（图9.）
本文来源 “撤稿快讯” 官微
2019年6月，中国人民解放军总医院、内蒙古民族大学附属医院在 Molecular Therapy - Nucleic Acids （IF ） 发表题为 “Long Non-coding RNA PVT1 Competitively Binds MicroRNA-424-5p to Regulate CARM1 in Radiosensitivity of Non-Small-Cell Lung Cancer” （长链非编码RNA PVT1竞争性结合MicroRNA-424-5p调控CARM1对非小细胞肺癌的放射敏感性）的论文。
论文作者：第一作者：中国人民解放军总医院、内蒙古民族大学附属医院肿瘤科Dong Wang（音译 王东）；通讯作者：中国人民解放军总医院肿瘤内科Yi Hu（音译 胡毅）。
本文自2019年正式发表后，有读者质疑本文S9A/C的细胞周期图疑似为手绘；S8A/B中的细胞图与多篇文章存在重叠。针对以上质疑，作者尚未做出回复。
本文于2022 年 5 月 19 日被撤回 。撤稿说明显示：
应 Molecular Therapy – Nucleic Acids 编辑的要求，本文已撤稿。
在与读者提出的造纸厂一起调查数据制造问题时，发现本文图 S8A 和 S8B 中以相同或更改方式复制图像的证据。 这种在没有适当归属的情况下重复使用（部分是歪曲）数据代表了对科学出版系统的严重滥用。 就撤稿事宜联系作者时，作者没有回应。
参考信息：
本文来源 “撤稿快讯” 官微
生物通报道：长非编码RNA（lncRNA）长达两百个核苷酸以上的转录本，但并不编码任何蛋白质。尽管如此，长非编码RNA在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，说明lncRNA的调控具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA（也称lincRNA）位于细胞核，它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠，有的位于基因间或者内含子中。为何细胞不惜耗费能量对这些非编码RNA的表达和定位进行严格调控呢？这些RNA分子究竟有何功能？RNA测序技术的发展使人们得以初窥这一神秘的分子，现在lncRNA的许多相关信息都可以在新数据库中查到，例如Broad研究所、哈佛大学和麻省理工共同开发的Human Body Map lincRNAs catalog。不过现在人们了解到的lncRNA只是冰山一角，还有大量lncRNA的功能有待科学家们去探寻。lncRNA研究工具现在lncRNA研究面临的一个主要挑战是，研究工具还在不断开发和改进中，其中包括设计带有不同lncRNA检测探针的芯片。安捷伦公司的SurePrint G3 Gene Expression v2 microarray就是其中之一，该芯片的探针设计不仅参照主要公共数据库中的mRNA，还参照了Broad研究所开发的lincRNA和TUCP（transcripts of uncertain coding potential）数据库，可以同时检测编码RNA和非编码RNA。据安捷伦公司基因表达产品经理Corinna Nunn介绍，lncRNA的表达水平比编码RNA低，“因此芯片的动态范围宽很重要，这样才能够保证检测到表达水平较低的基因。”Affymetrix也推出了新版人类全转录本表达谱芯片GeneChip® Gene ST Arrays，能够在一张芯片上同时检测mRNA和lincRNA。该芯片的设计结合了多个数据库资源，包括RefSeq、Ensemble、Broad研究所的Human Body Map lincRNAs和TUCP catalog。 “我们的超高密度芯片具有独特的探针，能够检测每个转录本各外显子上的多个位点，确保最大程度的捕捉相关生物学信息，” Affymetrix公司的Tsetska Takova说。生物通 Arraystar公司自2009年就开始设计lncRNA芯片，近日该公司刚刚发布了可同时检测mRNA和lncRNA的的第三代lncRNA芯片Human LncRNA Microarray 。Arraystar的技术支持专员Ed Davis介绍说，表达谱往往是研究lncRNA的第一步，不过开发lncRNA表达芯片仍然比较复杂，其中多个lncRNA数据库并存就是一个复杂因素。“为此，我们将公共数据库与重要lncRNA论文中的信息结合起来，建立了一个可靠的综合性lncRNA数据库，” Davis说。此外设计lncRNA探针也并不容易，因为lncRNA常常与附近的蛋白质编码基因重叠。Davis介绍道，“传统芯片探针是‘基因特异性的’，换句话说就是探针靶标转录本的3’端，因此无法区分转录起始位点或剪切方式可变所形成的多种转录本。但Arraystar的探针是‘转录本特异性的’，能够靶标外显子和剪接点，检测到单个基因的不同转录本。”lncRNA的功能阐明lncRNA的功能并不容易，Davis介绍道“与microRNA不同， lncRNA能通过多种机制起作用，而且很难依据其序列来推断其功能。” 据Affymetrix公司Takova称，实际上目前已知功能的lncRNA还不足1%。然而，越来越多的研究显示lncRNA在细胞正常分化和肿瘤发生中都具有重要作用。随着人们渐渐了解到正常和疾病状态下非编码RNA的差异，科学家们认为可以将非编码RNA作为生物指标进行疾病诊断和预测。如何开展lncRNA功能研究呢？专家们介绍，除了表达谱研究以外，与特定lncRNA相关的蛋白编码基因也能够提供lncRNA功能的宝贵信息。Illumina公司RNA和表观遗传学市场经理Chris Streck也认为比起只研究编码RNA，分析整个转录组无疑更有价值。他指出，在ENCODE（DNA元件百科全书）计划的推动下，研究人员现在更注重综合性研究，包括RNA、DNA及调控功能等多个方面，其中非编码RNA的作用日益凸显。（ENCODE项目的目标是在人类基因组中确定所有转录区域、转录因子关联、染色质结构和组蛋白修饰。）生物通 BC Cancer Agency的博后Ewan Gibb（Wan Lam实验室）正在研究lncRNA在疾病中的作用。“尽管不少lncRNA都已经有基因组注释了，但大多数lncRNA的功能仍然缺乏证据，” Gibb说。“我很肯定有成千上万的lncRNA都是功能性的，但我们仍需注意，普遍性转录并不意味着具有普遍性的功能。从转录谱着手深入阐明lncRNA的功能是至关重要的。”