华大基因发表的论文

华大基因先后完成了国际人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、炎黄一号等多项具有国际先进水平的科研工作，在《Nature》和《Science》等国际一流的杂志上发表多篇论文，实现了科研由参与到接轨、由同步到引领的历史性升华，为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位；同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、健康、农业基因组等技术平台，其测序能力及基因组分析能力正在经历从亚洲第一到世界领先的历史性跨越；开创了科学、技术、产业相互推动的发展模式；开展了广泛的国际国内科技合作与交流；建设了一支具有世界一流水平、年轻的产学研队伍；再现了基因组科学和产业发展的深圳速度和深圳奇迹。抓住新技术突破的机遇，华大基因主力于2007年南下深圳，成立了致力于公益性研究的事业单位深圳华大基因研究院，并于当年10月完成了第一个中国人的基因组序列图谱，又在2008年1月与英美科学家一起启动了“国际千人基因组计划”，2008年3月启动了“大熊猫基因组计划”，2008年10月完成了大熊猫基因组框架图和手工克隆猪的研制，2009年4月启动了“世界三极动物基因组计划”，2009年8月启动了“万种微生物基因组计划”， 2009年12月与国家农业部和深圳市人民政府共建了“基因组学农业部重点实验室”。在国际合作方面，华大基因已启动了“中丹合作糖尿病项目”、“中国欧盟合作肠道微生物项目”，并与丹麦科学家成立了“中丹癌症研究中心”。在国家领导和有关部门、地方领导及有关部门的支持和鼓励下，华大基因坚持“科学发展才是硬道理”的信念，创造了遵循基因组学发展规律的“三发三带”的创新发展模式，即坚持由基因组为基础的科学发现到技术发明和产业发展的“三发”联动的科学发展观，以全新的方式推动社会前进并引领未来；创建了以国际竞争和接轨的大科学项目为引领的，带学科、带产业、带人才的“三带”（以任务带学科、带人才、带产业）发展模式。在科学、技术、产业三位一体的前提下，华大基因正在跨学科、跨产业、跨地域、跨国界地快速扩展，致力于开展知识产权密集型的人类健康、规模化重要物种、重要经济动植物等基因组研究，大力发展我国的医学健康产业和现代农业产业。华大成立十年来，始终以引领基因组科学、促进产业革命为己任，在服务社会的同时也实现华大及华大人的价值，形成了华大基因“解读生命密码，探索无限未来，体验精彩人生”的价值观、幸福观与发展观。在应对非典和海啸等突发事件以及汶川地震灾后疫情控制中，为人民做了实事，为国家赢得了荣誉。在大科学工程和产业发展的过程中，华大基因通过实战，凝聚、锻炼、考验并培养了新一批年轻的优秀骨干，拥有一支包括国际学术专家和产学研各界精英在内的高级顾问队伍。此外，华大基因一直在探索具有华大基因特色的人才教育之路,形成了自身独特的教育培养体系（如创新性的2 2 X学生培养模式及脱产制的“华大基因学院”），能够迅速筛选出一支适应科学、技术、产业不同发展目标的解放思想、追求创新、管理高效的人才队伍。在未来十年的发展中，华大基因必将与以往一样顺应基因组科学和产业发展规律，面向国家的战略需求，依靠以高通量测序为代表的生物技术和以高性能计算为主体的信息技术紧密结合的技术平台，继续向基因组科学的顶峰迈进；同时孵化医药健康、现代农业及新生物能源等一批有良好市场前景的产业项目，并通过实战来凝聚、锻炼、考验并培养新一批的年轻优秀人才。华大基因将最大化地运用基因组技术服务社会、创造效益，为中国生物经济的腾飞做好前瞻性、原创性和战略性的工作。 世界权威科学杂志《Science》(《科学》)公布的最新的“2010年十大科学突破”榜单，其中有两项突破来自深圳华大基因研究院，分别是“下一世代的基因组学”及“外显子组测序/罕见疾病基因”，研究院在这两项突破中共有6项科研成果。《Science》杂志公布的“2010年十大科学突破”分别是———量子机械、合成生物学、尼安德特人基因组、下一世代的基因组学、RNA的重新编程、外显子组测序/罕见疾病基因、量子模拟器、分子动力学模拟、大鼠的回归与H IV预防。其中，“下一世代的基因组学”是指通过新的基因组学研究方法，让原本昂贵而繁杂的基因测序技术变得更加快捷而方便，成为“更快捷更廉价的基因测序技术，使人类以极大的规模研究古代和现代的DNA”，让人类从基因的角度解释疾病的原理成为可能。今年2月，华大基因与丹麦哥本哈根大学共同完成了“世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读工作”，10月研究院牵头发起的“国际千人基因组计划”公布了第一阶段的分析成果，发布了迄今为止人类最详尽的基因多态性图谱，标志着人类的基因研究进入新阶段。11月，由深圳华大基因研究院绘制的中国人全基因组DNA甲基化图谱出炉，并将新一代测序技术应用于表观遗传学。另外一项突破则是“外显子组测序/罕见疾病基因”，是指科学家通过对某一基因组中的外显子(基因组的一部分)进行测序来研究罕见遗传性疾病，完成了目前在人类外显子区域规模最大、分辨率最精细的遗传图谱，并以翔实的数据揭示了可能具有影响人类健康的功能的变异过程。该技术还被应用于对单基因病的研究，通过科学家对患有小脑共济失调的同一家系4个患者进行了全外显子组测序后，人类发现了一种导致小脑共济失调家族的新致病基因。该基因的发现对今后阐明小脑共济失调的发病机制、遗传诊断和新药研发具有重要的研究和应用价值，也成为我国在遗传性疾病上的新的重大突破。据了解，这一项目是由深圳华大基因研究院与美国加州大学伯克利分校、丹麦哥本哈根大学等单位合作的研究成果。 2014年3月27日，自然出版集团发布了《2013年亚太地区自然出版指数》(NPI 2013 Asia-Pacific)。华大基因名列中国科研机构第五名，亚太地区科研机构第十七名。两项排名均同比上升一位。报告表示，中国在《自然》杂志上发表的论文数量远超亚太地区的其他国家。预计在未来两至三年内，中国将逐步成为亚太地区NPI的首要贡献者。报告还提到，以2009年数据为基准，华大基因的增长比例超过了所有其他中国科研机构。华大基因发表在《自然》、《自然遗传学》、《自然通讯》上的基因组序列揭示了游隼、猎隼的捕食性进化机制和胡杨的耐盐机制等科学见解。报告统计了2013年亚太地区科研机构在18本《自然》系列期刊上发表的文章数量。华大基因发表了32篇研究论文，排名中国科研机构第五名，位列中国科学院、中国科技大学、清华大学和北京大学之后。此外，华大基因在《自然遗传学》和《自然生物技术》上的发表总数分别位列中国第二名和第四名。在2009-2013年五年统计榜单上，华大基因凭借73篇论文继续保持中国科研机构第五位的排名。自1999年创立以来，华大基因奠定了坚实的科研基础，在《自然》杂志上发表了百余篇高水平的学术论文，并且连续四年入选自然出版指数中国十大科研机构。多项由华大基因主导或参与完成的研究成果登上《自然》封面，如人类基因组计划、国际千人基因组计划、HapMap基因组计划、熊猫基因组、古人类基因组、第一个亚洲人基因组、家鸡基因组、首个中国仓鼠卵巢细胞系基因组、马铃薯基因组、人体肠道菌群元基因组参考基因集等。其中，由华大基因主要承担的“人体肠道菌群元基因组参考基因集”被《自然》评选为研究亮点（Research Highlights）。

