洛阳师范学院论文检测

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近日，洛阳师范学院植物多样性保护课题组联合菲沙基因在国际主流期刊 Molecular Ecology Resources （IF=，中科院一区）上发表了题为“ The chromosome-scale genome assembly,annotation and evolution of Rhododendron henanense subsp. lingbaoense ”的研究论文。该研究通过PacBio+Hi-C技术首次构建了我国特有杜鹃种-灵宝杜鹃的高质量参考基因组，随后基于比较基因组分析揭示了灵宝杜鹃与其它杜鹃间的共线性，同时也初步揭示了灵宝杜鹃逆境适应性的分子机制，从而为灵宝杜鹃的种质资源保护与进化研究提供了新见解。

杜鹃花具有较高的观赏、园艺与药用价值，近期也有大量关于杜鹃花属的基因组与转录组研究报道，这些报道对于杜鹃花属基因家族的进化和广泛的表型可塑性研究具有重要意义。但到目前为止，我国特有杜鹃种-灵宝杜鹃的基因组尚未有报道，这限制了对其遗传资源、环境适应性及分子进化的研究，因此构建灵宝杜鹃基因组具有重要理论意义。

材料 ：灵宝杜鹃（ Rhododendron henanense subsp. lingbaoense） 测序策略 ：PacBio（220×）+Hi-C（100×）+Illumina（90×）

通过Survey分析，预估灵宝杜鹃基因组大小为，杂合为。随后研究者利用高深度的PacBio测序和Hi-C辅助组装，构建了高质量的染色体水平灵宝杜鹃基因组，其基因组大小为 ，Contig N50=，Scaffold N50= 。接着，研究者通过多种方法证实了基因组组装的完整性与准确性，三代数据的比对率为，BUSCO评估基因组完整性为97%，二代数据检测基因组单碱基错误率仅为；且与已发表的其它杜鹃属物种相比，本研究组装的基因组完整性和准确性都是最好的。

结合从头注释、同源注释和全长转录组注释，研究者在灵宝杜鹃种鉴定到 31098 个蛋白编码基因，平均每个基因的长度为 bp ，其中的基因都可以得到功能注释。灵宝杜鹃基因组中的序列都是重复序列，其中LTR的含量最高。此外，研究者在灵宝杜鹃中还鉴定到 2251个rRNAs、448个tRNAs、488个snRNAs 以及94个miRNAs。

研究者选取14个近缘物种用于灵宝杜鹃的比较基因组分析，共鉴定到15483个基因家族，其中168个是灵宝杜鹃特有的基因家族。系统进化树分析表明， 杜鹃属内的亲缘关系较为密切 ，其分化时间大致在 ~ 百万年前，而猕猴桃、山茶属与杜鹃属的分化时间大致在百万年前。

共线性分析表明，马缨杜鹃（ Rhododendron delavayi ）、圆叶杜鹃（ Rhododendron williamsianum ）、杜鹃（ Rhododendron simsii ）与灵宝杜鹃间的共线性非常好，且以单染色体与单染色体间的共线性为主，但不同杜鹃的基因组间也存在染色体重排事件。通过WGD分析，检测到杜鹃属和山茶属有一个相似的WGD峰（Ks值在到），结合分子时钟，研究者确定了杜鹃属植物先发生一次WGD事件（百万年前），而后与近缘种山茶属产生了分化。基因扩增收缩分析表明，灵宝杜鹃中有2257个基因家族发生了扩张， 扩张基因显著富集在与对水杨酸的响应、细胞对酸化学的响应、防御反应的调节、应激反应的调节相关的通路中，这证实了灵宝杜鹃对逆境有着极强的抗性；收缩的基因则显著富集在与萜合酶活性、碳氧裂解酶活性和ADP结合相关的通路中。

之前研究表明， MYB的同源基因调控植物发育、花朵颜色和胁迫反应中发挥重要作用 ，研究者随后鉴定了灵宝杜鹃中MYB基因家族的变化。结果表明，灵宝杜鹃中存在110个MYB的同源基因，在13条染色体上都有分布，其MYB基因的数目要小于棉花、油菜等物种，且灵宝杜鹃中部分MYB基因存在串联重复事件。此外，基于MYB基因构建的系统进化树表明，灵宝杜鹃的MYB基因与拟南芥中的MYB基因属于不同的分类。这些结果将有助于后续MYB基因的功能验证工作。

总 结

本研究通过PacBio和Hi-C技术构建了染色体水平的灵宝杜鹃基因组，在此基础上通过与其它杜鹃植物及近缘植物进行比较分析，阐述了灵宝杜鹃的基因组进化、WGD事件、与逆境适应性相关基因的扩张与分类，从而为灵宝杜鹃种质资源保护、新品种选育及遗传进化研究提供了新见解。

