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传统时间序列聚类的缺点: 1)时间序列聚类的研究一般采用等长划分,会丢失重要特征点,对聚类结果有负面影响。 2)采用时间序列测量值不能准确度量相似度。 如下埃博拉出血热、卫生部在数值上很相似,但教育部和卫生部在形状更相似。若是以形状作为度量传统的欧氏距离可能就不太合适了。 不等长时间序列滑窗STS聚类算法: 1)通过标准分数z_score预处理,消除时间序列观测值数量级差异的影响。 2)更改了相似度计算的方式,采用基于滑窗的方法计算不等长序列的距离。 3)采用类k-means的聚类算法的中心曲线计算方法。 时间序列数据因其趋势信息的直观展现形式,广泛应用于社交网络、互联网搜索和新闻媒体数据分析中。例如:Google应用搜索流感的相关信息的时间序列预测流感爆发趋势。根据某话题热度时间序列数据趋势的规律性,通过聚类区分不同类型的时间序列数据。同一类簇的Twitter话题具有相同或相似的发展趋势,进而应用于话题的发展趋势的预测。 时间序列聚类算法可以分为两类。 1)基于原始数据的时间序列聚类算法。 2)基于特征的时间序列聚类算法。 基于特征的时间序列聚类算法指根据原始数据从时间序列中提取形态特征(极值点位置、分段斜率)、结构特征(平均值、方差等统计值特征)、模型特征(模型的预测值),从而根据这些特征值进行聚类。这类方法的优点解决了不等长时间序列聚类问题,缺点是减弱了原始数据值得影响,聚类的形状趋势信息往往比较粗糙。 3. HOW 一、距离度量公式 STS距离计算的是累加时间序列间每个时间间隔斜率差的平方,公式 如上图所示,g1、g2和g2、g3的欧式距离的数值更相近。g1、g2的STS距离大于g2、g3的数值。在形状距离上,STS距离计算方式表现更好,一定程度上可以解决欧式距离度量时间序列局部特征信息确实和受观测数值数量级差异影响大的问题,但是依旧无法度量不等长时间序列的距离。 基于滑窗的STS距离公式。 如上图所示,当计算不同长度的时间序列的s和r的距离时,先不断平移时间序列s,然后找到s和r距离最近的字段,就如同上图虚线之间的位置,此时s和r距离最近,这个最近距离作为s和r之间的距离。 二、预处理过程 z-score标准分数用数据观测值和观测值平均值的距离代替原观测值。z-score处理后的数据平均值为0,标准差为1。标准差的作用是统一量纲,去除数值的数量级差异影响。 总结 本论文提出了形状距离的不等长时间序列的聚类方法。我们可以学到的有 1)z-score统一量纲,消除数值数量级差异,聚类效果更好。 2)计算x和y时间序列的STS距离,可以平移其中一个时间序列,求最小值作为STS距离值,这就消除了同一时间序列不同起始点的影响。
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基于时间序列理论方法的生物序列特征分析 论文简介:生物信息学的主要研究对象是DNA、RNA和蛋白质分子,因为这些生物大分子包含了遗传及物种进化的所有信息,随着DNA和蛋白质被测序,如何从这些DNA和蛋白质序列中获得更多的生物信息是具有挑战性的问题.随着碱基和氨基酸在基因数据库中的规模呈指数增长,利用新的理论方法去研究DNA和蛋白质序列就变得越来越重要.许多生物学家、物理学家、数学家和计算机专家都被吸引到这个研究领域中来。 @@ 在介绍了生物信息学的研究背景之后,本文首先介绍了研究生物序列特性的时间序列理论方法,对本文要用到的短记忆ARMA模型和长记忆ARFIMA模型作了详细的阐述,为研究DNA序列、蛋白质序列特性做了理论上的准备工作。 @@ 混沌游走表示(Chaos Game Representation,简记为CGR)是一种迭代映射技术,它可以把序列中的每一个单元,如DNA序列中的核苷酸,蛋白质序列中的氨基酸,映射到一个连续的坐标空间中去.我们基于CGR坐标提出了一种将DNA序列转换成一个时间序列(CGR-游走序列)的方法,并引入长记忆ARFIMA(p,d,q)模型来分析,我们分析了十条DNA序列的CGR-游走序列,发现都能用长记忆ARFIMA(p,d,q)模型高度显著地拟合.作为一个具有完善算法的经典时间序列模型,ARFIMA模型能帮助我们挖掘DNA序列中未知的特性, @@ 因为合适的ARFIMA模型在模型选择时成功率较低,且在参数估计中最大似然计算量较大,用短记忆模型去近似长记忆模型是研究者们感兴趣的问题,我们考虑利用短记忆ARMA(1,1)过程去近似长记忆ARFIMA(p,d,q)过程,证明了这种适应性方法的均方误差准则,并引入DNA序列的十条CGR-游走序列用以分析,验证了这种近似方法的有效性,为长记忆DNA序列找到了一个算法更为简单的近似模型。 @@ 在此基础上,我们还考虑利用ARMA(2,2)模型去逼近ARFIMA(O,d,O)模型,基于ARMA(2,2)模型和ARMA(1,1)模型有效性损失率的比较可知,ARMA(2,2)近似模型优于ARMA(1,1)近似模型.为验证此结论,还引入了服从ARFIMA(O,d O)模型的CGR-游走序列用以分析,比较了ARMA(1,1)和ARMA(2,2)这两个模型近似ARFIMA(O,d,O)模型的'有效性,根据残差标准差的结果可得ARMA(2,2)近似模型优于ARMA(1,1)近似模型, @@ 我们修改了Kalman滤波递推公式,解决了长记忆ARFIMA模型的缺失数据问题,并利用DNA序列的CGR-游走序列验证了此方法的有效性, @@ 基于已建立的DNA序列的CGR-游走模型,我们建立了一个类似的基于详细HP模型的连接蛋白质序列的CGR-游走模型,并引入长记忆ARFIMA(p,d,q)模型来分析,发现来自12条细菌全基因组的连接蛋白质序列的CGR-游走序列能用长记忆ARFIMA(p,d,q)模型显著地拟合。 @@关键词:混沌游走表示(CGR)-游走模型;DNA序列;蛋白质序列;短记忆ARMA模型;长记忆ARFIMA模型;均方误差准则;最大似然估计:状态空间模型请继续阅读相关推荐: 毕业论文
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