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截至2013年9月，该校建有多个省部级重点实验室（工程研究中心） 以及航海技术研究所、现代物流研究中心、海商海事研究所、船舶助航技术研究所、海上交通安全研究所、船舶工程技术研究所、自动化技术研究所、食品与生物工程研究所、环境工程研究所、经济研究所、海西经济运行效率与风险测评研究中心、城市与区域发展研究所、教育科学研究所、现代教育技术研究所、应用心理研究所、通信与信息技术研究所、计算机应用技术研究所、数学与系统科学研究所、复杂系统研究中心、影像信息工程技术研究中心、城市与区域发展研究所、中外文化比较研究所、法学研究所、房地产发展研究所、社区建设与社会发展研究中心、哲学与文化研究所、社会保障研究所、民间文学与艺术遗产研究所、语用学研究所、企业文化研究所、客家文化研究中心等研究机构。另外还建有福建省船舶行业技术开发基地、科技部坛紫菜科技特派员创业链（基地）、福建省水产病害防治技术研发中心。教育部、财政部立项资助300万元（总投入450万元）建成了“无线通信系统研发及测试”重点实验室。教育部工程研究中心：鳗鲡现代渔业技术教育部工程研究中心农业部重点实验室：农业部东海海水健康养殖重点实验室福建省重点实验室：福建省船舶与海洋工程重点实验室、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室福建省高校重点实验室：水产科学技术与食品安全福建省高校重点实验室福建省工程研究中心：福建省高校船舶与海洋工程工程技术中心、福建省水产品深加工工程研究中心、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、福建省清洁燃烧与能源高效利用工程技术研究中心福建省高等学校人文社会科学研究基地：海西经济运行效率与风险测评研究中心厦门市工程研究中心：厦门市射频识别工程技术研究中心、厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市射频识别（RFID）工程技术研究中心、厦门市机器人应用与仿真架构工程技术中心、厦门现代设计与制造工程技术研究中心、厦门市无人机遥感应用工程技术研究中心厦门市重点实验室：厦门市饲料检测与安全评价重点实验室、厦门市涉密信息重点实验室 2000年-2009年，集美大学发表科研论文数量中，收录于SCI-E数据库的论文402篇，CPCI-S数据库的论文188篇和EI数据库论文584篇。研究性论文为737篇，会议论文430篇，其中2008年在贵阳召开的防伪、安全和识别国际会议上，共发表论文14篇，此外在第一、二、三届ASID会议和第一、二、四届ICCSE会议中，集美大学发文量较多 。2014年1月，学校3项成果荣获福建省第十届社科优秀成果奖三等奖 。 2013年福建省教育厅科技类项目项目名称承担部门负责人项目经费益生菌、肠道菌群与宿主的相互作用水产学院孙云章基于GPGPU的全波形数据并行处理研究计算机工程学院王宗跃船舶动力定位推力系统关键技术研究轮机工程学院吴德烽多点直驱式波浪能发电系统建模仿真与控制策略研究机械与能源工程学院杨绍辉日本鳗鲡Cathelicidin抗菌肽的重组表达和抗菌活性研究水产学院张东玲面向游艇性能设计应用的数值波浪水池关键技术研究轮机工程学院刘建闽新型海参保鲜剂的开发与产业应用生物工程学院翁凌似繁殖习性与驯养技术的研究水产学院黄永春生态系统服务及其价值在城市化中的变化研究水产学院石盛莉复合污染物诱发藻毒素在食物链传递机理的研究水产学院谢钦铭鲍内脏多糖的分离纯化和免疫活性研究生物工程学院何传波整体动物功效动力学生物色谱研究紫菜多糖最小功能成分组生物工程学院陈昭华集装箱货物装箱配载研究航海学院刘旺盛基于FDTD研究太赫兹波对船舶防护涂层系统的脉冲检测轮机工程学院涂婉丽真空绝热板冷藏集装箱的绝热性能优化研究轮机工程学院廖海峰基于GML的空间数据转换与传输加密技术研究计算机工程学院郑翠玲小型化带阻特性超宽带天线的研究与设计信息工程学院陈彭复合“鸭式”波浪能采集装置的仿真研究与试验开发机械与能源工程学院李晖海底建筑表面太阳辐射分布模型研究机械与能源工程学院陶求华基于空间信息技术的厦门市时空特征及影响机理研究理学院施益强高温环境对农业照明用的LED老化失效特性影响的研究理学院王敏帅基于现代时频分析的长周期结构非平稳地震反应特征研究工程技术学院刘强高强高韧钛合金热成形组织-性能演变模拟及预测机械与能源工程学院程俊系列船用增压柴油机整机建模与性能优化研究轮机工程学院黄加亮小G蛋白RAN及互作因子参与大黄鱼免疫机制研究水产学院韩芳 