一、洛阳师范学院教务处登录入口 洛阳师范学院教务处登录入口为 ，学生可以复制该网址到浏览器地址进入登录页面。 二、洛阳师范学院简介 洛阳师范学院是一所省属普通高等本科院校，位于千年帝都、牡丹花城、丝路起点——洛阳。学校地处伊水之滨，万安山下，东汉太学便发端于此。南望二程故里，传颂着程门立雪、鲁台望道的佳话；西望关林和世界文化遗产龙门石窟，绽放着世界文化遗产的璀璨光芒。 学校前身是始建于1916年的河洛师范学校，历经河南省立河洛师范学校、河南省立第四师范学校、河南省立洛阳师范学校、洛阳师范专科学校、洛阳师范高等专科学校诸阶段，2000年升格为本科院校，定为现名。2007年，学校以良好成绩通过教育部本科教学工作水平评估，2011年获批教育硕士专业学位研究生培养试点单位，2015年获批非全日制研究生招生资格。2018年以优异成绩通过了教育部本科教学工作审核评估，赢得了“有活力、有品位、有温度、有颜值、有潜力”的“五有”高校美誉。近年来，学校获得全国语言文字工作先进集体、全国五四红旗团委、全国高等教育学籍学历管理工作先进集体、河南省高校先进党委、河南省文明标兵学校、河南省文明单位、河南省思想政治工作先进单位、河南省普通高校毕业生就业工作先进单位等荣誉称号。 学校现有马克思主义学院、文学院、历史文化学院、法学与社会学院、外国语学院、数学科学学院、物理与电子信息学院、化学化工学院、信息技术学院（软件职业技术学院）、体育学院、音乐学院、美术与艺术设计学院、教育科学学院、生命科学学院、商学院、学前教育学院、新闻与传播学院、国土与旅游学院、电子商务学院、食品与药品学院、国际教育学院、继续教育学院等23个学院，2个公共教研部，68个本科专业，涵盖文学、理学、工学、经济学、管理学、法学、历史学、教育学、艺术学、农学等10大学科门类。学校现有全日制在校生28000余人，各类成人教育学生4000余人。 学校坚持以学生为中心的办学理念，落实立德树人根本任务，强化教师教育特色，全面提升人才培养质量。现有国家级教学成果奖1项、人才培养模式创新实验区1个、特色专业2个、虚拟仿真实验项目1项、精品课程3门、大学生校外实践教学基地1个、全国教育硕士专业学位研究生联合培养示范基地1个；省级特色专业和专业综合改革试点16个、精品课、在线开放课程32门、教学团队6个、教学名师6人、实验教学示范中心5个、虚拟仿真实验教学中心4个、高等学校优秀基层教学组织7个、河南省研究生教育创新培养基地3个；获省级高等教育教学成果奖28项、教师教育教学成果奖21项。开创小学全科教师招生培养的“洛阳模式”，在全省推广；连续八年获得河南省师范生教学技能大赛团体一等奖。三年来，学生在亚运会、全运会、全国大运会中共获得7枚金牌，在“挑战杯”、数学建模、机器人大赛等各类竞赛中，获得国家级奖励350余项，省级奖励1300余项。 学校大力实施“人才兴校”战略，形成了一支结构合理、素质优良的师资队伍。现有教职工1760余人，其中，高级职称人员550余人，具有博士学位人员450余人。教师获国务院特殊津贴专家、全国优秀教师、全国模范教师、教育部新世纪优秀人才、省优秀专家、省学术技术带头人、省高校科技创新人才等各类优秀人才称号200余人次。 学校坚持以学科建设为龙头，积极实施“学科引领”战略和应用科研攻坚工程。自2016年以来，连续入选ESI数据库排行榜，化学学科ESI排名持续保持全球大学和科研机构前1%，旅游管理学科获批河南省优势特色学科建设工程一期建设学科。现有省级重点学科8个。获批教育部国别与区域研究中心、林业和草原局国家创新联盟、中原经济区智慧旅游河南省协同创新中心、河南省功能导向多孔材料重点实验室、河南省旅游公共服务大数据产业技术研究院、河南省公共文化研究中心等省部级科研平台40余个。三年来，主持国家重点研发计划项目1项、国家社科基金重点项目1项；主持国家自科基金、社科基金、国家艺术基金等国家级科研项目90项，其中国家艺术基金立项数量连续五年位居河南省高校第一位；主持教育部人文社科项目、河南省科技计划项目、河南省社科规划项目等省部级以上科研项目200多项；出版著作120多部，被《SCI》、《EI》收录论文700余篇，获国家专利240余项;荣获省部级以上科研奖20余项。 学校实施开放办学战略，与白俄罗斯国立师范大学、美国阿克伦大学、爱尔兰卡罗理工学院、马来西亚城市大学、波兰比亚韦斯托克大学等院校开展中外合作办学、海外办学、本科生研究生联合培养、学生交流互换、教师访学进修、科学联合研究等多形式、宽领域的合作，签署对外合作交流协议30余项。2005年学校加入了世界大学校长联合会。 学校占地2850亩，建筑面积近71万㎡。固定资产总值约亿元，图书馆藏纸质图书229余万册，电子图书1416520种，中外文期刊5307种，中外文数据库28个，各类型特藏文献27060册（件）。学校建有“万兆主干、千兆桌面”的校园网络，是河南省高等学校数字化校园示范学校。 在未来的发展中，学校将以为指引，认真贯彻落实全国、全省教育大会精神，突出特色发展和内涵建设,以立德树人为根本，以质量提升为核心，以改革创新为动力，以融入区域和服务地方为导向，全面深化改革，坚持依法治校，提升综合实力，为建设特色鲜明的地方高水平师范大学而努力奋斗！