例如，罗马Sapienza大学的研究团队就阐述了一个lncRNA的功能，它作为内源性的竞争RNA控制着肌肉分化。Gibb指出，lncRNA研究的另一项挑战是找到lncRNA结构与其功能之间的关联。“有研究指出，lncRNA的结构以域为基础，这有点类似于蛋白质编码基因，”他说，“但这种组织形式如何形成，lncRNA的结构与其功能又有何关联，还有待进一步研究。”在癌症等疾病中的作用有一点很明确，lncRNA在疾病中有重要作用。lncRNA如何对疾病进程产生强烈影响呢？安捷伦公司资深科学家Anne Bergstrom Lucas介绍了Broad研究所的一项新研究，p53通常抑制着数百个基因，若下调p53相关lncRNA的水平，就会影响这些基因的表达。“指出lncRNA具有肿瘤抑制或致癌的直接作用，将为开发癌症新疗法打下基础，”她说。此外，ENCODE项目的最新进展也显示，约有80%的非编码基因组在基因调控中起作用。Gibb正针对在人类癌症中表达异常的lncRNA进行功能研究。“一般来说，我们可以用计算机对深度测序所得数据进行分析，以此确定疾病中表达异常的lncRNA。而要阐明这些lncRNA的功能则依赖于传统的生化方法，”Gibb说。“解析lncRNA在人类癌症中的功能，不仅能大大拓展癌症治疗的靶标，也将有助于人们开发新的癌症治疗方法。例如，可以通过反义RNA或靶标lncRNA-蛋白相互作用来进行基因调控。”已有许多研究显示，lncRNA不仅是调控者，也可以作为疾病的生物指标，例如名为HOTAIR的lncRNA。HOTAIR在原发乳腺肿瘤和转移瘤中的表达都会增加，原发肿瘤中HOTAIR的表达水平可以用来有效预测癌转移和死亡。还有一种称为PCA3（prostate cancer antigen 3）的lncRNA在前列腺癌中高度过表达。这种lncRNA是在尿液中发现的，相当便于临床检测。最近FDA已经批准了一个可以用于临床的商业化检测试剂盒Progensa PCA3 test。此外，据Arraystar的Davis介绍，在肝细胞癌中lncRNA-HEIH也高度表达，可以用Arraystar的LncRNA芯片进行检测。除了癌症以外，lncRNA调控在一些遗传疾病中有重要作用，例如lncRNA调控异常与短指/趾畸形和HELLP综合症有关。而且有研究显示，lncRNA能够稳定阿尔茨海默症关键酶的mRNA。lncRNA能为我们揭示编码基因以外的疾病调控机制么？“在我看来，最令人兴奋的进展是，有越来越多的证据显示lncRNA与主要人类疾病密切相关，而且lncRNA与蛋白编码RNA相比，能够更好的用于疾病诊断和预后，”Arraystar的Davis说。希望有朝一日，非编码RNA能够成为帮助人们抵御疾病的有力武器。
遵守学术刊物引文规范,在学位论文和公开发表的论文中,应具体注明引用他人成果与观点等内容。引用自己的成果也应作必要说明。援引教师授课观点或例证,应征得教师本人同意并注明,否则视为抄袭。注重原典(原著)的阅读。严格核实资料来源、引文出处。
硕士论文和博士论文的规范不一样，学硕和专硕的要求不一样，每个学校的又大同小异，但总体上说，论文的结构是有中英文提要，有目录，有正文，有参考文献，有备注（注释），有附录，有致谢等。有字体、字数和排版要求等，查重率要达到学校规定的要求，否则不能答辩等。
硕士论文一般3-5万字之间，开题报告一般5000字左右，并且所有硕士论文都是要过论文检测的，比对的是一百年内所有专业的所有论文，每十一个相拟就开始算相拟，不能超过百分之三十，否则延迟毕业。
关于硕士论文要求字数并没有严格要求，所以主要还是看学校的具体规定。如果学校规定3万字的，那么你写万字，如果学校规定2万字的，那么你写万字。 上下浮动不要超过2000字。总之在开始写论文之前，对学校规定的硕士论文要求一定要仔细阅读，尤其是论文字数。
大部分学校是根据具体专业来规定论文字数的，关于硕士论文各部分的字数要求如下：
1. 中、英文题目：论文题目应能概括整篇论文的核心内容，一般不超过30字。
2.论文的摘要字数一般在1000字左右。除非有特俗要求，可扩充到2000字左右。
3. 论文的关键词3-5个，是用来说明全文的主题内容的单词或术语，力求精炼准确。
4.硕士论文开题报告字数不得少于3000字，研究生实施毕业论文课题研究的前瞻性计划和依据，是论文中心思想的概括。
研究生论文格式（通用5篇）
在现实的学习、工作中，许多人都有过写论文的经历，对论文都不陌生吧，论文一般由题名、作者、摘要、关键词、正文、参考文献和附录等部分组成。为了让您在写论文时更加简单方便，下面是我收集整理的研究生论文格式，希望对大家有所帮助。
一、学位论文的基本要求：
1、硕士学位论文应表明作者确已在本学科上掌握了坚实的基础理论和系统的专门知识，并对所研究课题有新的见解，有从事科学研究工作或独立担负专门技术工作的能力。
2、学位论文一般应用中文撰写(外国语学院各专业除外)，硕士学位论文文科一般在30000字左右，理工科一般在15000字左右。
二、学位论文一般应包括下述几部分:
1.封面
硕士毕业论文的封面由论文题目、指导教师、学科门类、专业名称/研究方向、日期、封面颜色等部分组成，其中：
(1)论文题目
论文题目字数不应超过26个汉字，可以分两行排列，及中英文对照。
(2)指导教师
填写论文作者的指导教师。没有经过学校相关规定批准的合作指导教师，是不允许在论文上署名的，且署名的合作指导教师人数不超过2人。
(3)学科门类：论文编写者的专业所属的学科门类，例如工学、文学、哲学、经济学、法学、理学、管理学等。
(4)专业名称/研究方向：必须与论文作者的专业目录表和培养方案书一致。
(5)日期：毕业论文的完成时间。
(6)封面颜色：论文的封面颜色可由各个专业自行拟定，每个专业可以选择不同的颜色以示区别。
2.独创声明及授权说明
独创性声明及授权说明页附于论文的摘要之前，需要由研究生和指导教师本人签字后方可有效。
3.摘要
硕士论文的摘要由中外摘要和英文摘要两部分组成。其中中外摘要一般为500-1000字。内容包括本论文的课题的研究目的、研究方法、研究成果及得出的结论。摘要应本着突出本论文的创造性成果或创新点，语言精炼，言简意赅。摘要应当具自我解释性，在不阅读论文全文的前提下，读者就能够获取论文所阐述的主要论点及提供的信息。
英文摘要与中外摘要对应，它是是以英文形式对文章的概述，需要注意的是，英文摘要不是对中文摘要的简单翻译，英文摘要页置于中文摘要页之后。
在论文摘要后，另起一行用于标明本论文的关键词(3-5个)。用以表示全文主题内容信息款目的单词或术语,便于文献标引工作从论文中选取。关键词间用逗号分隔，最后1个词后不打标点符号。以显著的字符排在同种语言摘要的下方，尽量以《汉语主题词表》等词表提供的规范词作为依据。