2013年度省教育厅A类社会科学研究项目立项名单项目名称承担部门负责人项目经费项目来源不均质知识产权保护对发展中国家贸易边际的影响研究：基于实际保护的视角财经学院代中强福建省教育厅（杰青）闽台合作国际推广与普及中华体育文化研究体育学院谢军福建省教育厅（重点）闽台金融合作研究财经学院王金安福建省教育厅（重点）福建省中小学校园足球活动开展现状及促进策略研究体育学院林金标福建省教育厅（面上）我省实现基本公共服务均等化的财政改革研究财经学院宋生瑛福建省教育厅（面上）厦漳泉同城化背景下旅游工艺品产业发展战略工商管理学院庄贝妮福建省教育厅（面上）会计准则国际趋同模式的经济后果差异对两岸资本市场合作发展的影响工商管理学院陈旻福建省教育厅（面上）经典名著在当代大学生中的接受现状调查研究---以《红楼梦》、《论语》为中心文学院张克锋福建省教育厅（面上）林语堂与30年代的现代文学批评文学院余娜福建省教育厅（面上）闽台“藵歌”音乐文化社会功能的历史流变及互动关系研究音乐学院吴亚玲福建省教育厅（面上）闽台同源童谣音乐研究音乐学院陈芳福建省教育厅（面上）著作权保护期限的国际趋势及我国的立法选择政法学院罗施福福建省教育厅（面上）转型视角下农民工的城市社区融入研究政法学院孙文中福建省教育厅（面上）1950年代大陆赴台女性文学的审美品味及其影响研究教师教育学院周海琳福建省教育厅（面上）我国儿童文学图书出版现状及发展对策研究---基于少儿书业数据的分析教师教育学院黄云姬福建省教育厅（面上）翻译过程的实证研究及批评模式探索外国语学院刘立香福建省教育厅（面上）基于多元智能理论的国际贸易实务全英文教学辅助教材及教法研究外国语学院陈玉清福建省教育厅（面上）福建宋时期纺织业发展研究美术学院余明泾福建省教育厅（面上）基于低碳理念的闽南滨水景观设计研究美术学院邹喆福建省教育厅（面上）高校学生就业中的思想政治教育工作研究成人教育学院邓红英福建省教育厅（面上）福建传统民间工艺在闽台高校合作教育中的运用与实践美术学院赵胜利福建省教育厅（两岸职业教育专项） 海西战略背景下，闽高职院校与自学考试、技能培训的特色办学改革成人教育学院陈建民福建省教育厅（两岸职业教育专项） 2014年省基金项目（自由申报）评审结果名单项目类别项目名称申报学院申请者面上项目具有临界指数的奇异椭圆方程及系统的解的存在性和多重性的研究理学院蓝永艺面上项目杂色鲍维甲酸X受体的配体筛选及其在性腺发育中作用的研究水产学院王淑红面上项目淡水鱼肌原纤维结合型丝氨酸蛋白酶（MBSP）的结构与功能关系研究生物工程学院杜翠红面上项目分子印迹型壳聚糖/二氧化钛光催化剂选择性杀灭水产病原菌研究水产学院黄利强面上项目大尺寸平面磨削淬硬机理及其耐磨性研究机械学院刘菊东面上项目流固耦合作用下帆结构动力特性的数值方法研究轮机工程学院刘建闽面上项目DCT基于多矩特征的图像检索研究计算机工程学院余元辉面上项目线性菲涅尔反射式太阳能聚焦光热系统测试方法研究信息工程学院曾桂英面上项目应用高通量测序研究大黄鱼肠道细菌群落结构及发育过程中的动态变化水产学院马英面上项目欧洲鳗鲡病原菌外膜蛋白的基因工程三联疫苗的制备与免疫效果观察水产学院郭松林青年创新多源遥感研究福建省气溶胶光学特性和理学院肖钟涌青年创新厦门市中重金属的形态分析及源解析的Pb同位素示踪研究生物工程学院陈锦芳青年创新Ran蛋白在大黄鱼免疫途径中的功能研究水产学院韩芳青年创新时空分数阶方程最优控制问题的高阶数值方法理学院叶星旸青年创新心肺耐力水平对中年肥胖人群的抗炎效应及其机制研究体育学院林家仕 馆藏资源 截至2013年9月，集美大学图书馆共有馆藏纸质文献万册，中外文现刊2700多种，引进了包括超星数字图书馆、维普全文数据库、中国知网、万方数据、Springer、Ei village等39个中外文全文或文摘数据库；自建了《水产科技数据库》、《陈嘉庚研究数据库》、《集美大学博硕士学位论文数据库》等7个特色专题数据库 。 学术刊物 集美大学主办有《集美大学学报（哲学社会科学版）》、《集美大学学报（自然科学版）》、《集美大学学报（教育科学版）》和《体育科学研究》等四种学术期刊，向国内外公开发行。《集美大学学报（自然科学版）》2006、2008、2010连续三年被评为“中国高校特色科技期刊”，2009年，《集美大学学报（自然科学版）》获得“第四届华东地区优秀期刊”称号，2006年《集美大学学报（哲学社会科学版）》、《集美大学学报（自然科学版）》和《体育科学研究》评为“福建省高校特色学报”；有多篇文章被人大复印报刊资料等国内重要文摘全文转载和转引；被《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《万方数据网络系统（ChinaInfo）数字化期刊网》等多家数据库和检索刊物收录。《集美大学学报（自然科学版）》还被“联合国水科学和渔业情报数据库（ASFIS）”、美国《剑桥科学文摘》、中国学术期刊文摘数据库（CSTA）、中国水产文献数据库、中国生物学文献数据库、中国海洋文献数据库、《中国水产文摘》、《水产文摘》、《海洋文摘》、《中国生物学文摘》、《造船文摘》、《中国数学文摘》等作为源期刊 。《集美大学学报（教育科学版）》被中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中国学术期刊综合评价数据库、万方数据网络系统（ChinaInfo）数字化期刊群全文入网期刊、中国科技论文在线、Airiti Library 华艺线上图书馆等多家数据库和检索刊物收录或者作为来源期刊 。《体育科学研究》中文科技期刊在线、中文科技期刊数据库、中国科技论文在线、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、万方数据网络系统（ChinaInfo）数字化期刊群全文入网期刊、Airiti Library 华艺线上图书馆等多家数据库和检索刊物收录或者作为来源期刊 。