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在国内外学术期刊发表论文 80 多篇，其中SCI收载 4 篇。[1] Sun, Guoxiang；Wang, Yu；Sun，Yuqing. The quantitative determinations of glycyrrhizic acid, glycyrrhetinic acid, morphine and sodium benzoate in compound liquorice tablets by HPCE[J]. Journal of liquid chromatograpy and related techonique. 2003,26(1):43～51. SCI收载[2] Sun, Guoxiang；Wang, Yu；Sun，Yuqing, and BI，Kaishun. The quality assessment of compound liquorice tablets by capillary electrophoresis fingerprints[J]. Analytical Sciences，2003,10，19（10）：1395～收载.[3] 孙国祥，刘晓玲, 邓湘昱，孙毓庆，毕开顺. 色谱指纹图谱指数F和相对指数Fr的研究[J], 药学学报,2004,39(11): 921-924.[4] 孙国祥，侯志飞, 毕雨萌，毕开顺，孙毓庆. 中药色谱指纹图谱潜信息特征判据研究[J], 药学学报，2006,41(9):857-862.[5] 孙国祥，侯志飞, 张春玲，毕开顺，孙毓庆. 色谱指纹图谱定性相似度和定量相似度的比较研究[J]. 药学学报，2007，42（1）：75-80.[6] 孙国祥，万月生，孙毓庆. 射干的毛细管电泳指纹图谱研究[J].色谱，2004，1（3）：131～134.[7] 孙国祥，慕善学，侯志飞，孙毓庆.连翘的毛细管电泳指纹图谱研究[J].色谱，2006，24（2）：196-200.[8] 孙国祥，杨宏涛，邓湘昱，孙毓庆.金银花的毛细管电泳指纹图谱研究[J].色谱，2007，25（1）：96-100.[9] 孙国祥，慕善学，侯志飞，刘晓玲，孙毓庆. 大青叶毛细管电泳指纹图谱研究[J].分析化学，2005，33（6）：853～856.[10] 孙国祥，董玉霞，慕善学，孙毓庆.苦碟子注射液毛细管电泳指纹图谱研究[J]. 沈阳药科大学学报，2006，23（4）：233～236.[11] 孙国祥，刘晓玲，孙毓庆. 毛细管区带电泳法测定抗病毒口服液中连翘苷和梓醇含量[J].分析化学，2002，30（6）：760.[12] 孙国祥，苗菊茹，王宇，孙毓庆. 毛细管电泳叠加对比法测定阿片粉中吗啡的含量[J]. 色谱，2002，20（1）：69～71.[13] 孙国祥，刘晓玲，孙毓庆. 毛细管电泳定性定量方法学研究及在复方降压片分析中的应用[J]. 中国药学杂志，2002，37（10），771～774.[14] 孙国祥，孙毓庆. 毛细管电泳溶质系统的热力学研究[J]. 沈阳药科大学学报，2002，19（4）: 260～264.[15] 孙国祥，孙毓庆，李阳. 毛细管电泳叠加对比法测定复方降压片中5组分含量[J]. 沈阳药科大学学报，2002，19（4）: 265～268.[16] 白景清，孙国祥，董鸿晔，孙毓庆. 人工神经网络预测7种药物的迁移时间[J]. 沈阳药科大学学报，2003，20（1），23～26.[17] 孙国祥，邓湘昱，万月生，孙毓庆. 内标对比标准曲线法与标准加入对比法的误差分析，沈阳药科大学学报，2003，11，20（6）：435～438[18] 邓湘昱，孙国祥.茵陈的HPLC指纹图谱研究[J].中成药, 2005，27(3): 253-256.[19] 孙国祥，万月生，邓湘昱.RP-HPLC测定射干抗病毒注射液中野鸢尾黄素含量[J]. 中成药,2005，27(4):416-418.[20] 孙国祥，刘唯芬，朱澄云，侯志飞.RP-HPLC法测定射干抗病毒注射液中绿原酸和咖啡酸含量[J].中成药，2006，28（7）：962～964.[21] 侯志飞，孙国祥，刘唯芬.栀子的毛细管电泳指纹图谱研究[J].中成药，2006，28（11）：962～964.[22] 孙国祥，刘金丹，宗东升，董鸿晔，毕开顺. 清热解毒注射液指纹图谱多维多息特征的数字化评价[J]. 中南药学，2006，4（10）：323～327.[23] 孙国祥，慕善学，侯志飞，于秀明. 连翘的HPLC指纹图谱研究[J]. 中成药，2007，29（2）：132～135.[24] 孙国祥，雒翠霞，任培培，时存义.中药指纹图谱学体系的构建[J]. 中南药学，2007，5（1）：69～73.[25] 孙国祥，任培培，雒翠霞，宋文璟.中药统一化色谱指纹图谱和相对统一化特征判据研究[J]. 中南药学，2007，5（2）：in press.[26] 孙国祥，宋杨, 毕雨萌，智雪枝. 色谱指纹图谱全定性相似度和全定量相似度质控体系研究[J]. 中南药学，2007，5（3）：in press.[27] Guoxiang Sun, Jindan Liu, Yumeng Bi，etc.. A Novel Approach to the Digitized Fingerprint of Radix Bupleuri by HPLC. Asian journal of traditional medicine [J]. 2006，1（3）：102-105.[28] Zhifei Hou, Guoxiang Sun，Cunyi . Determination of the content of the Geniposide in Fructus Gardeniae by the Capillary Zone Electrophoresis. Asian journal of traditional medicine [J]. 2007，2（1）：in press.[29] Guoxiang SUN, Jindan LIU. The qualitative and quantitative assessment on the HPLC fingerprints of Ginkgo biloba extract by the involution similarity method[J]. Analytical Sciences，2007,5，23（5）：in press.[30] 孙国祥, 侯志飞, 董鸿晔，毕开顺，赵青，孙毓庆. 超复方中药指纹图谱多维多息特征数字化评价方法研究[H]. 中药产业现代化推进战略论丛. 杭州: 浙江大学出版社, 2006,3：127-134，2006中国新医药博士论坛.[31] 孙国祥*，任培培，毕雨萌，毕开顺，孙毓庆. 双定性双定量相似度法评价银杏达莫注射液HPLC指纹图谱. 色谱，2007，25：in press.