曾经被饶毅成为“流氓企业家”的华大基因杨焕明昨天当选美国科学院外籍院士。杨焕明是企业家，因为迄今看来华大基因公司运行了多年，好像企业（至少表面上）是成功的，所以，称之为企业家，是一种褒奖，因为在我的词典里企业家高于商人。当然，我不说他是科学家，这一点其他人会有不同看法，因为大家对什么是科学家有不同标准。如果发过论文就是科学家（英文的科学家用法），那么杨焕明也算科学家，如果做了比较好的科学才是科学家，杨焕明就不是。什么是比较好的科学，仁者见仁智者见智，只是学生（和华大的青年员工）不妨知道杨焕明的模式并非大家都认可为科学家。DNA测序方法是外国发明的、仪器是美国生产、试剂是美国的，具体课题无需很多ideas，用中国的大量的钱（包括初期用地方政府的钱）、用中国廉价劳力，大量测序，是否算好的科学，生物学界很多人自有看法。所以，认为杨焕明不是科学家，恐怕不是我一人。不过，是不是科学家并不重要，争论也无所谓。2012 年底，Nature 杂志评选了年度十大影响力人物（ten people who mattered this year）*。华大基因（BGI）执行院长王俊（Jun Wang）入选。  三年前在 Nature 上有一篇介绍华大基因的文章，面对 Nature 杂志的采访，王俊坦陈“我们是肌肉，我们没有大脑（we are the muscle, we have no brain）”。个人感觉说出这样的话需要很强的自信，他们是充满野心的。2010 年华大基因购买了 128 台 Ilumina 公司生产的 Hiseq 2000 测序仪，据说该仪器的目录价格为每台 69 万美元。2012 年华大基因又斥资 1.18 亿美元收购了与 Ilumina 竞争的测序公司 Complete Genomics。

