我是基里连科
生姜(Zingiber officinale)是一种极具价值的食药两用园艺作物, 既为传统中药的重要成分,又是重要的调味料 ,在我国有悠久的栽培历史。中国生姜栽培面积、产量和出口量均居全球第一位。长江中上游生姜总面积226万亩,占全国49.7%,是推动乡村振兴的优选产业。姜具有多年生宿根,根茎肉质、肥厚,内含多种营养成分,它除了含有蛋白质、碳水化合物、多种维生素和矿物质外,还含有姜辣素、姜油、姜醇等生物活性物质,具有调味、抗癌、抗真菌、抗炎症、抗氧化和抗血小板聚集等用途,是香料家族和药用植物家族的重要成员。姜辣素是生姜特有的呈味物质,也是生姜多种功能活性的主要功能因子,在调味品、化妆品和医疗保健等领域具有广阔的应用前景。尽管姜在世界范围内有显著的经济价值,但由于其有性繁殖困难,基因组庞大、杂合度高,相关的分子生物学和遗传选育工作一直停滞不前。此外,长久以来生姜基因组信息的缺乏,限制了我们对 合成调控机理的理解,导致生姜分子育种发展缓慢。
近日,Horticulture Research背靠背在线发表了两个不同品种生姜基因组数据,分别是平顶山学院植物遗传育种研究组与北京林业大学等单位合作的题为 《Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger》 的研究论文,以及重庆文理学院与西南大学等单位合作的题为 《Haplotype-resolved genome of diploid ginger (Zingiberofficinale) and its unique gingerol biosynthetic pathway》 的研究论文。
☆☆☆ 平顶山学院植物遗传育种研究组等单位的研究解析了我国重要的传统生姜品种单倍型基因组序列,揭示了单倍型基因组间差异,推断了姜高度不育的基因组基础,初步澄清了姜酚(姜辣素)生物合成通路,为后续的功能研究和分子设计育种奠定了重要基础。
该研究以全国首个国家农产品地理标志登记保护的生姜品种 张良姜 为研究对象。据记载,自汉代起“张良姜”已有2000多年的种植历史,现保存在河南省平顶山市鲁山县张良镇。此品种有“姜中之王”美称,具有色泽深黄、辛辣芳香、气浓味长、质实丝多、百煮不烂、久贮不腐等优良特性。
该研究利用先进的长读长测序技术, 解析了“张良姜”单倍型基因组序列;检测了两个单倍型基因组间的遗传差异,以此推断出与姜高度配子败育率相关的结构变异区;揭示出两套基因组间等位基因表达差异可能与基因顺式调控区、编码区序列差异、转座子的临近效应以及选择压有关;利用基因共表达网络分析,初步解析了姜酚(姜辣素)生物合成相关的基因调控机制。
☆☆☆ 重庆文理学院等单位的研究破解了西南地区主栽品种 竹根姜 的基因组,利用短读长(369.51 Gb),长读长PacBio(285.81 Gb)及Hi-C(563.16 Gb)策略组装出竹根姜 两套单倍型高质量基因组 ,单倍型的基因组大小分别为1.53 Gb (contig N50: 4.68 M)和1.51 Gb (contig N50:5.28 M),98.11%的序列锚定到22条染色体(图1)。PacBio 读长在2个单倍型的overlap分别为 97.95%和98.1%,显示了分型的准确性。 两套单倍型的Ka/Ks分析揭示生姜驯化历史过程中经历了相似的选择压力。通过等位基因分析,总共55,635个基因(占所有基因的72%)在两个单倍型中具有同源性。生姜17,226对等位基因中,11.9%在转录水平表现出染色体偏好性(图2)。该研究发现生姜基因组杂合度3.6%,是目前已报道杂合度最高的植物基因组。重复序列高,其中长末端片段重复(long terminal repeats,LTRs)占61.06%,可能是导致其基因组大、杂合度高的主要原因,同时也是生姜基因组进化的主要驱动力。生姜等位基因在两套单倍型中没有展现出表达差异,17,226对等位基因中有2055对(11.9%)在转录水平表现出染色体偏好性。
通过整合基因组、转录组和代谢组数据进行整合分析,该研究构建了生姜特有成分姜辣素的合成通路,筛选出12个参与姜辣素合成的关键酶家族(PAL, C4H, 4CL, CST, C3′H, C3OMT, CCOMT, CSE, PKS,AOR, DHN, 和DHT),鉴定出38个可能调控姜辣素合成的重要转录因子家族,并绘制出姜辣素合成的分子调控网络(图3)。
作者简介
Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger
平顶山学院程世平副教授、北京林业大学博士生贾凯华(现山东省农业科学院工作)、博士生刘辉和张仁纲博士(源宜(山东)基因科技股份有限公司)为共同第一作者。通讯作者是北京林业大学毛建丰副教授和比利时根特大学教授、比利时皇家科学院院士Yves Van de Peer。平顶山市农业科学院马爱锄博士、于从文研究员也参与了该项研究。该工作还包含来自瑞典于默奥大学、加拿大拉瓦尔大学、不列颠哥伦比亚大学、根特大学、比勒陀利亚大学和南京农业大学等单位的合作者。该研究得到河南省科技攻关以及平顶山学院高层次人才启动基金等项目的资助。
