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生物医学工程是综合生物学、医学以及工程学的理论和方法而发展起来的一门交叉学科，是我国二十一世纪优先发展、重点支持的学科之一。其基本任务是运用工程技术手段研究和解决生物学和医学中的有关问题。 交大生物医学工程专业以北京军区总医院、北京阜外医院、原北京铁路总医院等三级甲等医院为教学科研基地，并且配有先进的计算机综合实验室、信号与信息处理实验室和新建的高水平的医学电子、数字医学信息、解剖三个教学实验室，具备良好的教学环境和鲜明的特色。 交大生物医学工程专业强调生物医学与电子信息科学的交叉与融合，注重培养具有扎实的计算机、信息科学和电子技术基础，宽厚的生物医学工程专业知识，创新意识和工程实践能力较强的理、工、医相结合的复合型高级科学研究与技术开发的专门人才。毕业生可在生物医学工程领域、生物信息领域、各级医疗卫生研究部门、生物医学电子工程、医学仪器以及其它电子技术、计算机技术和信息产业部门从事研究、开发、教学及管理工作。可以报考生物医学工程、信号与信息处理、计算机应用技术、电子工程等相关专业的研究生。品学兼优的学生可以保送攻读硕士学位或直接攻读博士学位。 学生在校期间，除公共基础课外，还要学习生物学和医学、计算机、信息科学和医用电子工程等四大类课程。主干课程有：解剖与生理、病理学、高级程序设计、数据结构、电路分析、模拟电子技术、数字电路、微机原理及接口技术、信号与系统、数字信号处理、生物医学信号处理、医学影像系统、医学图像处理、医学电子工程等。此外，学生还将参加专业实习与实验、课程设计和毕业设计等实践环节，并参与相关科研项目的设计与开发活动。