Nature 的报道援引哈佛大学 George Church 教授的话说，“1999 年 BGI 的测序能力占全世界的 1%，现在已经达到了 50% 以上”。华大基因今年一共参与发表了 100 多篇论文，其中大多是 Cell, Nature, Science 文章。尽管如此，Nature 指出华大基因 2012 年最主要的进展在于将基因组科学研究转化为实际应用。比如 9 月份与盖茨基金会签署的关于农作物与传染病的合作协议，以及推动发展下一代测序技术，通过对母亲血液中致命性染色体畸变进行基因检测，用来诊断测试新生儿的潜在疾病。  从他们的这些努力看来，华大基因也许并不像很多人（包括我）之前认为的那样，仅仅是一个测序工厂，而是也拥有它们自己的科学梦想。

关注A股市场的人应该注意到首都医科大学的校长饶毅炮轰华大基因副董事长尹烨的事件。这时一个生物科学家对上市公司副董事长日常学术言论中存在一些错误观点的喷击。这些所以引起大家的关注，主要因为二者都是知名人士。尹烨在自己的个人账号中回应“谢谢关注”。

大熊猫的祖先是始熊猫（Ailuaractos lufengensis），大熊猫的学名其实叫“猫熊”，意即“像猫一样的熊”，也就是“本质类似于熊，而外貌相似于猫。”严格地说，“熊猫”是错误的名词。这一“错案”是这么造成的：解放前，四川重庆北碚博物馆曾经展出猫熊标本，说明牌上自左往右横写着“猫熊”两字。可是，当时报刊的横标题习惯于自右向左认读，于是记者们便在报道中把“猫熊”误写为“熊猫”。“熊猫”一词经媒体广为传播，说惯了，也就很难纠正。于是，人们只得将错就错，称“猫熊”为“熊猫”。 其实，科学家定名大熊猫为“猫熊”，是因为它的祖先跟熊的祖先相近，都属于食肉目。本来就和熊一样，吃肉的，可是肉少了，所以吃竹子。

他们之间其实并没有存在什么纠葛，只是他们在学术问题上存在一定的争议。所以首医校长炮轰华大基因副董事，因为这位董事长所著写的论文错误连篇，根本就不符合实际，所以对于这两个人存在学术问题上的不同意见当然会发生一定的矛盾。根据当地媒体所发布的消息，微信公众号为饶议科学就发文炮轰了华大集团CEO、华大基因副董事长错误连篇制造相关谎言的学术论文，而这个事件爆发网络以来更是受到了社会的广泛关注。根据这个微信公众号可以显示，这个公众号是一个个人公众号，主要的写题内容是一些科学的知识和文化。而在公众号中饶毅的标签为北大终身讲席教授。此外，首都医科大学官网中也显示，饶毅还是该校的现任校长，就这个声控而言炮轰华大集团的副董事确实让人匪夷所思，所以吃瓜群众也是越来越多。他们存在一定的学术问题上的纠纷饶毅之所以要炮轰华大集团副董事，原因就在于华大集团副董事所发表的相关学术问题中错误连篇，并且很多都是这位副总是捏造的谎言。所以作为首都医科大学的现任校长饶毅自然要炮轰这一位不懂学术的不懂事。而根据华大基因官网显示，1979年出生的尹烨为博士学位，他现任的是华大基因副董事长，同时他也是华大控股首席运营官，而他所发布的论文中虽然很多网友看不懂，但是一些专业的人就能知道他所发表的论文视频存在严重的错误观念，可以说是谎话连篇。总结总的来说，这两个人其实存在的纠葛并不是很大，只是在学术问题上存在一定的纠纷。而这件事情的关注度之所以这么高是因为这两个人的社会背景确实不同。但不可否认的是有些错误需要一些专业的人才才能知道，所以网友们在网上不要刻意评论，所以很多吃瓜群众都在反映他们所争论的一些学术问题到底是什么。

这个校长发现他发布的一些文章里面说的一些知识都是错误的，而且也有问题，所以就指责了他。