Haplotype-resolvedgenome of diploid ginger (ingeiber officinale) and its unique gingerolbiosynthetic pathway
该工作由重庆文理学院牵头,联合长江大学、西南大学和华大基因共同完成。李洪雷教授、吴林副教授、董照明副教授、姜玉松教授和姜三杰博士为论文的共同第一作者,刘奕清教授、夏庆友教授、简建波博士和邹勇副教授为论文的共同通讯作者。济南市第二农科院李承勇研究员、李庆芝高级工程师等参与了该研究。该研究得到了重庆文理学院生姜基因组重大专项、重庆市自然科学基金等项目的支持。
文章链接: Haplotype-resolved genome assembly and allelespecific gene expression of cultivated ginger
Haplotype-resolved genome of diploid ginger (Zingiberofficinale) and its unique gingerol biosynthetic pathway
实创佳人
我院教师先后主持或参与完成国家自然科学基金项目、国家教委世行贷款项目、河南省科技攻关项目、河南省教改项目、平顶山市科技攻关项目等46项,其中获地厅级以上科研奖、优秀教学成果奖17项;在国内外学术期刊上发表学术论文360余篇,其中国内核心期刊68篇,被SCI、EI、ISTP收录24篇,获地厅级以上奖16篇;主编或参编教材32部。 1FengqunZhouetal..Cross-sectionmeasurementsfor128Te(n,2n)127mTereactioninducedbyneutronsaround14MeV.AppliedRadiationandIsotopes.2006,64(7);2FengqunZhouetal.MeasurementofCrossSectionsfor50Cr(n,2n)49Crand52Cr(n,2n)51CrReactionsInducedby13.5~14.6MeVNeutrons.高能物理与核物理,2005年第7期;3FengqunZhouetal..Cross-sectionmeasurementsfor(n,2n)and(n,p)reactionsontelluriumisotopesintheneutronenergyrangeof13.5-14.6MeV.RadiochimicaActa2007;;4周丰群,罗均华,拓飞,孔祥忠.核反应截面测量中扣除激发态对基态影响的计算公式.高能物理与核物理,2005年8期;;5周丰群,拓飞,易艳玲,孔祥忠..HPGeγ谱仪系统死时间校正方法的实验研究.高能物理与核物理,2005年12期;;6周丰群,张义民,拓飞,罗均华,孔祥忠..γ谱测量中级联符合效应修正研究.高能物理与核物理,2007年5期;7周丰群,翟子楠,拓飞,孔祥忠.用基态特征γ射线计算同质异能态反应截面的公式及其应用,高能物理与核物理,2007年7期;8周丰群等.薄层树脂相分光光度法测定钢铁中磷,冶金分析,2002年3期;9周丰群等.负载树脂预浓集薄层树脂相分光光度法测定痕量镁,冶金分析,2004年4期;10薛喜昌.柱面透射光栅的衍射特性光电工程,1997年4期;11贾利群等.国内光度法测定汞的现状冶金分析1998年6期;12周丰群等.FeⅢ-SCN~-体系薄层树脂相光度法测定矿石中铁冶金分析2000年3期;13周丰群等.FeⅢ—EDTA体系薄层树脂相吸光光度法测定痕量铁冶金分析2000年6期;14张大立等.Xe偶-偶同位素低激发态性质的IBM2描述,高能物理与核物理,1994年12期;15郑新灵等.四元配合物吸光光度法测定铝的研究,理化检验1999年7期16张义民等.N_2-苯浮选光度法测定天然水中痕量硒的研究.冶金分析2002年3期17孙献亭等.Sm~(3+)/Al_2O_3介孔复合体的光致发光特性,硅酸盐学报2000年5期;18周丰群等.电器设备用温度凝露控制器的研制.电力自动化设备,2002年3期;19薛喜昌等.双凸柱面透射光栅的衍射分析,淮北煤师院学报,1997年02期;20靳铁良.外力作用下平面密排钢珠系统力的分布规律,贵州大学学报,2007(1);21靳铁良.卤化铵晶体的STE特性分析,贵州大学学报,2007(3);22田明丽等.激光共焦扫描显微镜及其应用,光学仪器2001年01期;23袁书卿,张葛祥.基于改进遗传量子算法的FIR数字滤波器设计电讯技术2003年5期;24袁书卿,张葛祥.一种改进的遗传量子算法及其应用计算机应用与软件2003年10期;25王化冰;王彦辉.电子式电流互感器的研制,电测与仪表,2006年11期;26张柳芳;王化冰.邹有明基于直流电流传感器的选择性漏电保护系统,煤炭科学技术,2006年1期;27王化冰;张柳芳.