4.目录
目录一般列至二级标题，即列出到三级目录。目录的内容必须与正文标题及各个章节的标题一致。目录页由论文的章、节、条、附录、题录等的序号、名称和页码组成，需要另起1页排在摘要页之后，章、节、小节分别以1、、、、2、等数字依次标出，一二级目录用小四宋体，三级目录用5号宋体，数字及英文字符采用times new roman格式。
5.插图及表格
论文中如果涉及到较多的图、表，可以给出一个清单，附于目录页之后。图表的清单应有序号、图表名称和页码。
6.正文
论文正文的字数一般至少3万，它是文章的主体，分为标题、文字叙述、图表、公式和数据等部分，文章组织形式可结合学科实际的要求和研究课题的特点而定。
7.参考文献
参考文献是在研究本课题的过程中，对某一著作或者论文的整体参考与引用。
8.附录
在论文的编写过程中，对于不适宜放入正文中的部分，但确实与本论文研究有关的过程或资料均应该放在附录中，以免影响到论文主体的结构或者论点。
9.致谢
致谢部分主要用于答谢对课题研究、毕业论文完成等方面有较重要帮助的人员。
基本格式
1.标题
(1)论文的标题一般分为三级，具体的格式要求为：
1级标题：中文黑体，三号(21px)，段前、段后间距均为1行；英文为times new 级标题：中文黑体，四号(19px)，段前、段后间距为1行；英文为times new 级标题：中文黑体，小四号或(16px)，段前、段后间距为1行；英文为times new roman。
段前、段后的间距可根据文章的实际情况做适当的调节，以便于控制正文合适的换页位置。
(2)标题的表述可以用“章、节”、“一、(一)”、“1、”等形式。其格式如下：“第一章 □□□□□(一级标题，居中，单列一行)”“第一节 □□□□□(二级标题，空两格左对齐，单列一行)”“一、 □□□□□(三级标题，同二级标题)”对于其他样式的格式，要求不变。
对于其他级次的标题或者需要突出的重点部分，可用五号黑体字体进行标示，也可单列一行，或者放在段首。
2.正文字体
(1)硕士论文的正文中，如无特殊要求中文一律采用简体，特殊情况可用繁体，字号为五号宋体，行间距为18磅；
(2)图、表标题采用小五号黑体；表格中文字、图例说明采用小五号宋体；表注采用六号宋体；
(3)英文、罗马字符一般采用Times New Roman字体，按规定应采用斜体的采用斜体；
(4)阿拉伯文、日文等其他文字使用该文字的惯用字体。
3.图表、公式
(1)硕士论文中的表格均采用标准表格形式。表中的参数应标明量和单位。表序、标题居中置于表的上方。表的备注置于表的下方。表格一般放在同一页内显示，一般不要分页显示。
(2)图中的术语、符号、单位等应与正文中的表述一致。图序、标题、图例说明居中置于图的下方。图形不能跨页显示。照片不得直接粘贴，须扫描后以图片形式插入。
(3)论文中的公式为居中对齐，编号用小括号括起，右对齐，其间不需要加线条。
(4)文中的图、表、公式、附注等一律用阿拉伯数字按章节连续编号，例如：图1-1，表2-2，公式(3-10)等。
4.注释
注释一律采用页下注(脚注)的形式。注释的序号形式为①，②，③……类型的标识，每页需要重新排序，不得与上页累计。
5.参考文献
参考文献页一律放在正文后面，可不编序号，但不得放在各章之后。参考文献编号项目及次序与引文注释的格式基本相同，但不不要标注页码。
中文参考文献的排列顺序按照引用著作、论文、电子文献的作者姓氏的汉语拼音升序排列，外文按作者姓氏的英文字母升序排列。外文著作、论文用原文罗列，无需翻译。
6.页眉、页脚文字
页眉、页脚均采用小五号宋体，页眉左侧为论文题名，右侧为一级标题名称；页眉下横线为上粗下细文武线(3磅)；如果论文采用单面印刷，则页码排在页脚居中位置 。
7.页码
页码的起始编码页为第一章，按按阿拉伯数字连续编排。第一章之前的页码用罗马数字单独编排。所有的页码均置于右下脚。
在职研究生毕业论文篇幅不少于18000字。—般应包括以下几个部分：
(一)封面：应包括毕业论文题目、专业名称、研究方向、本人姓名、学号、导师姓名、论文提交日期等内容。论文题目应能概括整个论文最重要的内容，恰当、简明、引人注目，并力求简短，—般不宜超过30字。研究方向必须按专业培养方案规范填写。
(二) 目录：是论文的提纲，应列出论文组成部分的小标题，并须注明相应的页码。
(三) 论文摘要：篇幅为500字以上。应力求语言精炼，突出本论文的创造性成果或新的见解。为了便于文献检索，应在摘要下方另起一行注明本论文的关键词 (三——五个)。
(四)正文：是论文的主体，其中文献综述内容不少于3000字。
(五)注释：以脚注形式标注或尾注形式。用于说明与论文内容关系不大但作者意欲表述的问题，或者用于注明引文出处(格式同参考文献)。
(六)参考文献：文献是期刊时，其格式为：编号，作者(外文姓列名前)，文章题目，期刊名(外文可缩写)，年份，期数；文献是著作或教材时，其格式为：编号，作者(外文姓列名前)，著作或教材名，出版社名(外文可缩写)，出版年份，页码。
(七)附录：包括放入正文内过分冗长的公式推导；以备他人阅读所需的辅助性教学工具或表格；重复性数据图表；论文使用的主要符号、意义、单位、缩写、程序全文及说明。
研究生学位（毕业）论文是研究生培养质量和学术水平的集中体现。高质量、高水平的学位（毕业）论文不仅在内容上有创造性和创新性，而且在形式上也应具有一定的规范性和严谨性。为进一步提高学位（毕业）论文质量，提高论文的水准，使我校研究生的学术观点、学术研究得到科学、准确地反映，参考我国高校学位（毕业）论文和学报论文编排规范，特制定如下规定。
学位申请者应严格按照本规范撰写。凡不符合本规范的论文，研究生学院将退回作者修改后再做形式审查。
一、研究生学位（毕业）论文格式要求
（一）学位（毕业）论文的组成部分与排列顺序
学位（毕业）论文，一般由封面、扉页、独创性声明及版权授权书、中文摘要、英文摘要、目录、(插图和附表清单)、(主要符号表)、引言、正文、结论、参考文献、(附录)、在读期间已发表论文、作者简历、致谢等部分组成，其中带括号部分根据论文类型不同可选。学位（毕业）论文按以上顺序书写编排。
1.封面：
中文学位（毕业）论文题目；
学位申请人；
指导教师；
学科专业（专业学位除外）：专业名称、专业领域名称严格按照专业目录和培养方案填写；
学位类别：按照专业所属门类填写：哲学、经济学、法学、理学、工学、农学、医学、管理学；专业学位类别；
授予单位：河北农业大学
答辩日期；
2、扉页：
分类号：按《中国图书资料分类法》要求填写；