过程控制系统及其策略,煤矿机械,2005年5期;28王化冰;张柳芳;过程控制系统及其策略,江苏电器,2005年5期;29张柳芳;邹有明,吴君.直流检测式选择性漏电保护系统设计,煤矿机电,2006年2期;30张柳芳.自动控制系统穿越频率的通用解法.甘肃联合大学学报,2005年3期;31孙献亭等..溶胶—凝胶法制备Al_2O_3气凝胶,郑州纺织工学院学报.,1999年2期;32郑新灵.任意循环极限效率的P-V图证明的再讨论,上饶师范学院学报,1999年03期;33宋月丽.选择性激光烧结零件的后处理,河西学院学报2006年10月;34靳铁良.利用VisualC++实现数字图像处理研究,河南教育学院学报,2007年01期;35黄宏春等.表面工程在口腔修复材料中的应用,通化师范学院学报,2004年第2期;36王彦辉;王化冰.传感器技术在工程建筑上的研究与应用,中国西部科技,2006年19期;37王化冰;王彦辉.过程控制综合实验系统的设计与研究,中国现代教育装备,2006年12期38王化冰;翟卫青.基于RBF神经网络的高分子湿度传感器的研究,微计算机信息2007年10期39翟卫青,王化冰.新建电子类专业加强EDA教学的思考,中国现代教育装备,2006年06期40翟卫青;王化冰.RBF神经网络在传感器故障诊断中的应用研究,山西电子技术2006年05期; 1郑新灵.对电力线教学的一些探讨和体会,大学物理,1996年1期;2周丰群.对可压缩流体若干问题的讨论,大学物理,1999年10期;3周丰群,漆安慎.在普通物理力学中介绍超音速飞行的设想,大学物理,2000年7期;4周丰群,张玉富.任意循环过程效率极限证明之我见,大学物理,1994年4期;5周丰群,也用T-S图讨论任意循环效率,大学物理,1994年12期;6靳铁良.对电力线教学的一些探讨和体会,大学物理,1996年1期;7靳铁良.普通物理中平面电磁波的一种讲授方法,大学物理,1995年4期;8靳铁良.关于普遍的洛伦兹变换式的推导,大学物理,1995年5期;9贾利群.非惯性系静力学的分析力学方法,大学物理,1999年11期;10周丰群.师范高等专科学校物理教育专业力学教学的改革与实践,物理,2002年8期;11田明丽.基于现代教学论的普通物理实验教学模式,物理实验,2000年12月;12周丰群.任意循环的卡诺循环分解的综合讨论,河南科学,2002年1期;13黄宏春等.新时期物理教学法的研究,黑龙江教育学院学报,2006年4期;14田明丽.影响普通物理实验学习迁移的因素及策略,河南教育学院学报,2004.12;15田明丽.大学物理实验探究教学内容的设计策略,新余高专学报,2006年6月;16周丰群.克劳修斯等式证明的讨论.荆州师范学院学报.2003年2期;17宋月丽.大专院校普通物理学教学探讨,内江科技,2006年1月;18宋月丽.影响普通物理实验学习迁移的因素及策略,河南教育学院学报,2004年12月;19宋月丽.大学物理实验探究教学内容的设计策略,新余髙专学报2006年6月;20王伟锋,温耐.新型数字微格教室的探讨,天中学刊2005年5期。 1郑新灵主持完成的“师专物理实验教学改革的研究”项目,获河南省世行贷款师范教育发展项目改革课题优秀成果一等奖,平顶山市科技进步一等奖;2郑新灵主持完成的”高等师范教育开展活动课程研究”项目,获河南省优秀教学成果奖二等奖;3王泳主持完成的“硅橡胶瓶体测量仪的研制”项目,获2006年度河南省科技进步二等奖和2006年度平顶山市科技进步奖一等奖;4周丰群主持完成的“KWN—1B1型温度凝露控制器的研制”项目2000年12月省科技厅鉴定,2001年获平顶山市科技进步奖一等奖;5周丰群主持完成的“HTC-1型微电脑数显温湿度控制器的研制”项目,2002年8月河南省科技厅鉴定,获平顶山市科技进步奖一等奖;6张柳芳主持完成的“低压IT电网直流检测式选择性漏电保护研究”项目,2005年通过了河南省科技厅鉴定;7王彦辉主持完成“远程控制音视频系统信号分配控制”项目,2000年7月市科委鉴定;8王泳主持完成的“平煤集团坑口电厂1#炉制粉系统的改造”项目,2004年获平顶山市科技进步贰等奖;9周丰群主持完成的“面向21世纪高等专科学校非物理专业普通物理教学内容和体系的改革与实践”项目,2002年8月河南省教育厅鉴定;10田明丽主持完成的“新课程条件下物理实验教学资源的开发与利用研究”项目,2006年2月,获市优秀社科调研课题一等奖 1新编普通物理教程,周丰群等编,中国矿业大学出版社;2物理学基础教程(上、下册),郑新灵等,中国科学技术出版社;3普通物理学(上、下册),郑新灵等,教育科学出版社;4大学物理学(上、下册),周丰群等,四川大学出版社,2001年8月;5基础力学,周丰群等,中国科学技术出版社2002年3月;6物理实验学,薛喜昌,孙献亭,田明丽,袁书卿等,东方出版社;7普通物理实验,薛喜昌等,成都科技大学出版社;8电磁学试题库,薛喜昌等,吉林大学出版社。
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