密级：涉密论文，由院学位评定分委员会根据国家规定的密级范围和法定程序审查确定密级，并注明相应保密年限；不需保密的论文不用填写；
单位代码：10086；
学号；
中英文学位（毕业）论文题目；
其余项目同封面(2)～(7)；
3、独创性声明和关于论文使用授权的说明（需研究生和指导教师亲笔签名）。
4、中文摘要:论文摘要内容字数不少于800字，关键词4～6个。
5、英文摘要：包括论文题目、作者、专业、指导教师、摘要内容、关键词。摘要内容和关键词与中文摘要一致。
6、目录：目录最多列至三级标题，以阿拉伯数字分级标出。
7、插图和附表清单：论文中如果图、表较多，可以另起一页分别列出清单列于目录之后。图表的清单应有序号、图表名称和页码。
8、符号、标志、缩略词、计量单位、名词、术语等注释说明，可以集中列于图表的清单之后。
9、引言
10、正文
11、结论
12、参考文献
13、附录
14、在读期间发表的学术论文（必须以河北农业大学名义发表的文章）：
署名为第一作者的已发表论文复印件，包括刊物封面、目录、版权页和论文全文及被索引的相关证明。
15、作者简历：内容一般包括：姓名、性别、出生日期、籍贯、最后学历（学位）、毕业院校、工作经历；在学期间参加的研究项目、发表论文、申请专利、获奖情况等。学术论文应正式发表，或有正式录用函。罗列作者著作及学术论文应与参考文献所列格式相同。
16、致谢：致谢对象限于对课题研究、学位（毕业）论文完成等方面有较重要帮助的人员。
（二）学位（毕业）论文排版要求
1、论文开本及版芯
论文开本大小：210mm×297mm（A4纸），左侧装订，装订后的尺寸为205×287。版芯要求(指A4纸)：左边距：30mm，右边距：25mm，上边距：
30mm，下边距：25mm，页眉边距：23mm，页脚边距：18mm。
2、 论文用中文撰写（可附相应英文副本）。博士学位（毕业）论文一般5~10万字，硕士学位（毕业）论文一般3万字以上，用计算机打印，字迹要清楚，标点符号要正确，错别字率不得超过1‰。
3、封面和扉页：按研究生学院要求进行制作。
4、 目录：建议使用自动生成目录，格式为：“目 录”黑体三号，字符间距为一个字符，段前段后间距为1行。目录中中文字体为宋体、页码为Times New Roman字体，字号自定。
5、 中文摘要：“摘要”字体为黑体小四号，水平居中；内容另起一行，字体为宋体小四号；“关键词”另起一行，字体为黑体小四号，词条为宋体小四号，词条之间用分号隔开。
6、 英文摘要：字体均为Times New Roman；论文题目字号为加粗12pt，水平居中；作者、专业、指导教师字号为；“Abstract”字号为加粗12pt，水平居中；内容字号为12pt；“Key words:”字号为加粗12pt，词条字号为12pt，词条之间用分号隔开。
7、标题：论文一般分三级标题
一级标题：黑体，三号，段前、段后间距为1行，居中
二级标题：宋体，四号，段前、段后间距为1行（空小四号字大小），左对齐
三级标题：黑体，小四号，段前、段后间距为1行，左对齐
上述段前、段后间距可适当调节，以便于控制正文合适的换页位臵。 8、 正文字体：正文采用小四号或五号宋体，行间距为18磅，为字体调整字间距11磅；
9、 页眉、页脚：均采用五号宋体，从“引言”开始添加页眉。“引言”、“正文”、“结论”部分奇数页页眉居中为论文题名，偶数页页眉居中为“河北农业大学博(或硕)士学位（毕业）论文”；页眉下横线为单直线，粗度磅；论文页码从“引言”开始按阿拉伯数字连续编排，奇数页码居右下侧，偶数页码居左下侧。
10、 图、表标题：采用小五号黑体；图例说明和表格中文字采用小五号宋体；表注采用六号宋体。图序及图名臵于图的下方，表序及表名臵于表的上方，若图或表中有附注，采用英文小写字母顺序编号，如注a，注b，附注写在图或表的下方。文中公式的编号，用括号括起写在右边行末，其间不加线条，文中的图、表、公式等与正文之间要有一行的间距。表格一律用三线表，所有表格、图的标题、中文文字均要求有对应英文标注。
11、文中所列图形应有所选择，照片不得直接粘贴，须经扫描后以图片(.JEPG)形式插入。
12、文中英文、罗马字符一般采用Times New Roman正体，按规定应采用斜体的采用斜体。
二、研究生学位（毕业）论文撰写规范
题名
题名是以简明、具体、确切的词语反映文章中最重要的特定内容的逻辑组合，应符合编制题录、索引和检索的`有关原则，亦有助于选定关键词。
必要时可加副题名，如题名语义未尽，需作补充、引申和说明者或是系列文章，需用副题区别其特定内容的，均可加副题。副题应另起一行。
英文题名应与中文题名相吻合。
题名中应避免使用非公知公认的缩写词、字符、代号和公式等。 摘要
摘要是对文章内容准确概括而不加诠释评论的简短陈述，内容包括研究目的、方法、结果和结论等。论文摘要应尽量反映文章的主要信息，要突出本论文的创造性成果或新见解，内容简明扼要，语言精炼，注意不要与结论雷同。英文摘要应与中文摘要保持内容一致。
摘要应具有独立性和自含性，应是一篇完整的短文。采用第三人称。一般不分段表达，不用图表、化学结构式和非公知公认的符号和术语，也不宜引用文章中的图、表、公式和参考文献的序号。
摘要中若采用非标准的术语、缩写词和符号等，均应在第一次出现时以标注形式予以说明。
关键词
标示关键词是为了文献标引工作，便于作索引，便于检索，而从论文选取出来，能反映论文主题内容的词或词组。
凡学位（毕业）论文均应具备中文和英文关键词。中英文关键词应一一对应，分别排在中英文摘要下方。
关键词尽量从《汉语主题词表》、《MeSH词表》、《中医药主题词表》等词表中选用规范词；未被词表收录的新学科、新技术中的重要术语，也应作为关键词标出。
两个关键词之间用分号隔开。
引言
引言作为论文的开场白，应以简短的篇幅介绍论文的写作背景、依据及相关领域内前人所作的工作和研究的概况，说明本研究与前人工作的关系、目前研究的特点、存在问题及作者工作的意义，引出。
论文应符合专业培养目标和教学要求，以学生所学专业课的内容为主，不应脱离专业范围，要有一定的综合性，以下就是由编辑老师为您提供的研究生CPA行业论文格式。
一、论文结构
中文封面
英文封面
原创性声明
中文摘要
英文摘要
目录
图目录
表目录
正文：第一章，第二章.参考文献
致谢
作者简介
二、格式要求
页面要求：每一节从奇数页开始
页眉要求：每一节的首页没有页眉；
每一节的单双页页眉不同即：每一节的双数页码的页页眉相同，为中国科学院硕士学位论文论文题目，而单数页的页眉为第..章章标题
页码要求：摘要之前没有页码，摘要至正文之前页码为罗马数字。i , ii或I，II，..
正文页码为1，2,3,4
致谢及之后的所有页码和正文不同，重新从1开始，格式不限
页边距要求：无特别要求
正文、标题、标题1、标题2.的格式要求
图、表的自动编号要求
三、Word2007操作步骤
第一步：论文格式
毕业论文格式调整方法[转]
(1)所有的操作都在开始标签下的此栏。
(2)右键想要设置的样式修改字体、段落等。具体设置可以参考格式正确的文章的设置值。
(3)在需要设置的地方点相应的样式即可。
第二步：给图表编号
毕业论文格式调整方法[转]
(1) 所有操作在引用标签的题注栏。
(2) 光标置于需要插入图编号的地方，点击引用插入题注新建标签设置标签名图点击编号设置编号格式
(3) 在需要插入图编号的地方点击插入题注并选择刚刚设置的标签确定。
插入表编号的方式相同，新建一个标签表即可。
1.准确得体
要求论文题目能准确表达论文内容，恰当反映所研究的范围和深度。常见毛病是：过于笼统，题不扣文。关键问题在于题目要紧扣论文内容，或论文内容民论文题目要互相匹配、紧扣，即题要扣文，文也要扣题。这是撰写论文的基本准则。
2.简短精炼
力求题目的字数要少，用词需要精选。至于多少字算是合乎要求，并无统一的硬性规定，一般希望一篇论文题目不要超出20个字，不过，不能由于一味追求字数少而影响题目对内容的恰当反映，在遇到两者确有矛盾时，宁可多用几个字也要力求表达明确。若简短题名不足以显示论文内容或反映出属于系列研究的性质，则可利用正、副标题的方法解决，以加副标题来补充说明特定的实验材料，方法及内容等信息使标题成为既充实准确又不流于笼统和一般化。
3.外延和内涵要恰如其分
外延和内涵属于形式逻辑中的概念。所谓外延，是指一个概念所反映的每一个对象；而所谓内涵，则是指对每一个概念对象特有属性的反映。命题时，若不考虑逻辑上有关外延和内涵的恰当运用，则有可能出现谬误，至少是不当。
4.醒目
①省略主语枣第一人称代词不达意后，没有使用介词结构，使辅助成分误为主语；
②需要使用介词时又没有使用；
③不需要使用介词结构时使用。属主事的错误的占11%；属于并列关系使用不当错误的占9%；属于用词不当、句子混乱错误的各占9%，其它类型的错误，如标题冗长、文题不符、重复、歧意等亦时有发生。
(二)作者姓名和单位
这一项属于论文署名问题。署名一是为了表明文责自负，二是记录作用的劳动成果，三是便于读者与作者的联系及文献检索(作者索引)。大致分为二种情形，即：单个作者论文和多作者论文。后者按署名顺序列为第一作者、第二作者厖。重要的是坚持实事求是的态度，对研究工作与论文撰写实际贡献最大的列为第一作者，贡献次之的，列为第二作者，余类推。注明作者所在单位同样是为了便于读者与作者的联系。
(三)摘要(Abstract)
论文一般应有摘要，有些为了国际交流，还有外文(多用英文)摘要。它是论文内容不加注释和评论的简短陈述。其他用是不阅读论文全文即能获得必要的信息。
摘要应包含以下内容：
①从事这一研究的目的和重要性；
②研究的主要内容，指明完成了哪些工作；
③获得的基本结论和研究成果，突出论文的新见解；
④结论或结果的意义。
两者有着根本的区别。
第一、写作目的来看，学术论文是以阐述作者的科学见解为目的，是探求新理论、新论点、新解释、新规律的；而研究报告则以报道研究结果和进展为目的。从题目上来看学术论文具有更高的学术价值。
应该指出的是所有的研究成果都能写成研究报告，但不一定都能写成学术论文，因为研究结果的素材不一定都能满足形成新见解的要求，绝大多数的研究结果都是以研究报告的形式发表。
第二、内容要求上，学术论文是记叙研究课题中最富创造性的部分，是选用最精彩最具说服力的、与论证内容有关的数据，经过科学整理、综合分析、判断推理，以形成论点，因此在写作上应包含三个基本要求：
明确的论点、充足的论据、科学的论证，而不应包括一般过程的论述，不应包括与论点无关的具体观察所得；而研究报告则是科学研究结果的真实记录，包括整个工作的重要过程、方法、观察结果及对结果进行讨论等细节。
第三、在资料引用上，鉴于学术论文有以上两个特点，为了建立自己的新论点和新见解，它不仅需要利用本课题的研究成果，而且可以引用前人以及不同学科的研究成果、数据。
而研究报告则只能如实的报告本课题的观测所得，都是第一手资料，它除了前沿和讨论部分引用必要的参考文献外，一般不能也无必要在正文中引用他人的数据，因为它不要求做观点上的论述，也不一定承担课题的最后结果，这样来看，研究报告具有更强的资料价值。
第四、在撰写格式上，学术论文的一般格式为：题目、作者、作者单位、摘要、前提、正文、结论、参考文献、后附英文摘要，但由于其论述的内容不同，它具有比其他科技问题更复杂、更多样化的表现形式，没有股东的撰写格式；而研究报告的写作格式大体相容。因此可以说学术论文是科研成果的高级表达形式，而研究报告则为科研成果的一般表达形式。
第五、在保密性上，学术论文因着重于解释事实和进行学术上的探讨，一般不涉及保密问题；而研究报告侧重于报告事实，内容比较具体，因而保密性较强。故对于公开发表的研究报告则要对技术关键部分和需要保密的数据做适当的处理，有的甚至暂不发表。
第六、在发表时差上。由于学术论文要形成新的观点，就需要充分的占有材料，要进行严密的逻辑认证，有时甚至还要做些补充实验。因此，撰写难度较大，费时多，发表较慢；而研究报告由于是对研究结果如实的描述，并且不一定要形成论点或得出结论，因此，写作速度较快，发表也较快。
扩展资料
下面先说几条基本原则
1、先要以事实为依据
研究报告中列举的全部数据和例子，都应该是千真万确的事实，绝不可有半点虚假，不能编造，不能无中生有。报告中对教育现象的因果关系分析，对教育原理和规律的探索，也都要以事实为依据。科学研究报告中的每一句带有判定性的话。
都必须在足够的、可信的、有说服力的事实基础上得出。当然，科学研究报告中也必须把研究问题时所需要的大量事实材料跟撰写报告时应引用的最有说服力的事实材料区分开来。有些事实材料，如与研究的主题扣得不紧，应当忍痛割爱；有些事实材料，应当尽量制作成表格、图例以及其它直观形式。
2、内容的阐述有逻辑性
实证性研究报告的内容阐述与研究工作的逻辑发展顺序是大体一致的，为了确保研究报告的逻辑性，我们应当首先考虑整个研究工作的发展顺序，然后再考虑报告的表达方式。研究报告内容的逻辑性是整个研究思路逻辑性的写照，没有一个好的研究基础，好的科研报告是怎么也写不出来的。 科学研究报告必须绝对如实地反映客观情况。
3、引用文献资料要注明出处
在教育科研报告中完全可以引用，采纳别人的科学研究成果，但必须尊重别人的劳动。一方面应实事求是地评价，实实在在地引用；另一方面，不应当把别人的成就变为自己的东西。所以在研究报告中凡有引用别人的材料、研究成果或观点性词语，必须加以注释或说明，以向读者示知成果界限。
参考资料来源：百度百科-学术论文
参考资料来源：百度百科-研究报告
研究报告与学术论文的区别是：
1. 研究报告与学术论文在内容要求上存在着一定的差别
一般来说，论文比较简洁精炼，它仅仅突出表达一项研究工作中最主要、最精彩和具有创造性的内容。论文含有新的见解或形成新的解释、新论点、新理论，没有一般研究过程的叙述，也没有过多的具体材料；而科研报告则可以将整个研究工作的重要过程、方法和环节都写进去。
2. 研究报告与学术论文在创新性方面存在差别
在创新性方面，学术论文必须在充分占有大量文献资料的基础上提出新见解、新理论，以补充已有研究的不足，纠正流行说法偏差，填补研究的空白，达到现有研究的新高；而研究报告则注重陈述研究过程的.事实和数据，说明问题，不一定必须要有创新性观点的形成。
3. 研究报告与学术论文在论证过程中存在差别
就论证过程来说，学术论文是以“论”成文的，论文作者要运用严谨规范的科学语言、形式和专业的术语概念，来论说所持的观点见解，论证所提出的理论模式，做到就事论理、以理服人，论述深刻、充分，论证严密、透彻，论断精当、公允，论据可靠、确凿，同时还要有较高的推理成分，具有较强的论理性；而研究报告则注重用事实与数据来说明和揭示某一问题或现象，主要凭事实和数据说话。
研究生论文写作技巧及注意事项
下面是我整理的研究生论文写作技巧及注意事项，希望对大家有所帮助。
一、科技(学术)论文的基本知识
(一)学术论文的种类
不同类型的学术论文其写作方法有着很大的不同。学术论文可有多种分类，按出版(发表)的形式分有：期刊论文(万字)，学位论文(硕士 3~5万字，博士5~15万字)，会议论文，科技报告等。按内容及研究性质分有：a)研究报告型，由于研究方法的不同，有实验研究报告、调查研究报告、观察研究报告和对策研究报告等;b)开发发明型;c)议论(论证)型;d)综述评论;e)研究简报。
上述分类在实践中不是绝对的，一篇论文可以采用多种研究方法。
(二)科技(学术)论文的基本性质与要求
科技(学术)论文经过专家鉴定和(或)发表，便成为人类知识的载体――文献。一篇篇文献犹如点点知识的源泉，最终汇成知识的海洋，造福于人类。作为人类知识载体，论文必须满足以下一些要求。
1.科学性要求
科学研究的目的就是揭示事物发展的客观规律，探求客观真理，使人们能够客观地认识真理。反映科学研究成果的科技论文就必须根据科学研究的这一总任务，对研究对象进行深入的探讨，客观地揭示其内部规律。因此，论文撰写者首先应该具有科学、负责和严谨的态度，实事求是、数据翔实，分析深刻，结论可靠。千万不能弄虚作假、主观臆造，或带有个人的感情色彩和偏见。
2.创新性要求
创新性是科学研究的生命线，是科技(学术)论文的灵魂。在科学研究的竞赛中只有第一，没有第二。它要求文章所揭示事物的现象、属性、特点及运动规律、或者这些规律的运用必须是前所未有的、首创的或部分首创的。对于硕士论文创新性的要求相对较低，可以是新的见解、新的方法、新的局部或阶段的成果，包括对已有成果新的改进等。据我们的调查，研究生论文的创新性指标得分比较低。研究生完成的研究大多只能是局部性的、阶段性的成果。因此，研究生必须对课题的来龙去脉有全面的了解，牢牢抓住研究中的创新点来撰写论文，不能模仿或重复已有的研究。本校学报编辑部曾通知一研究生论文退稿，作者觉得迷惑，表示“论文是模仿国外期刊上的论文写的，人家这样的文章可以发表，我的为什么就不行呢?”这也许是不注意创新性要求，重复研究的典型实例了。
3.逻辑性要求
它要求论说有据、思路严密、脉络清楚、结构严谨、推断合理、自成系统，具有很强的逻辑性。浅显地讲，学术论文是一个摆事实、讲道理、以理服人的交流平台，要充分显示和科学地组织素材，通过科学的分析、逻辑推理得出结论，并提高到学术理论的高度。
4.其他要求
对于科技论文还要求具有重现性和有效性。所谓重现性就要使读者可以根据论文提供的方法、材料去实施同样的研究步骤，并重现论文的结果。其结果应具有理论价值和(或)实用价值。为了满足文献能提供交流和学习的要求，论文必须具有可读性，并符合规范化要求。
(三)学术论文的评价(审)指标
论文必须经过专家评审，因此了解论文的评价指标对于构思和撰写论文具有指导意义。
1.学术期刊对论文的评价指标
不同期刊在审稿中采用的评价指标略有不同，但主要精神还是基本相同。例如，《浙江理工大学学报》审稿采用的评价指标有：选题意义(每一指标均设置 a优、b良、c及、d较差4个等级);创新性;先进性;正确性;可读性。一般来说，审稿中论文的每项评价指标的评级都不能低于c级，否则审稿难以通过。
2.硕士学位论文评审指标
其评议指标设置为一级指标有5项：选题与综述(25%)、基础理论与专门知识(20%)、研究与设计能力(10%)、创新性(35%)、写作能力(10%)。
可以看出：以上两种评价体系略有不同，期刊论文侧重评价研究结果，学位论文不仅重视结果，也考察研究过程和作者的知识、能力。然而，都较注重对创新性的要求。
二、学术论文写作的一般方法和要领
(一)关于选题
选题的重要性是不待说明的。硕士研究生的研究课题大多由导师选定，但也有学生自己选定的。具体的选题本身是一个很复杂的学术问题，在此只能强调一些原则性的问题：a)选题最好选择自己的强项或熟悉的领域;b)就研究生的情况，硕士论文的选题宜小，不宜大，这有利于对一个问题作深入细致的研究;c)研究涉及面不宜太宽，以避免需应付错综复杂方方面面的问题而顾此失彼，例如尽量不要选择类似“战略研究”、“对策研究”这样的综合性很强的课题;d)选题不要太生僻，以致于鲜有参考文献作参考，而造成一开始无从下手的局面。e)除了选题意义，研究生的课题最好选择新的视角、应用新方法来研究，可获得事半功倍的效果。
此外，学术论文的`选题与研究的课题不一定一致，在此可能有3种情况：1)重合，论文选题与课题基本一致;2)收缩，论文选题只是课题研究的一部分，一般是选取最具发表价值的那部分;3)变通，有的研究课题(如某些应用研究)不宜直接作为论文的选题，需要作些变通。
学位论文改写成学术期刊投稿论文其议题可以不同，后者由于篇幅的限制议题范围可以收缩，精选有创新内容的素材。
(二)撰写前的准备
学术(学位)论文的写作标志着研究生学习阶段和学习方法的转变：由广泛、分散地摄取知识转变为集中、专一地对特定领域进行深入钻研;由单向地接受知识转变为以应用知识为主;由接受已有知识转变为独立地开展创新性思维和工作，开发新的知识信息。因此，必须在心理上、知识和能力上作好充分的准备。
1.思想准备
撰写论文也强调正确的指导思想与理念，这是笔者受理编辑上百件研究生论文后得出的结论。无论是科学研究还是论文撰写都是非常艰辛、细致的工作，都不能太浮 躁 ，不能太急功近利(为了文凭)，富有科学精神、刻苦钻研和创新意识，有“极端认真、极端负责任”以及实事求是、精益求精的态度，才是写出高质量论文的前提条件。
2.调研准备
牛顿把他的成就归功于自己“站在巨人的肩膀上”，说明做好前期调研、文献利用及知识储备的重要性。要广泛、系统地进行文献检索，把能够收集到的国内外相关文献尽量收集全(对我校艺术类学生要特别强调这一点)，并加以阅读、分析、疏理和利用，做到对相关领域的国内外研究进展情况了如指掌。阅读一般从专著开始，然后是综述类文章，最后是原始论文。
科技类学术论文应尽量引用国际上权威专业期刊的论文，这样才有可能使自己的研究和论文起点高，一开始便(站在巨人的肩膀上)涉及该研究的前沿领域，避免重复研究。需要强调的是，文献调研和利用不能局限于导师提供的资料和手头的一些中文书刊，不仅开题前必须系统检索、系统收集，整个研究过程都是一个不断跟踪、收集资料、阅读文献、吸收知识的过程。若需要深入社会作实地、实物考察的也不能轻易放弃。有些研究生论文的素材老是离不开学校的圈子，离不开书本，从而影响论文质量。
3.构思与提纲
构思酝酿论文需要较长的过程，它贯穿整个课题研究和论文撰写的全过程。首先根据选题来确定研究的预期的目标，将课题解剖和分析，然后构思(或实验设计)采用什么方法和途径来得到相关的论据或预期的研究结果，采用什么方法来分析、归纳得到的结果，以致得出相应的结论。有不少研究生论文都在这一环节上 “翻船”。例如，研制得出了实验室试样，并对试样进行了性能测试，然而没有设置参照样(对比样)的性能测试(或没有参照样的引用数据)，从而难以比较和证明新研制试样的优越性，前功尽弃;探讨了某一事物的各个影响因素并建立了相应的理论或数学模型，但文章最后没有对模型加以验证，专家审稿未被通过。 因此构思要尽可能地系统性，严密性。有时要考虑论文的要求来设计科学研究，有时根据科研的情况的变化调整论文构思，当科研基本完成时，论文构思也基本形成。
写提纲前，应了解一下该学科、该种论文类型通常的论文格式，它可能已原则规定最高一级的论文提纲。根据论文的中心议题，疏理一下论文的素材，根据素材的逻辑关系，由大到小、由粗到细列出提纲。要注意提纲的系统性，同一级的提纲应具有并列逻辑关系，上一级提纲与它所有的下一级提纲应具有属与分的逻辑关系。
(三)写作方法与技巧
1.内容素材如何组织
在文章的内容安排上主要以下有3种方法。a)递进式，根据各部分内容的逻辑关系，采用步步深入、层层展开、循序论述，如某文章为某事物建立数学模型，内容安排：引言—理论依据-各因素分析-初拟模型-各因子、系数取值-验证和修正模型—结论。其中后一步都是建立在前一步的基础上，步步深入、环环相扣。 b)并列式，把论题分解成几个从属的、并列的子论点，分别论述，最后综合出相应的结论。c) 复合式，将递进式和并列式根据需要复合应用，实践中用得较多，如材纺、化学化工等实验研究报告大多采用这种安排。
许多学科的实验研究报告(计算机、信息科学等有例外)，除引言及综述部分外，一般研究会涉及n个子实验，需介绍n组子实验方法与条件，n组子实验数据和结果，n项分析和结论，其素材是一个平面结构，而论文的叙述是线性的。实际撰写时，往往先将素材切成3块：第一块逐一介绍n组实验方法与条件(包括实验所用的材料、仪器，实验方法，实验环境等);第二块逐一显示实验数据、图片等，并对数据进行处理与分析、对图片进行介绍和分析，得出各组相关结果或结论，然后综合与分析各组实验的结果，得出并讨论总的结论;第三块显示结论作为结语(见图1)。
2.论文取材
论文取材其实是有讲究的，研究生论文中问题还真不少。
1)不要模拟教科书的模式写作，自觉或不自觉地把学生当作心目中的读者，用较大篇幅交代基本概念，复述基本理论和专业人员已知的内容等，都是不可取的。写论文的目的是与同行交流，“说服”审稿专家认可你的研究成果，就要让他们看新的、有吸引力的东西。要扭住文章的创新点，正确、明了、简洁而滴水不漏地表述、论证自己的成果。
2)论文既要顾及系统性又不能面面俱到，因此，要处理好重点(深入论述)与非重点(概括简述)的关系。例如论题的某一方面的问题必须涉及到，但不是本文的创新点，可用尽可能少的文字原则性地描述一下，例如“对于这一问题许多学者已作了深入的研究，一般认为……，本文不再赘述。”然后引出参考文献即可。
3)在许多情况下，显示的数据并非原始数据而是经过组织和处理加工的、计算只列出关键公式与步骤，运算过程、一般的实验过程往往被省略，以尽可能地节省篇幅。
学位论文的取材与期刊论文有所不同。学位论文篇幅长，可以叙述得宽泛些、详细些。对研究的目的和意义、研究背景可以介绍得全面、详细些;可以比较详细地介绍一些重要的研究工作及过程(以表明研究工作量)，如较详细的实验步骤、数据处理工作，计算过程、调查研究工作等;研究得到的数据、图片等也可显示得较为充分、原始。撰写期刊论文往往只能精选素材的精华部分，紧紧围绕具有创新性研究结果这一部分来组织素材。
3.如何强化论述
论文以“论”为主，在“论”这方面，不少理工类、艺术类研究生尚不擅长是很正常的。首先需要了解那些内容必须展开“论”，深入地“论”，什么时候避开或简化“论”。为便于理解举一例：某文章对高校改革提出相关建议时，对几点建议每一点都是平均用力，没有强调重点，而且每一点都只顾提出建议而缺乏分析探讨：要怎么怎么做，应该如何如何做。读者看不出哪些建议是作者自己的主张，是作者新提出的，哪些是复述前人的主张，提出建议的理由是什么，依据是什么，就像一篇工作报告，不像论文。因此，所谓“论”，作者不仅仅要表明自己的主张，报告自己的研究结果，还必须对作者自己提(得)出的新的观点、主张、新的结果和结论作深刻的解释、论证;复述前人的可以简化和(或)引出相关参考文献。
刚才谈到的是论什么，接下来的问题是如何“论”。不同学科(问题)或不同类型论文的“论”法是不同的。论述要有系统性，对于就相关问题提出建议和 (或)对策，首先必须对该领域尚存在的不足和问题进行探讨，针对问题和不足提出自己的主张。就自己提出的主张应作深刻的解说：为什么要这样做，这样做有何好处，与以往的做法有哪些改进;在解说为什么要这样做时，可从现有理论的高度来论证其合理性，从实践的角度列举最有说服力的典型实例来论证其可行性或有效性等等，总的目的是努力使读者接受自己的主张。研究报告、调查报告类论文的“论”思路相仿，但论述方法不同。在说明本研究的意义和目的的基础上，讨论研究 (实验或调研)方法，对实验(调查)所得结果、数据进行处理、计算、分析与综合，得出相应的、符合逻辑的结论，对于得出的结论与已有成果相比有何新的进展，都属于“论”的范畴。但是，要提醒的是，千万不要以为“论”可以到此结束，对研究得出的结果结论要从理论上加以解释和讨论，并将此提升到一般的、规律性的认识，反过来丰富该领域的理论和知识，“论”到此可以完美谢幕。
4.如何表述本研究的先进性、创新性
学术论文不能像商业广告那样直接说具有国际先进水平或国内先进水平或具有哪些创新，恰如其分地论证和表述其先进性、创新性是非常重要的。首先必须根据自己研究的结果认准创新的亮点是什么，围绕创新亮点从论文的引言、研究结果及讨论(正文)、结论三大部分(三部曲)进行论证和表述。引言部分，在对该领域目前最前沿研究情况的简要综述的基础上(引出国内外参考文献)，指出有待解决的问题，表明本研究所要解决的问题或要达到的目的，期望得到新的结果。暗示没有重复前人的研究，或是以前人的研究成果为起点而展开新的研究，有所不同和改进，或是开拓新的研究领域。这从表述形式上看，以国际前沿研究为起点，您的研究可能达到国际先进，瞄准国内的可能达到国内先进，为以后的创新论述作铺垫。正文部分，围绕创新点，通过一系列方案的实施，研究结果或论据的显示，重点论证如何达到预期的结果并得出相关结论，并与已有成果相比较展现优势。对于其中的创新点要进行必要的理论解说和讨论。第三部分“结论”简要总结和点明文章新得出的结论，即创新点。
结论中表述创新性的语句可以是：“首次进行×××研究并得到×××预期的结果”;“首次证明了×××”;“成功地将×××并得到实验(践)验证;” “研究得到的×××结果与已有的研究成果相比更×××”;“本文得到的结果(结论)据文献检索尚未见文献报道”，等等。当然，说这些话是要有依据的。
“三部曲”中，第二部分正文是关键，但笔者提倡“三部曲”前后呼应共同来表述论文的创新性。为数不少的研究生论文由于忽略第一、第三部分的铺垫和点睛作用，使得其创新性的判断变得模糊。
在此列举一则文章审稿失败的实例，以供借鉴。一篇题为“基于批量定制的产品网上销售接单系统的设计与开发”，专家审稿意见如下：无论是系统设计或程序开发都是应用研究。该文对网上接单系统进行了设计、编排与开发，但既无国内外研究及应用的现状作对比，也缺少系统实际应用的实例加以论证，其可行性和价值无法判断，发表意义不大。
(四)语言文字的表达
研究生论文的文字表达情况总体上是不能令人满意的。各学科都有自己专业术语和特有的表达方式，初学者只有多阅读一些专业文献，多查阅工具书，勤学好问来弥补该方面不足。在语言文字表达方面，建议同学们在文章的勤修改上狠下工夫，俗话说好文章是改出来的。